More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3855 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3855  hypothetical protein  100 
 
 		 321 aa  646    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3226  hypothetical protein  66.67 
 
 		 316 aa  412  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3749  hypothetical protein  70.22 
 
 		 323 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2099  hypothetical protein  58.86 
 
 		 328 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2225  hypothetical protein  61.71 
 
 		 318 aa  358  7e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53260  hypothetical protein  58.81 
 
 		 320 aa  350  3e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.845489 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4669  hypothetical protein  60.19 
 
 		 320 aa  348  5e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.838467  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3254  hypothetical protein  59.11 
 
 		 330 aa  339  4e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.897586 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6086  hypothetical protein  59.42 
 
 		 327 aa  338  9e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3189  hypothetical protein  55.7 
 
 		 323 aa  325  6e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0890  hypothetical protein  55.77 
 
 		 333 aa  321  8e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0819  hypothetical protein  55.06 
 
 		 333 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4911  hypothetical protein  55.13 
 
 		 323 aa  303  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.301793  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0948  hypothetical protein  56.01 
 
 		 334 aa  300  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4245  hypothetical protein  53.04 
 
 		 335 aa  300  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0730  hypothetical protein  54.75 
 
 		 321 aa  299  4e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0901199  normal  0.986029 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4441  hypothetical protein  54.31 
 
 		 339 aa  299  4e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3847  hypothetical protein  54.78 
 
 		 324 aa  295  7e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.68652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3120  hypothetical protein  54.29 
 
 		 325 aa  294  1e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0738  hypothetical protein  53.97 
 
 		 325 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4126  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.8 
 
 		 333 aa  186  4e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.982421  normal  0.0175954 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0816  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.67 
 
 		 315 aa  179  4e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  37.54 
 
 		 405 aa  176  5e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  32.79 
 
 		 402 aa  169  7e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 403 aa  166  5e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  33.01 
 
 		 403 aa  165  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  33.01 
 
 		 403 aa  165  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3117  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  39.93 
 
 		 329 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00803361  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  35.94 
 
 		 403 aa  162  6e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  36.33 
 
 		 408 aa  162  7e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4633  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.05 
 
 		 315 aa  162  8.000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  34.08 
 
 		 400 aa  161  1e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  31.21 
 
 		 402 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  33.23 
 
 		 403 aa  161  1e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3238  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.26 
 
 		 340 aa  159  6e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  32.36 
 
 		 403 aa  159  7e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 402 aa  158  1e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  34.69 
 
 		 415 aa  158  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  33.22 
 
 		 403 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  31.72 
 
 		 403 aa  156  4e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3798  hypothetical protein  35.78 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0008  hypothetical protein  35.46 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  35.14 
 
 		 324 aa  153  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  36.91 
 
 		 322 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.75 
 
 		 332 aa  153  5e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4146  hypothetical protein  35.46 
 
 		 320 aa  152  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.46 
 
 		 339 aa  153  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  35.25 
 
 		 509 aa  150  2e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  35.9 
 
 		 358 aa  149  6e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2492  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 510 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  34.7 
 
 		 403 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  30.91 
 
 		 401 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  33.87 
 
 		 324 aa  147  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00414  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 515 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.63 
 
 		 324 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.75 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  29.52 
 
 		 404 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  36.03 
 
 		 506 aa  144  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  36.03 
 
 		 506 aa  144  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002037  threonine dehydratase biosynthetic  32.66 
 
 		 515 aa  144  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  33.89 
 
 		 327 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4161  threonine dehydratase  34.78 
 
 		 516 aa  143  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1720  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.13 
 
 		 330 aa  143  5e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  33.89 
 
 		 327 aa  143  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  33.89 
 
 		 327 aa  143  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  33.89 
 
 		 327 aa  143  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  33.89 
 
 		 327 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  33.89 
 
 		 327 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  34.38 
 
 		 327 aa  142  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  33.89 
 
 		 327 aa  143  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.36 
 
 		 328 aa  142  8e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  33.78 
 
 		 395 aa  142  8e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.33 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  33.22 
 
 		 403 aa  141  9.999999999999999e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2525  hypothetical protein  36.13 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0335353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  33.11 
 
 		 326 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_83915  threonine deaminase  30.61 
 
 		 539 aa  137  2e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.370739  normal  0.0940196 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35 
 
 		 338 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  32.66 
 
 		 507 aa  138  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  35.81 
 
 		 514 aa  138  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2674  hypothetical protein  34.29 
 
 		 325 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1280  threonine dehydratase  34.87 
 
 		 505 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0425  threonine dehydratase  33.22 
 
 		 523 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  34.78 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4756  threonine dehydratase  32.32 
 
 		 514 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3647  threonine dehydratase  33.76 
 
 		 516 aa  137  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  34.11 
 
 		 324 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  33.76 
 
 		 320 aa  136  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3411  threonine dehydratase  33.78 
 
 		 517 aa  136  5e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  34.11 
 
 		 324 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  34.11 
 
 		 324 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2713  threonine dehydratase  35.76 
 
 		 410 aa  136  6.0000000000000005e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.420797 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  34.62 
 
 		 403 aa  136  6.0000000000000005e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0037  hypothetical protein  33.02 
 
 		 322 aa  135  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  31.65 
 
 		 402 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3338  threonine dehydratase, biosynthetic  31.62 
 
 		 511 aa  135  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2441  threonine dehydratase  30.7 
 
 		 406 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000148333  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  31.7 
 
 		 402 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  31.99 
 
 		 504 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  35.85 
 
 		 403 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>