More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0738 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0738  hypothetical protein  100 
 
 		 325 aa  655    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3120  hypothetical protein  62.78 
 
 		 325 aa  350  2e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3847  hypothetical protein  62.15 
 
 		 324 aa  347  1e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.68652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0890  hypothetical protein  58.47 
 
 		 333 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4911  hypothetical protein  60.9 
 
 		 323 aa  346  3e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.301793  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4441  hypothetical protein  61.34 
 
 		 339 aa  342  4e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0819  hypothetical protein  57.19 
 
 		 333 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4245  hypothetical protein  58.01 
 
 		 335 aa  335  7e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4669  hypothetical protein  56.51 
 
 		 320 aa  332  6e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.838467  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2099  hypothetical protein  53.53 
 
 		 328 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0948  hypothetical protein  59.6 
 
 		 334 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53260  hypothetical protein  55.56 
 
 		 320 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.845489 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0730  hypothetical protein  56.86 
 
 		 321 aa  318  9e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0901199  normal  0.986029 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2225  hypothetical protein  52.05 
 
 		 318 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3254  hypothetical protein  53.67 
 
 		 330 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.897586 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6086  hypothetical protein  53.53 
 
 		 327 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3855  hypothetical protein  53.97 
 
 		 321 aa  298  8e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3226  hypothetical protein  51.58 
 
 		 316 aa  296  3e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3189  hypothetical protein  48.12 
 
 		 323 aa  289  4e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3749  hypothetical protein  50.63 
 
 		 323 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0816  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.84 
 
 		 315 aa  176  3e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  34.18 
 
 		 403 aa  171  1e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4126  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.77 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.982421  normal  0.0175954 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4633  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.69 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  31.11 
 
 		 403 aa  159  5e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  31.11 
 
 		 403 aa  159  9e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  31.01 
 
 		 403 aa  159  9e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  31.01 
 
 		 403 aa  158  1e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  31.11 
 
 		 403 aa  156  4e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3117  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  37.29 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00803361  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  33.44 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  31.53 
 
 		 405 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.45 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  30.28 
 
 		 402 aa  143  4e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  36.52 
 
 		 515 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  30.31 
 
 		 400 aa  140  3e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  32.89 
 
 		 507 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  29.32 
 
 		 403 aa  139  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  31.17 
 
 		 401 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  32.55 
 
 		 326 aa  139  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  36.18 
 
 		 515 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  32.91 
 
 		 408 aa  138  1e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2713  threonine dehydratase  35.31 
 
 		 410 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.420797 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  29.34 
 
 		 402 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  34.82 
 
 		 320 aa  136  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  30.31 
 
 		 395 aa  136  5e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  27.39 
 
 		 404 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  34.77 
 
 		 514 aa  133  3.9999999999999996e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0069  threonine dehydratase  32.81 
 
 		 410 aa  130  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  32.33 
 
 		 320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  31.58 
 
 		 401 aa  129  6e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1660  threonine dehydratase  34 
 
 		 403 aa  129  6e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0212485 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  34.92 
 
 		 415 aa  129  8.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  33.21 
 
 		 509 aa  129  8.000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  34.24 
 
 		 504 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3238  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.65 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  30.34 
 
 		 514 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4011  threonine dehydratase  33.44 
 
 		 515 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0184686 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  32.92 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  33.67 
 
 		 504 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.38 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  29.1 
 
 		 408 aa  127  3e-28  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  33.22 
 
 		 506 aa  127  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  33.22 
 
 		 506 aa  127  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3338  threonine dehydratase, biosynthetic  30.48 
 
 		 511 aa  127  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.09 
 
 		 317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.89 
 
 		 339 aa  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  32.7 
 
 		 403 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4756  threonine dehydratase  31.85 
 
 		 514 aa  125  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  31.44 
 
 		 324 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  33.78 
 
 		 520 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  30.09 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  31.44 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  29.56 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  31.44 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1526  threonine dehydratase  34.28 
 
 		 403 aa  124  2e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.148383  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  30.69 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  33.21 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  30.69 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00414  threonine dehydratase  31.16 
 
 		 515 aa  124  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4909  threonine dehydratase  35.89 
 
 		 527 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  29.07 
 
 		 511 aa  123  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4161  threonine dehydratase  32.65 
 
 		 516 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4139  threonine dehydratase  32.19 
 
 		 515 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0936158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4236  threonine dehydratase  31.85 
 
 		 514 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4187  threonine dehydratase  31.85 
 
 		 514 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5206  threonine dehydratase  32.19 
 
 		 514 aa  123  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4147  threonine dehydratase  32.19 
 
 		 514 aa  123  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4284  threonine dehydratase  32.19 
 
 		 514 aa  123  5e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.976418  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3647  threonine dehydratase  33.11 
 
 		 516 aa  123  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4115  threonine dehydratase  31.51 
 
 		 514 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  30.25 
 
 		 324 aa  122  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4130  threonine dehydratase  31.51 
 
 		 514 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.4 
 
 		 320 aa  122  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1146  threonine dehydratase  34.93 
 
 		 423 aa  122  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0807272  normal  0.0946601 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  28.88 
 
 		 402 aa  122  9e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5602  putative threonine dehydratase  34.2 
 
 		 363 aa  122  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0142  threonine dehydratase  31.85 
 
 		 514 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0020  L-threonine ammonia-lyase  32.78 
 
 		 504 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.381683  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0549  threonine dehydratase, biosynthetic  33.22 
 
 		 504 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.597687  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>