More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3749 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3749  hypothetical protein  100 
 
 		 323 aa  638    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3855  hypothetical protein  70.22 
 
 		 321 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3226  hypothetical protein  67.94 
 
 		 316 aa  400  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2099  hypothetical protein  61.89 
 
 		 328 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2225  hypothetical protein  59.37 
 
 		 318 aa  350  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3254  hypothetical protein  61.89 
 
 		 330 aa  349  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.897586 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4669  hypothetical protein  58.92 
 
 		 320 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.838467  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53260  hypothetical protein  58.6 
 
 		 320 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.845489 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3189  hypothetical protein  58.28 
 
 		 323 aa  341  1e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6086  hypothetical protein  61.24 
 
 		 327 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0819  hypothetical protein  58.15 
 
 		 333 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0890  hypothetical protein  57.05 
 
 		 333 aa  330  3e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0730  hypothetical protein  57.7 
 
 		 321 aa  317  1e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0901199  normal  0.986029 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0948  hypothetical protein  55.91 
 
 		 334 aa  309  4e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4441  hypothetical protein  53.99 
 
 		 339 aa  305  5.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4911  hypothetical protein  53.05 
 
 		 323 aa  301  9e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.301793  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4245  hypothetical protein  50.8 
 
 		 335 aa  290  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0738  hypothetical protein  50.63 
 
 		 325 aa  285  5.999999999999999e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3847  hypothetical protein  52.08 
 
 		 324 aa  281  8.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.68652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3120  hypothetical protein  51.43 
 
 		 325 aa  281  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4126  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.55 
 
 		 333 aa  189  4e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.982421  normal  0.0175954 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  34.7 
 
 		 403 aa  177  2e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  33.44 
 
 		 403 aa  172  5e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  32.59 
 
 		 403 aa  171  1e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  32.27 
 
 		 403 aa  171  1e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  34.07 
 
 		 400 aa  170  3e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0816  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.31 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  31.95 
 
 		 403 aa  169  6e-41  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  32.27 
 
 		 403 aa  169  6e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  34.39 
 
 		 405 aa  165  8e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  30.99 
 
 		 402 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4633  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.59 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  30.35 
 
 		 402 aa  156  6e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  35.74 
 
 		 509 aa  154  2.9999999999999998e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3117  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  37.71 
 
 		 329 aa  152  8.999999999999999e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00803361  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1237  threonine dehydratase  38.51 
 
 		 412 aa  151  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221207 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3238  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.62 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  37.59 
 
 		 514 aa  150  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  34.71 
 
 		 515 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1165  threonine dehydratase  37.42 
 
 		 412 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.499375  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  34.43 
 
 		 408 aa  150  3e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  28.93 
 
 		 404 aa  149  4e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  30.59 
 
 		 403 aa  149  6e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  32.17 
 
 		 402 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 403 aa  148  1.0000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  34.71 
 
 		 515 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  33.54 
 
 		 415 aa  147  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  32.31 
 
 		 507 aa  147  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  36.9 
 
 		 403 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4161  threonine dehydratase  35.49 
 
 		 516 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  33.92 
 
 		 504 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  36.67 
 
 		 358 aa  145  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  32.78 
 
 		 395 aa  144  1e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  33.92 
 
 		 504 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  36.49 
 
 		 402 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4756  threonine dehydratase  33.67 
 
 		 514 aa  144  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1146  threonine dehydratase  37.5 
 
 		 423 aa  143  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0807272  normal  0.0946601 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  34.14 
 
 		 537 aa  143  4e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  34.49 
 
 		 403 aa  143  5e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00414  threonine dehydratase  31.99 
 
 		 515 aa  142  6e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  29.45 
 
 		 408 aa  142  9e-33  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.13 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0486  threonine dehydratase  34.98 
 
 		 402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.420831  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3191  hypothetical protein  37.1 
 
 		 350 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  36.43 
 
 		 506 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  32.3 
 
 		 520 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  36.43 
 
 		 506 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  35.76 
 
 		 400 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2492  threonine dehydratase  31.29 
 
 		 510 aa  140  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2713  threonine dehydratase  37.05 
 
 		 410 aa  139  4.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.420797 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4344  threonine dehydratase  33.56 
 
 		 545 aa  139  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1431  threonine dehydratase  35.49 
 
 		 509 aa  139  7.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0729808 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4011  threonine dehydratase  32.89 
 
 		 515 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0184686 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  29.43 
 
 		 401 aa  138  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0142  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 514 aa  138  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0549  threonine dehydratase, biosynthetic  35.96 
 
 		 504 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.597687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4130  threonine dehydratase  33.67 
 
 		 514 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4115  threonine dehydratase  32.99 
 
 		 514 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4236  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 514 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4187  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 514 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3446  threonine dehydratase  33.11 
 
 		 530 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  32.3 
 
 		 501 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0979  threonine dehydratase  38.97 
 
 		 404 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002037  threonine dehydratase biosynthetic  31.29 
 
 		 515 aa  136  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4295  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 514 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48270  threonine dehydratase  35.21 
 
 		 504 aa  137  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0043  threonine dehydratase  36.71 
 
 		 411 aa  136  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  30.24 
 
 		 511 aa  136  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0111  threonine dehydratase  35.44 
 
 		 400 aa  136  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577091  normal  0.0541762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2525  hypothetical protein  35.29 
 
 		 333 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0335353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  30.52 
 
 		 401 aa  135  8e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1660  threonine dehydratase  34.39 
 
 		 403 aa  135  9e-31  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0212485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2318  threonine dehydratase  33.11 
 
 		 519 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1403  threonine dehydratase  33.44 
 
 		 403 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4147  threonine dehydratase  32.31 
 
 		 514 aa  134  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  34.36 
 
 		 509 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08200  L-threonine ammonia-lyase  37.84 
 
 		 408 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0196535 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3411  threonine dehydratase  34.13 
 
 		 517 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5206  threonine dehydratase  32.31 
 
 		 514 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.98 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>