108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02609 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02276  D-serine dehydratase  72.27 
 
 		 442 aa  645    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1291  D-serine ammonia-lyase  72.05 
 
 		 442 aa  644    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4659  D-serine dehydratase  75.79 
 
 		 443 aa  688    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.347338  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003747  D-serine dehydratase  84.2 
 
 		 443 aa  753    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0243202  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0362  D-serine dehydratase  79 
 
 		 441 aa  704    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02609  D-serine dehydratase  100 
 
 		 443 aa  920    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2503  D-serine dehydratase  72.27 
 
 		 442 aa  645    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.270405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2652  D-serine dehydratase  72.27 
 
 		 442 aa  645    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3449  D-serine dehydratase  75.97 
 
 		 441 aa  667    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1303  D-serine dehydratase  72.05 
 
 		 442 aa  644    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.29121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2516  D-serine dehydratase  72.98 
 
 		 438 aa  642    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.232923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3597  D-serine dehydratase  72.27 
 
 		 442 aa  645    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00277726 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02237  hypothetical protein  72.27 
 
 		 442 aa  645    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2515  D-serine dehydratase  71.88 
 
 		 445 aa  629  1e-179  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.790637 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4082  D-serine dehydratase  71.56 
 
 		 440 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4132  D-serine dehydratase  71.56 
 
 		 440 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.293568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4011  D-serine dehydratase  71.33 
 
 		 440 aa  628  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4190  D-serine dehydratase  71.56 
 
 		 440 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4027  D-serine dehydratase  71.33 
 
 		 440 aa  627  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0021  D-serine dehydratase  70.91 
 
 		 434 aa  605  9.999999999999999e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2735  D-serine dehydratase  72.53 
 
 		 422 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1718  D-serine dehydratase  69.48 
 
 		 432 aa  599  1e-170  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1855  D-serine dehydratase  62.99 
 
 		 443 aa  553  1e-156  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.478558  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20650  D-serine dehydratase  64.37 
 
 		 448 aa  554  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00676968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3070  D-serine dehydratase  63.93 
 
 		 449 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3112  D-serine dehydratase  64.4 
 
 		 445 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3545  D-serine dehydratase  62.76 
 
 		 443 aa  554  1e-156  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3934  D-serine ammonia-lyase  62.35 
 
 		 451 aa  551  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1653  D-serine dehydratase  63.19 
 
 		 446 aa  550  1e-155  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1784  D-serine dehydratase  63.19 
 
 		 446 aa  550  1e-155  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.936434  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1773  D-serine dehydratase  64.12 
 
 		 448 aa  551  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1796  D-serine dehydratase  62.07 
 
 		 443 aa  548  1e-155  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.395569  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1833  D-serine dehydratase  63.19 
 
 		 464 aa  550  1e-155  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1631  D-serine dehydratase  62.04 
 
 		 446 aa  544  1e-154  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.325851  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1600  D-serine dehydratase  62.5 
 
 		 446 aa  547  1e-154  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.99334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1650  D-serine dehydratase  62.61 
 
 		 445 aa  546  1e-154  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.351732  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1907  D-serine dehydratase  61.72 
 
 		 443 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000531501  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3266  D-serine dehydratase  64.73 
 
 		 446 aa  532  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2017  D-serine dehydratase  62.21 
 
 		 464 aa  525  1e-148  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4129  D-serine ammonia-lyase  59.81 
 
 		 456 aa  523  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3826  D-serine dehydratase  58.88 
 
 		 445 aa  519  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.419593 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2763  D-serine dehydratase  56.4 
 
 		 459 aa  497  1e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1151  D-serine ammonia-lyase  59.35 
 
 		 461 aa  490  1e-137  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2895  D-serine dehydratase  56.55 
 
 		 449 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0789  D-serine ammonia-lyase  54.57 
 
 		 438 aa  454  1.0000000000000001e-126  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000399356  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0657  D-serine dehydratase  46.59 
 
 		 473 aa  382  1e-105  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1621  D-serine dehydratase  45 
 
