140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3266 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_20650  D-serine dehydratase  76.29 
 
 		 448 aa  661    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00676968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3266  D-serine dehydratase  100 
 
 		 446 aa  899    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1773  D-serine dehydratase  76.51 
 
 		 448 aa  664    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3070  D-serine dehydratase  70.4 
 
 		 449 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3112  D-serine dehydratase  70.4 
 
 		 445 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3449  D-serine dehydratase  68.66 
 
 		 441 aa  593  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02276  D-serine dehydratase  67.9 
 
 		 442 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02237  hypothetical protein  67.9 
 
 		 442 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2503  D-serine dehydratase  67.9 
 
 		 442 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.270405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2652  D-serine dehydratase  67.9 
 
 		 442 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1291  D-serine ammonia-lyase  67.67 
 
 		 442 aa  580  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3597  D-serine dehydratase  67.67 
 
 		 442 aa  580  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00277726 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1303  D-serine dehydratase  67.67 
 
 		 442 aa  580  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.29121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2516  D-serine dehydratase  67.67 
 
 		 438 aa  580  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.232923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3934  D-serine ammonia-lyase  65.75 
 
 		 451 aa  568  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4659  D-serine dehydratase  62.39 
 
 		 443 aa  565  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.347338  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02609  D-serine dehydratase  64.73 
 
 		 443 aa  566  1e-160  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4027  D-serine dehydratase  66.74 
 
 		 440 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4082  D-serine dehydratase  66.74 
 
 		 440 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4190  D-serine dehydratase  66.74 
 
 		 440 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4011  D-serine dehydratase  66.74 
 
 		 440 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0362  D-serine dehydratase  64.52 
 
 		 441 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4132  D-serine dehydratase  66.74 
 
 		 440 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.293568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4129  D-serine ammonia-lyase  64.25 
 
 		 456 aa  551  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003747  D-serine dehydratase  64.65 
 
 		 443 aa  554  1e-156  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0243202  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0021  D-serine dehydratase  67.74 
 
 		 434 aa  550  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2515  D-serine dehydratase  67.65 
 
 		 445 aa  548  1e-155  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.790637 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1855  D-serine dehydratase  61.17 
 
 		 443 aa  541  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.478558  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2735  D-serine dehydratase  66.59 
 
 		 422 aa  536  1e-151  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1653  D-serine dehydratase  60.86 
 
 		 446 aa  534  1e-150  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1631  D-serine dehydratase  61.09 
 
 		 446 aa  533  1e-150  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.325851  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1600  D-serine dehydratase  61.09 
 
 		 446 aa  533  1e-150  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.99334  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1784  D-serine dehydratase  60.86 
 
 		 446 aa  534  1e-150  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.936434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1833  D-serine dehydratase  60.86 
 
 		 464 aa  534  1e-150  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1650  D-serine dehydratase  61.7 
 
 		 445 aa  531  1e-150  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.351732  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3545  D-serine dehydratase  60.78 
 
 		 443 aa  529  1e-149  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1907  D-serine dehydratase  60.91 
 
 		 443 aa  525  1e-148  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000531501  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1796  D-serine dehydratase  60.78 
 
 		 443 aa  524  1e-147  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.395569  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1718  D-serine dehydratase  59.95 
 
 		 432 aa  513  1e-144  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2017  D-serine dehydratase  59.91 
 
 		 464 aa  509  1e-143  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3826  D-serine dehydratase  56.12 
 
 		 445 aa  498  1e-140  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.419593 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2763  D-serine dehydratase  56.03 
 
 		 459 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1151  D-serine ammonia-lyase  62.67 
 
 		 461 aa  488  1e-136  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2895  D-serine dehydratase  58.33 
 
 		 449 aa  478  1e-133  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0789  D-serine ammonia-lyase  51.4 
 
 		 438 aa  439  9.999999999999999e-123  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000399356  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4614  D-serine dehydratase  53.76 
 
