More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3254 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3254  hypothetical protein  100 
 
 		 330 aa  663    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.897586 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2099  hypothetical protein  86.63 
 
 		 328 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6086  hypothetical protein  75.69 
 
 		 327 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4669  hypothetical protein  59.16 
 
 		 320 aa  348  5e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.838467  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2225  hypothetical protein  58.47 
 
 		 318 aa  342  7e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53260  hypothetical protein  57.23 
 
 		 320 aa  340  1e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.845489 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3855  hypothetical protein  57.32 
 
 		 321 aa  338  7e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0730  hypothetical protein  58.03 
 
 		 321 aa  337  1.9999999999999998e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0901199  normal  0.986029 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3226  hypothetical protein  60.26 
 
 		 316 aa  336  2.9999999999999997e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3749  hypothetical protein  59.63 
 
 		 323 aa  333  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0819  hypothetical protein  57.1 
 
 		 333 aa  331  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0890  hypothetical protein  56.65 
 
 		 333 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3189  hypothetical protein  56.13 
 
 		 323 aa  322  4e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4911  hypothetical protein  55.27 
 
 		 323 aa  319  3e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.301793  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4441  hypothetical protein  56.49 
 
 		 339 aa  312  3.9999999999999997e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3847  hypothetical protein  57.69 
 
 		 324 aa  309  4e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.68652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3120  hypothetical protein  57.37 
 
 		 325 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0948  hypothetical protein  56.47 
 
 		 334 aa  296  3e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0738  hypothetical protein  53.67 
 
 		 325 aa  292  4e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4245  hypothetical protein  52.96 
 
 		 335 aa  288  7e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4126  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.95 
 
 		 333 aa  188  9e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.982421  normal  0.0175954 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0816  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.38 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  36.42 
 
 		 405 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4633  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.33 
 
 		 315 aa  169  7e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  34.9 
 
 		 403 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  34.71 
 
 		 403 aa  166  4e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3238  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.33 
 
 		 340 aa  165  8e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  32.69 
 
 		 403 aa  162  8.000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  33.12 
 
 		 403 aa  162  8.000000000000001e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  31.43 
 
 		 403 aa  162  1e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  32.36 
 
 		 403 aa  160  2e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  32.36 
 
 		 403 aa  160  4e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  32.48 
 
 		 400 aa  159  6e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  35.53 
 
 		 403 aa  159  8e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  31.65 
 
 		 404 aa  158  1e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  32.35 
 
 		 402 aa  155  8e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3117  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  36.93 
 
 		 329 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00803361  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  32.91 
 
 		 402 aa  153  4e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  36.07 
 
 		 358 aa  151  1e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  31.7 
 
 		 402 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  36.36 
 
 		 403 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.63 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1526  threonine dehydratase  36.16 
 
 		 403 aa  149  6e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.148383  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2432  threonine dehydratase  35.13 
 
 		 402 aa  149  8e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  36.16 
 
 		 403 aa  146  5e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  33.65 
 
 		 402 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  33.33 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  33.12 
 
 		 408 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  33.99 
 
 		 324 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  33.99 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  33.99 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1660  threonine dehydratase  37.38 
 
 		 403 aa  145  1e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0212485 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  30.79 
 
 		 402 aa  144  2e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  33 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  33.67 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  33.67 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2492  threonine dehydratase  31.89 
 
 		 510 aa  144  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  32.48 
 
 		 402 aa  144  3e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.67 
 
 		 339 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1720  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.43 
 
 		 330 aa  143  4e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  34.69 
 
 		 320 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0344  threonine dehydratase  37.99 
 
 		 399 aa  142  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  32.91 
 
 		 415 aa  142  9e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  34.91 
 
 		 403 aa  142  9e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0486  threonine dehydratase  37.85 
 
 		 402 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.420831  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00414  threonine dehydratase  31.62 
 
 		 515 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  33.33 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3072  threonine dehydratase  38.06 
 
 		 402 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0067161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002037  threonine dehydratase biosynthetic  31.62 
 
 		 515 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  33.88 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  36.01 
 
 		 403 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.46 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.48 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4294  threonine dehydratase  38.51 
 
 		 425 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0111  threonine dehydratase  36.69 
 
 		 400 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577091  normal  0.0541762 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.79 
 
 		 324 aa  139  4.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2877  threonine dehydratase  39.02 
 
 		 422 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.188993  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  32 
 
 		 324 aa  139  8.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  34.33 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0149  threonine dehydratase  37.06 
 
 		 409 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.436735  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.31 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  36.69 
 
 		 400 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0688  L-threonine ammonia-lyase  34.82 
 
 		 413 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.65 
 
 		 321 aa  139  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  33.45 
 
 		 515 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2713  threonine dehydratase  37.9 
 
 		 410 aa  138  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.420797 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  30.38 
 
 		 401 aa  138  2e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  35.81 
 
 		 506 aa  138  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  32.8 
 
 		 509 aa  138  2e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  35.81 
 
 		 506 aa  138  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  34.19 
 
 		 395 aa  137  3.0000000000000003e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.74 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1915  threonine dehydratase  34.38 
 
 		 411 aa  137  4e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  33.55 
 
 		 402 aa  135  7.000000000000001e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  32 
 
 		 504 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  32 
 
 		 504 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  31.54 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4035  threonine dehydratase  38.43 
 
 		 402 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  33.11 
 
 		 515 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  31.65 
 
 		 401 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>