More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2525 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2525  hypothetical protein  100 
 
 		 333 aa  675    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0335353  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3191  hypothetical protein  93.07 
 
 		 350 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2674  hypothetical protein  76.4 
 
 		 325 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3798  hypothetical protein  59.62 
 
 		 320 aa  370  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0008  hypothetical protein  59.31 
 
 		 320 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4146  hypothetical protein  59.31 
 
 		 320 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0037  hypothetical protein  61.83 
 
 		 322 aa  361  1e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  48.79 
 
 		 321 aa  269  5e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  49.48 
 
 		 321 aa  268  1e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2925  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  51.6 
 
 		 318 aa  266  4e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.412032 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  42.05 
 
 		 405 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.47 
 
 		 320 aa  208  9e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  36.88 
 
 		 402 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  39.62 
 
 		 408 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  41.55 
 
 		 520 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  40 
 
 		 509 aa  197  3e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  36.21 
 
 		 402 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  40.88 
 
 		 504 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  40.88 
 
 		 504 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  35.39 
 
 		 403 aa  191  2e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.3 
 
 		 332 aa  190  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  37.83 
 
 		 403 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.5 
 
 		 321 aa  188  9e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  38.64 
 
 		 501 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.98 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  39.46 
 
 		 501 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  38.06 
 
 		 402 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  40.06 
 
 		 402 aa  187  2e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  43.42 
 
 		 358 aa  187  3e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  39.6 
 
 		 509 aa  187  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  41.12 
 
 		 401 aa  186  5e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  41.12 
 
 		 401 aa  186  5e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  37.83 
 
 		 400 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.8 
 
 		 315 aa  186  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  37.33 
 
 		 326 aa  185  8e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000638  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme beta subunit  36.91 
 
 		 324 aa  185  8e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.79 
 
 		 321 aa  185  8e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  37.33 
 
 		 324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3770  threonine dehydratase  41.06 
 
 		 412 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0248886 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  38.51 
 
 		 326 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  37.22 
 
 		 403 aa  184  1.0000000000000001e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  38.78 
 
 		 514 aa  185  1.0000000000000001e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4935  threonine dehydratase  38.21 
 
 		 403 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  38.39 
 
 		 325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  35.76 
 
 		 400 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  36.39 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  37.33 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.47 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  38.7 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  37.33 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2432  threonine dehydratase  38.73 
 
 		 402 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0344  threonine dehydratase  38.28 
 
 		 399 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.19 
 
 		 326 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  37.3 
 
 		 402 aa  182  6e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.16 
 
 		 320 aa  182  7e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.42 
 
 		 315 aa  182  9.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  34.11 
 
 		 403 aa  181  1e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  35.31 
 
 		 403 aa  181  1e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  35.31 
 
 		 403 aa  181  2e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  39.47 
 
 		 515 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  36.99 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  36.49 
 
 		 507 aa  181  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  39.47 
 
 		 515 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2492  threonine dehydratase  40.07 
 
 		 510 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  36.39 
 
 		 327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0111  threonine dehydratase  38.08 
 
 		 400 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577091  normal  0.0541762 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0128  threonine dehydratase  36.79 
 
 		 503 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.37 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  36.27 
 
 		 511 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  36.3 
 
 		 324 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  37.63 
 
 		 507 aa  179  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09911  threonine dehydratase  35.24 
 
 		 513 aa  179  4e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  35.28 
 
 		 322 aa  180  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  36.3 
 
 		 324 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2441  threonine dehydratase  35.55 
 
 		 406 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000148333  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  37.29 
 
 		 503 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2906  threonine dehydratase  37.74 
 
 		 333 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.161392 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  35.52 
 
 		 327 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.33 
 
 		 324 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5805  threonine dehydratase  37.93 
 
 		 323 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6169  threonine dehydratase  37.93 
 
 		 323 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0794807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  37.42 
 
 		 401 aa  179  9e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6018  threonine dehydratase  36.42 
 
 		 323 aa  179  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  36.45 
 
 		 514 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  34.98 
 
 		 403 aa  178  1e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  36.45 
 
 		 402 aa  178  1e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  38.41 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0733  threonine dehydratase  38.33 
 
 		 515 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.880513  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  38.41 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3269  threonine dehydratase  41.47 
 
 		 502 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.579031  normal  0.510346 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  35.22 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  35.22 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2424  threonine dehydratase  37.42 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  35.22 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  35.22 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  35.22 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  35.22 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  38.57 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  34.53 
 
 		 403 aa  177  2e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.82 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>