278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0159 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0159  diaminopropionate ammonia-lyase  100 
 
 		 410 aa  830    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  83.86 
 
 		 410 aa  651    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4067  diaminopropionate ammonia-lyase  69.88 
 
 		 407 aa  547  1e-154  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4533  diaminopropionate ammonia-lyase  61.98 
 
 		 410 aa  461  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203939  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  55.81 
 
 		 396 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04926  diaminopropionate ammonia-lyase  53.79 
 
 		 393 aa  395  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0316  diaminopropionate ammonia-lyase  54.55 
 
 		 402 aa  367  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  49.62 
 
 		 397 aa  360  2e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  48.35 
 
 		 403 aa  348  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5076  diaminopropionate ammonia-lyase  47.33 
 
 		 399 aa  343  2.9999999999999997e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0463571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3965  diaminopropionate ammonia-lyase  47.65 
 
 		 415 aa  322  5e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  0.0239506 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4781  diaminopropionate ammonia-lyase  50.14 
 
 		 403 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.771046  normal  0.0649173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2576  diaminopropionate ammonia-lyase  47.16 
 
 		 401 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264217  normal  0.398915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1864  diaminopropionate ammonia-lyase  50.27 
 
 		 399 aa  298  9e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0500959  normal  0.41026 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6425  diaminopropionate ammonia-lyase  47.83 
 
 		 408 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.630318 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6137  diaminopropionate ammonia-lyase  47.55 
 
 		 408 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  40.69 
 
 		 406 aa  292  9e-78  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.16044  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4908  diaminopropionate ammonia-lyase  45.81 
 
 		 414 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.509638  normal  0.942836 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5456  diaminopropionate ammonia-lyase  45.07 
 
 		 414 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.372384 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1266  diaminopropionate ammonia-lyase  41.25 
 
 		 406 aa  280  5e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  40.96 
 
 		 405 aa  276  4e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2653  diaminopropionate ammonia-lyase  41.07 
 
 		 397 aa  275  1.0000000000000001e-72  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  39.41 
 
 		 400 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5230  diaminopropionate ammonia-lyase  47.01 
 
 		 410 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  40.87 
 
 		 408 aa  271  2e-71  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5629  diaminopropionate ammonia-lyase  47.01 
 
 		 410 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00139675 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0821  diaminopropionate ammonia-lyase  41.41 
 
 		 398 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3196  diaminopropionate ammonia-lyase  41.41 
 
 		 398 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3004  diaminopropionate ammonia-lyase  41.41 
 
 		 398 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4161  diaminopropionate ammonia-lyase  41.41 
 
 		 398 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0259  diaminopropionate ammonia-lyase  38.87 
 
 		 400 aa  268  1e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.167418  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02704  diaminopropionate ammonia-lyase  41.15 
 
 		 398 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02666  hypothetical protein  41.15 
 
 		 398 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3031  diaminopropionate ammonia-lyase  41.15 
 
 		 398 aa  268  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0057  diaminopropionate ammonia-lyase  46.27 
 
 		 410 aa  268  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0837  diaminopropionate ammonia-lyase  41.15 
 
 		 398 aa  268  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0421  diaminopropionate ammonia-lyase  45.05 
 
 		 410 aa  266  4e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4600  diaminopropionate ammonia-lyase  46.02 
 
 		 410 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000175308 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1038  diaminopropionate ammonia-lyase  39.47 
 
 		 404 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.61616  hitchhiker  0.00023872 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1070  diaminopropionate ammonia-lyase  39.47 
 
 		 404 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000973165 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1011  diaminopropionate ammonia-lyase  39.47 
 
 		 404 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000144159  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1103  diaminopropionate ammonia-lyase  39.23 
 
 		 404 aa  262  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.624522 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1434  diaminopropionate ammonia-lyase  38.99 
 
 		 413 aa  261  1e-68  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2030  diaminopropionate ammonia-lyase  38.42 
 
