More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6086 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6086  hypothetical protein  100 
 
 		 327 aa  658    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2099  hypothetical protein  76.03 
 
 		 328 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3254  hypothetical protein  77.39 
 
 		 330 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.897586 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3226  hypothetical protein  63.19 
 
 		 316 aa  348  8e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2225  hypothetical protein  58.47 
 
 		 318 aa  344  8.999999999999999e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3855  hypothetical protein  59.42 
 
 		 321 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4669  hypothetical protein  58.39 
 
 		 320 aa  335  5e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.838467  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0730  hypothetical protein  59.02 
 
 		 321 aa  329  3e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0901199  normal  0.986029 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0819  hypothetical protein  57.89 
 
 		 333 aa  328  6e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3189  hypothetical protein  57.42 
 
 		 323 aa  328  9e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0890  hypothetical protein  57.89 
 
 		 333 aa  326  4.0000000000000003e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53260  hypothetical protein  56.77 
 
 		 320 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.845489 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3749  hypothetical protein  61.24 
 
 		 323 aa  323  3e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4911  hypothetical protein  57 
 
 		 323 aa  319  5e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.301793  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0948  hypothetical protein  58.97 
 
 		 334 aa  300  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4441  hypothetical protein  55.02 
 
 		 339 aa  297  1e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0738  hypothetical protein  53.53 
 
 		 325 aa  294  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3847  hypothetical protein  55.1 
 
 		 324 aa  293  4e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.68652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3120  hypothetical protein  55.31 
 
 		 325 aa  291  1e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4245  hypothetical protein  52.13 
 
 		 335 aa  277  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4126  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.27 
 
 		 333 aa  174  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.982421  normal  0.0175954 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0816  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  35.16 
 
 		 405 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  33.55 
 
 		 403 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4633  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.14 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  33.44 
 
 		 403 aa  157  2e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3238  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.5 
 
 		 340 aa  155  8e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  32.7 
 
 		 403 aa  154  2e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  33.02 
 
 		 403 aa  154  2e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  32.7 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  32.7 
 
 		 403 aa  153  4e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  31.95 
 
 		 400 aa  151  2e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  29.43 
 
 		 404 aa  150  4e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  30.79 
 
 		 403 aa  150  4e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  32.51 
 
 		 403 aa  146  5e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3117  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  36.01 
 
 		 329 aa  145  8.000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00803361  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 403 aa  144  2e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  33.88 
 
 		 358 aa  143  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  31.39 
 
 		 402 aa  142  5e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.82 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  32.18 
 
 		 402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  33.22 
 
 		 326 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  31.94 
 
 		 408 aa  139  8.999999999999999e-32  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  34.23 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  31.95 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  32.88 
 
 		 402 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  34.23 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  34.23 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  30.25 
 
 		 402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2877  threonine dehydratase  36.51 
 
 		 422 aa  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.188993  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  30.42 
 
 		 402 aa  136  4e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.99 
 
 		 324 aa  136  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  33.02 
 
 		 403 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.18 
 
 		 328 aa  136  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  31.97 
 
 		 415 aa  135  7.000000000000001e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  33.56 
 
 		 324 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.13 
 
 		 332 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.67 
 
 		 339 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  33.11 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  33.11 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  33.99 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  35.39 
 
 		 400 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  34.24 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  30.06 
 
 		 401 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  31.17 
 
 		 322 aa  133  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2432  threonine dehydratase  33.12 
 
 		 402 aa  132  6e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0344  threonine dehydratase  36.01 
 
 		 399 aa  132  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.47 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2492  threonine dehydratase  30.51 
 
 		 510 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1403  threonine dehydratase  32.81 
 
 		 403 aa  132  6.999999999999999e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.42 
 
 		 320 aa  132  6.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3770  threonine dehydratase  37.1 
 
 		 412 aa  132  9e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0248886 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  31.53 
 
 		 402 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  33.89 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.19 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3029  threonine dehydratase  34.19 
 
 		 398 aa  131  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0116526 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1660  threonine dehydratase  34.43 
 
 		 403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0212485 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.52 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1422  threonine dehydratase  31.76 
 
 		 403 aa  130  3e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  33 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.52 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.07 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.82 
 
 		 338 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00414  threonine dehydratase  30.51 
 
 		 515 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2394  threonine dehydratase  34.73 
 
 		 415 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2674  hypothetical protein  34.54 
 
 		 325 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  32.67 
 
 		 327 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.49 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  33.12 
 
 		 325 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  33.12 
 
 		 325 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  32.67 
 
 		 327 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  32.67 
 
 		 327 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  32.67 
 
 		 327 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  32.67 
 
 		 327 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  32.67 
 
 		 327 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1146  threonine dehydratase  36.68 
 
 		 423 aa  129  8.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0807272  normal  0.0946601 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  32.67 
 
 		 327 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.73 
 
 		 332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0736  threonine dehydratase  34.75 
 
 		 416 aa  128  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.51572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.68 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>