 		 440 aa  378  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.48816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2915  D-serine dehydratase  44.94 
 
 		 443 aa  370  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.464648  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2092  D-serine dehydratase  43.69 
 
 		 442 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.962214  normal  0.0544874 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4614  D-serine dehydratase  47.51 
 
 		 455 aa  363  3e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1364  D-serine dehydratase  44.15 
 
 		 446 aa  360  3e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0658416 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2428  D-serine dehydratase  46.49 
 
 		 379 aa  331  1e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0245  D-serine dehydratase  41.27 
 
 		 444 aa  330  3e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1624  D-serine dehydratase  44.29 
 
 		 451 aa  329  5.0000000000000004e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2250  D-serine dehydratase  44.06 
 
 		 451 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.81638 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0232  D-serine dehydratase  46.02 
 
 		 429 aa  316  7e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.910645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2980  D-serine dehydratase  39.86 
 
 		 445 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2856  D-serine dehydratase  39.86 
 
 		 445 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.298475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1220  D-serine dehydratase  39.63 
 
 		 445 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1577  D-serine dehydratase  45.49 
 
 		 282 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1763  D-serine dehydratase  45.49 
 
 		 283 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.634059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0329  D-serine dehydratase  45.24 
 
 		 110 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1422  diaminopropionate ammonia-lyase  27.1 
 
 		 393 aa  62.4  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227055 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0266  cysteine synthase A  25.24 
 
 		 291 aa  62  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0459085  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0264  cysteine synthase A  24.6 
 
 		 290 aa  62  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0316091  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  22.78 
 
 		 403 aa  59.3  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  22.47 
 
 		 403 aa  57.4  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  22.47 
 
 		 403 aa  57.4  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3711  tryptophan synthase subunit beta  23.28 
 
 		 454 aa  55.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  23.31 
 
 		 403 aa  54.7  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  22.56 
 
 		 396 aa  53.5  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0358  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  24.3 
 
 		 318 aa  53.5  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.1667  normal  0.162228 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  22.59 
 
 		 400 aa  53.5  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  23.95 
 
 		 405 aa  53.5  0.000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  23.23 
 
 		 410 aa  52.4  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  22.37 
 
 		 408 aa  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1576  D-serine ammonia-lyase  31.5 
 
 		 155 aa  51.2  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1762  D-serine dehydratase  31.5 
 
 		 155 aa  51.2  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  22.52 
 
 		 501 aa  51.2  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  19.9 
 
 		 753 aa  50.4  0.00005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  26.94 
 
 		 408 aa  50.1  0.00008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2653  diaminopropionate ammonia-lyase  22.98 
 
 		 397 aa  49.3  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  23.97 
 
 		 402 aa  49.7  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3966  threonine dehydratase  23.17 
 
 		 338 aa  48.5  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.486699  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  23.36 
 
 		 403 aa  48.5  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  24.2 
 
 		 321 aa  48.5  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5076  diaminopropionate ammonia-lyase  23.02 
 
 		 399 aa  48.5  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0463571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  21.05 
 
 		 397 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1075  threonine dehydratase  27.89 
 
 		 405 aa  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0746  cysteine synthases  30.59 
 
 		 305 aa  47.8  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2493  tryptophan synthase subunit beta  20.7 
 
 		 451 aa  46.2  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0922  cysteine synthase A  23.11 
 
 		 304 aa  46.6  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.107998  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2576  diaminopropionate ammonia-lyase  21.35 
 
 		 401 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264217  normal  0.398915 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  20.78 
 
 		 405 aa  45.8  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  22.42 
 
 		 514 aa  45.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0259  diaminopropionate ammonia-lyase  22.02 
 
 		 400 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.167418  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6176  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.9 
 
 		 322 aa  45.1  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0421  diaminopropionate ammonia-lyase  24.15 
 
 		 410 aa  44.7  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1534  cysteine synthase A  23.75 
 
 		 298 aa  44.3  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  20.59 
 
 		 507 aa  44.3  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>