More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0890 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0890  hypothetical protein  100 
 
 		 333 aa  667    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0819  hypothetical protein  90.06 
 
 		 333 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0948  hypothetical protein  81.33 
 
 		 334 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4441  hypothetical protein  62.5 
 
 		 339 aa  358  5e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4669  hypothetical protein  60.32 
 
 		 320 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.838467  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53260  hypothetical protein  60.06 
 
 		 320 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.845489 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4245  hypothetical protein  59.27 
 
 		 335 aa  350  2e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4911  hypothetical protein  59.55 
 
 		 323 aa  349  3e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.301793  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2099  hypothetical protein  56.25 
 
 		 328 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3120  hypothetical protein  62.22 
 
 		 325 aa  339  4e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3847  hypothetical protein  61.46 
 
 		 324 aa  335  7.999999999999999e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.68652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0738  hypothetical protein  58.47 
 
 		 325 aa  330  2e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0730  hypothetical protein  58.55 
 
 		 321 aa  327  1.0000000000000001e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0901199  normal  0.986029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3254  hypothetical protein  57.42 
 
 		 330 aa  325  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.897586 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6086  hypothetical protein  57.89 
 
 		 327 aa  325  7e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3855  hypothetical protein  55.77 
 
 		 321 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3749  hypothetical protein  57.05 
 
 		 323 aa  322  8e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3226  hypothetical protein  56.77 
 
 		 316 aa  321  9.999999999999999e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2225  hypothetical protein  51.13 
 
 		 318 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3189  hypothetical protein  47.59 
 
 		 323 aa  274  1.0000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4126  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.69 
 
 		 333 aa  188  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.982421  normal  0.0175954 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0816  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.93 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3117  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  37.37 
 
 		 329 aa  166  4e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00803361  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  32.78 
 
 		 405 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4633  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.46 
 
 		 315 aa  156  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  33.55 
 
 		 403 aa  155  8e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.54 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  34.85 
 
 		 358 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  32.45 
 
 		 326 aa  153  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  30.6 
 
 		 403 aa  151  1e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  35.23 
 
 		 321 aa  151  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  30.6 
 
 		 403 aa  150  2e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  30.6 
 
 		 403 aa  150  2e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3238  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.3 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  29.84 
 
 		 403 aa  150  3e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  29.34 
 
 		 404 aa  149  9e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  30.03 
 
 		 403 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  30.48 
 
 		 401 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  32.99 
 
 		 507 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0057  threonine dehydratase  38.17 
 
 		 410 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.835911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  30.89 
 
 		 403 aa  145  1e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  34.77 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2713  threonine dehydratase  36.91 
 
 		 410 aa  144  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.420797 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3319  threonine dehydratase  39.23 
 
 		 410 aa  143  4e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.813213  normal  0.377065 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.44 
 
 		 339 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.33 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  33.67 
 
 		 403 aa  139  4.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  36.33 
 
 		 506 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  36.33 
 
 		 506 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  31.83 
 
 		 324 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  31.83 
 
 		 324 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.23 
 
 		 324 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.67 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  34.9 
 
 		 515 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  31.49 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  34.9 
 
 		 515 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  30.67 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.24 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  33.54 
 
 		 415 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  31.83 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  31.49 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  31.49 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0069  threonine dehydratase  34.08 
 
 		 410 aa  136  6.0000000000000005e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4935  threonine dehydratase  34.82 
 
 		 403 aa  134  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  32.24 
 
 		 401 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.83 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  32 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  31.51 
 
 		 395 aa  133  3e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  33.11 
 
 		 520 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3338  threonine dehydratase, biosynthetic  30.95 
 
 		 511 aa  133  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3647  threonine dehydratase  31.08 
 
 		 516 aa  133  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  30.03 
 
 		 322 aa  132  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  32.65 
 
 		 504 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.22 
 
 		 315 aa  132  6.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  32.65 
 
 		 504 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  28.03 
 
 		 402 aa  132  6.999999999999999e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  34.01 
 
 		 403 aa  132  6.999999999999999e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3984  threonine dehydratase  35.44 
 
 		 412 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.99 
 
 		 324 aa  132  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  31.54 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2619  threonine dehydratase  35.71 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399285 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1842  threonine dehydratase  35.33 
 
 		 416 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.53937 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.53 
 
 		 338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.34 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3446  threonine dehydratase  32.55 
 
 		 530 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  32.75 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  32.75 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  34.45 
 
 		 509 aa  130  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  30.9 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.29 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  32.75 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  32.75 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  32.75 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  32.75 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  32.75 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.28 
 
 		 318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  28.89 
 
 		 402 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2492  threonine dehydratase  29.62 
 
 		 510 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  32.87 
 
 		 403 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  27.71 
 
 		 402 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>