 		 390 aa  253  5.000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.382998  normal  0.0279866 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0105  diaminopropionate ammonia-lyase  36.32 
 
 		 393 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4080  diaminopropionate ammonia-lyase  36.43 
 
 		 392 aa  243  3e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2043  diaminopropionate ammonia-lyase  42.35 
 
 		 410 aa  238  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0639  diaminopropionate ammonia-lyase  36.59 
 
 		 410 aa  232  1e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1422  diaminopropionate ammonia-lyase  35.47 
 
 		 393 aa  224  3e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227055 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3023  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.56 
 
 		 396 aa  218  1e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3336  diaminopropionate ammonia-lyase  45.43 
 
 		 380 aa  192  9e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0394845  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1635  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.91 
 
 		 402 aa  188  1e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.752486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2709  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.12 
 
 		 352 aa  155  8e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.201895  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1828  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.51 
 
 		 345 aa  145  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.188606 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  33.33 
 
 		 753 aa  135  9e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3533  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.75 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1343  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.91 
 
 		 368 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  26.06 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2925  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  28.77 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.412032 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1537  threonine synthase  35.59 
 
 		 325 aa  68.6  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  28.06 
 
 		 511 aa  67.8  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  24.87 
 
 		 514 aa  64.7  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  25.86 
 
 		 507 aa  64.3  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1597  threonine dehydratase  26.4 
 
 		 416 aa  63.2  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5685  threonine dehydratase  32.53 
 
 		 517 aa  62.4  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000112731  normal  0.257645 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  26.81 
 
 		 509 aa  61.2  0.00000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  27.9 
 
 		 503 aa  60.5  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  24.68 
 
 		 395 aa  60.5  0.00000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  27.92 
 
 		 505 aa  60.1  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5343  threonine dehydratase  26.91 
 
 		 420 aa  60.1  0.00000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0929  threonine dehydratase  27.23 
 
 		 527 aa  60.1  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767774 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  31.06 
 
 		 506 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  24.58 
 
 		 504 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  31.29 
 
 		 507 aa  58.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  31.06 
 
 		 506 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2428  D-serine dehydratase  25.98 
 
 		 379 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  24.88 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6145  threonine dehydratase  29.39 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  28.26 
 
 		 514 aa  58.2  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1421  threonine dehydratase  24.87 
 
 		 416 aa  57.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.163936 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1733  hypothetical protein  36.26 
 
 		 116 aa  57.4  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000606559  normal  0.524919 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  24.17 
 
 		 504 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  26.44 
 
 		 501 aa  57  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0819  hypothetical protein  27.05 
 
 		 333 aa  57  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0207  threonine dehydratase  26.64 
 
 		 417 aa  57  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.743281 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0644  threonine dehydratase  26.79 
 
 		 549 aa  55.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0883544 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5774  threonine dehydratase  28.16 
 
 		 323 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1218  response regulator receiver protein  25.56 
 
 		 545 aa  55.5  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2649  threonine dehydratase  25.93 
 
 		 415 aa  55.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.384184  normal  0.666765 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5805  threonine dehydratase  29.76 
 
 		 323 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0087  threonine dehydratase  27.75 
 
 		 504 aa  55.5  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6018  threonine dehydratase  29.19 
 
 		 323 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6169  threonine dehydratase  29.76 
 
 		 323 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0794807  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1673  threonine dehydratase  21.46 
 
 		 422 aa  54.7  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1624  D-serine dehydratase  27.27 
 
 		 451 aa  54.7  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2496  threonine dehydratase  25.53 
 
 		 416 aa  54.7  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39224  predicted protein  27.69 
 
 		 510 aa  54.7  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0161526  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1083  threonine dehydratase  28.51 
 
 		 529 aa  53.9  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.715043  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  25.48 
 
 		 321 aa  53.9  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  26.44 
 
 		 315 aa  53.5  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>