 		 455 aa  405  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1621  D-serine dehydratase  48.01 
 
 		 440 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.48816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2915  D-serine dehydratase  49.21 
 
 		 443 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.464648  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2092  D-serine dehydratase  47.32 
 
 		 442 aa  378  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.962214  normal  0.0544874 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0657  D-serine dehydratase  45.39 
 
 		 473 aa  361  1e-98  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1624  D-serine dehydratase  49.67 
 
 		 451 aa  359  6e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2250  D-serine dehydratase  49.89 
 
 		 451 aa  359  7e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.81638 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1364  D-serine dehydratase  47.91 
 
 		 446 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0658416 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2428  D-serine dehydratase  53.19 
 
 		 379 aa  350  2e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0245  D-serine dehydratase  48.5 
 
 		 444 aa  340  2e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2980  D-serine dehydratase  48.37 
 
 		 445 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2856  D-serine dehydratase  48.37 
 
 		 445 aa  310  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.298475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1220  D-serine dehydratase  48.14 
 
 		 445 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0232  D-serine dehydratase  46 
 
 		 429 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.910645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1577  D-serine dehydratase  51.6 
 
 		 282 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1763  D-serine dehydratase  51.6 
 
 		 283 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.634059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0329  D-serine dehydratase  46.51 
 
 		 110 aa  72.4  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  30.41 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  30.41 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  29.95 
 
 		 403 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2124  threonine dehydratase  27.01 
 
 		 507 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.619437  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2736  threonine dehydratase  27.01 
 
 		 507 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2763  threonine dehydratase  26.72 
 
 		 507 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  28.57 
 
 		 403 aa  60.8  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1576  D-serine ammonia-lyase  42.97 
 
 		 155 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1762  D-serine dehydratase  42.97 
 
 		 155 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  25.21 
 
 		 396 aa  58.5  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  24.51 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6064  threonine dehydratase  26.14 
 
 		 507 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4533  diaminopropionate ammonia-lyase  25.45 
 
 		 410 aa  57  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203939  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0128  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  22.68 
 
 		 343 aa  56.6  0.0000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3965  diaminopropionate ammonia-lyase  23.73 
 
 		 415 aa  55.1  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  0.0239506 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0358  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  28.09 
 
 		 318 aa  54.3  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.1667  normal  0.162228 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  25.42 
 
 		 402 aa  53.9  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0730  hypothetical protein  25.65 
 
 		 321 aa  53.5  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0901199  normal  0.986029 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  24.07 
 
 		 405 aa  53.5  0.000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  21.78 
 
 		 403 aa  53.1  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5602  putative threonine dehydratase  25.72 
 
 		 363 aa  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  21.61 
 
 		 400 aa  52.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0159  diaminopropionate ammonia-lyase  26.43 
 
 		 410 aa  51.2  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  26.43 
 
 		 311 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53260  hypothetical protein  23.78 
 
 		 320 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.845489 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0264  cysteine synthase A  25.53 
 
 		 290 aa  51.2  0.00004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0316091  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  23.49 
 
 		 403 aa  50.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  24.56 
 
 		 410 aa  50.4  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2493  tryptophan synthase subunit beta  23.84 
 
 		 451 aa  50.4  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  22.61 
 
 		 408 aa  50.1  0.00007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0266  cysteine synthase A  26.89 
 
 		 291 aa  50.4  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0459085  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  23.64 
 
 		 397 aa  50.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2925  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  26.01 
 
 		 318 aa  50.4  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.412032 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2787  threonine dehydratase  26.72 
 
 		 507 aa  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  26.03 
 
 		 321 aa  50.1  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4067  diaminopropionate ammonia-lyase  25 
 
 		 407 aa  50.1  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  27.39 
 
 		 328 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1293  tryptophan synthase subunit beta  25.71 
 
 		 451 aa  49.7  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.387586  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>