More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0819 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0819  hypothetical protein  100 
 
 		 333 aa  668    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0890  hypothetical protein  90.06 
 
 		 333 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0948  hypothetical protein  80.72 
 
 		 334 aa  482  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4441  hypothetical protein  62.82 
 
 		 339 aa  362  4e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53260  hypothetical protein  60.38 
 
 		 320 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.845489 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4911  hypothetical protein  60.65 
 
 		 323 aa  350  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.301793  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2099  hypothetical protein  58.36 
 
 		 328 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4669  hypothetical protein  59.68 
 
 		 320 aa  349  5e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.838467  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3120  hypothetical protein  62.86 
 
 		 325 aa  346  4e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4245  hypothetical protein  58.99 
 
 		 335 aa  344  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3847  hypothetical protein  62.1 
 
 		 324 aa  342  8e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.68652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0730  hypothetical protein  59.21 
 
 		 321 aa  336  3.9999999999999995e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0901199  normal  0.986029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3254  hypothetical protein  57.88 
 
 		 330 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.897586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3749  hypothetical protein  58.15 
 
 		 323 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6086  hypothetical protein  57.89 
 
 		 327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3226  hypothetical protein  57.33 
 
 		 316 aa  324  1e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0738  hypothetical protein  57.19 
 
 		 325 aa  319  5e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3855  hypothetical protein  55.06 
 
 		 321 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2225  hypothetical protein  51.13 
 
 		 318 aa  301  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3189  hypothetical protein  48.87 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4126  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.39 
 
 		 333 aa  184  3e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.982421  normal  0.0175954 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0816  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.6 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3117  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  37.04 
 
 		 329 aa  168  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00803361  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  34.08 
 
 		 403 aa  157  3e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4633  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.67 
 
 		 315 aa  156  4e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  31.75 
 
 		 403 aa  155  1e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  32.14 
 
 		 403 aa  155  1e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  30.35 
 
 		 403 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  31.75 
 
 		 403 aa  154  2e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  31.75 
 
 		 403 aa  154  2e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 405 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.85 
 
 		 332 aa  149  8e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  33.55 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  30.28 
 
 		 404 aa  147  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  34.85 
 
 		 358 aa  147  3e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  32.35 
 
 		 403 aa  144  1e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  35.37 
 
 		 515 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3238  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.35 
 
 		 340 aa  142  9.999999999999999e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  35.37 
 
 		 515 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  29.75 
 
 		 401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  33.44 
 
 		 504 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  35.92 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  33.44 
 
 		 504 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  36.96 
 
 		 506 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  36.96 
 
 		 506 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2713  threonine dehydratase  36.28 
 
 		 410 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.420797 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  33.67 
 
 		 321 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  30.72 
 
 		 507 aa  135  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  30.87 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2877  threonine dehydratase  35.74 
 
 		 422 aa  134  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.188993  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.33 
 
 		 328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  32.89 
 
 		 520 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  32.28 
 
 		 415 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.06 
 
 		 315 aa  133  5e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  29.08 
 
 		 402 aa  133  5e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.65 
 
 		 322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0111  threonine dehydratase  35.16 
 
 		 400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577091  normal  0.0541762 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.22 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  28.03 
 
 		 402 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0069  threonine dehydratase  33.65 
 
 		 410 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.33 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3446  threonine dehydratase  31.95 
 
 		 530 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48270  threonine dehydratase  32.79 
 
 		 504 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 509 aa  130  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1146  threonine dehydratase  34.72 
 
 		 423 aa  130  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0807272  normal  0.0946601 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  30.06 
 
 		 402 aa  130  3e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  31.83 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  31.53 
 
 		 395 aa  129  5.0000000000000004e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  31.83 
 
 		 324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2318  threonine dehydratase  31.95 
 
 		 519 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  31.83 
 
 		 324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  33.56 
 
 		 402 aa  129  6e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  31.49 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  30.13 
 
 		 322 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  31.49 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3338  threonine dehydratase, biosynthetic  30.34 
 
 		 511 aa  129  7.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  31.83 
 
 		 324 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  29.94 
 
 		 402 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  31.51 
 
 		 401 aa  129  9.000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  31.13 
 
 		 403 aa  129  9.000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0142  threonine dehydratase  35.78 
 
 		 402 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0336492 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3029  threonine dehydratase  34.08 
 
 		 398 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0116526 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3319  threonine dehydratase  37.62 
 
 		 410 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.813213  normal  0.377065 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.15 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0057  threonine dehydratase  36.59 
 
 		 410 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.835911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.09 
 
 		 318 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  30.77 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1842  threonine dehydratase  34.88 
 
 		 416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.53937 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3647  threonine dehydratase  29.84 
 
 		 516 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.45 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4935  threonine dehydratase  34.19 
 
 		 403 aa  127  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  32.89 
 
 		 403 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1100  threonine dehydratase  33.84 
 
 		 421 aa  127  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0344  threonine dehydratase  33.02 
 
 		 399 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3984  threonine dehydratase  35.35 
 
 		 412 aa  126  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2432  threonine dehydratase  31.53 
 
 		 402 aa  126  6e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  30.86 
 
 		 537 aa  125  7e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4756  threonine dehydratase  29.08 
 
 		 514 aa  125  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0043  threonine dehydratase  35.65 
 
 		 411 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>