109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2516 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02276  D-serine dehydratase  98.63 
 
 		 442 aa  890    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1291  D-serine ammonia-lyase  98.4 
 
 		 442 aa  889    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4659  D-serine dehydratase  72.64 
 
 		 443 aa  648    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.347338  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003747  D-serine dehydratase  74.02 
 
 		 443 aa  652    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0243202  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0021  D-serine dehydratase  81.92 
 
 		 434 aa  702    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0362  D-serine dehydratase  73.21 
 
 		 441 aa  646    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02609  D-serine dehydratase  72.98 
 
 		 443 aa  644    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2503  D-serine dehydratase  98.63 
 
 		 442 aa  890    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.270405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2652  D-serine dehydratase  98.63 
 
 		 442 aa  890    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3449  D-serine dehydratase  73.41 
 
 		 441 aa  646    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1303  D-serine dehydratase  98.4 
 
 		 442 aa  889    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.29121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2516  D-serine dehydratase  100 
 
 		 438 aa  902    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.232923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2735  D-serine dehydratase  97.11 
 
 		 422 aa  806    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4082  D-serine dehydratase  89.02 
 
 		 440 aa  786    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4132  D-serine dehydratase  89.02 
 
 		 440 aa  786    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.293568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4011  D-serine dehydratase  89.02 
 
 		 440 aa  786    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4027  D-serine dehydratase  89.02 
 
 		 440 aa  786    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4190  D-serine dehydratase  89.02 
 
 		 440 aa  787    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3597  D-serine dehydratase  98.86 
 
 		 442 aa  893    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00277726 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02237  hypothetical protein  98.63 
 
 		 442 aa  890    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2515  D-serine dehydratase  72.31 
 
 		 445 aa  617  1e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.790637 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1718  D-serine dehydratase  71 
 
 		 432 aa  607  9.999999999999999e-173  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3112  D-serine dehydratase  65.2 
 
 		 445 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3070  D-serine dehydratase  65.2 
 
 		 449 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20650  D-serine dehydratase  64.37 
 
 		 448 aa  555  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00676968  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1855  D-serine dehydratase  63.3 
 
 		 443 aa  552  1e-156  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.478558  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3545  D-serine dehydratase  63.53 
 
 		 443 aa  553  1e-156  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1653  D-serine dehydratase  62.56 
 
 		 446 aa  549  1e-155  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1784  D-serine dehydratase  62.56 
 
 		 446 aa  549  1e-155  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.936434  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1773  D-serine dehydratase  63.91 
 
 		 448 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1650  D-serine dehydratase  63.84 
 
 		 445 aa  549  1e-155  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.351732  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1796  D-serine dehydratase  63.07 
 
 		 443 aa  548  1e-155  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.395569  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1833  D-serine dehydratase  62.56 
 
 		 464 aa  548  1e-155  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1600  D-serine dehydratase  62.1 
 
 		 446 aa  545  1e-154  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.99334  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1631  D-serine dehydratase  61.64 
 
 		 446 aa  542  1e-153  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.325851  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3266  D-serine dehydratase  67.67 
 
 		 446 aa  542  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1907  D-serine dehydratase  62.79 
 
 		 443 aa  538  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000531501  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3934  D-serine ammonia-lyase  61.7 
 
 		 451 aa  536  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3826  D-serine dehydratase  59.63 
 
 		 445 aa  524  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.419593 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1151  D-serine ammonia-lyase  64.1 
 
 		 461 aa  523  1e-147  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2017  D-serine dehydratase  62.03 
 
 		 464 aa  519  1e-146  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4129  D-serine ammonia-lyase  60.7 
 
 		 456 aa  517  1.0000000000000001e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2763  D-serine dehydratase  58.39 
 
 		 459 aa  502  1e-141  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2895  D-serine dehydratase  60.27 
 
 		 449 aa  496  1e-139  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0789  D-serine ammonia-lyase  53.65 
 
 		 438 aa  452  1.0000000000000001e-126  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000399356  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1621  D-serine dehydratase  45.39 
 
 		 440 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.48816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2915  D-serine dehydratase  47.66 
 
 		 443 aa  385  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.464648  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4614  D-serine dehydratase  50.99 
 
 		 455 aa  379  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2092  D-serine dehydratase  46.28 
 
 		 442 aa  381  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.962214  normal  0.0544874 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1364  D-serine dehydratase  46.48 
 
 		 446 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0658416 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0657  D-serine dehydratase  45.05 
 
 		 473 aa  360  4e-98  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0245  D-serine dehydratase  45.21 
 
 		 444 aa  344  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2428  D-serine dehydratase  49.47 
 
 		 379 aa  344  2e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2250  D-serine dehydratase  46.48 
 
 		 451 aa  333  4e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.81638 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1624  D-serine dehydratase  46.48 
 
 		 451 aa  333  5e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0232  D-serine dehydratase  48.08 
 
 		 429 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.910645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2980  D-serine dehydratase  44.44 
 
 		 445 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2856  D-serine dehydratase  44.44 
 
 		 445 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.298475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1220  D-serine dehydratase  44.21 
 
 		 445 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1577  D-serine dehydratase  49.29 
 
 		 282 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1763  D-serine dehydratase  49.29 
 
 		 283 aa  246  8e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.634059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0329  D-serine dehydratase  47.67 
 
 		 110 aa  75.5  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  24.6 
 
 		 403 aa  63.2  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1422  diaminopropionate ammonia-lyase  26.39 
 
 		 393 aa  62  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227055 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  24.6 
 
 		 403 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  24.62 
 
 		 396 aa  60.8  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  24.6 
 
 		 403 aa  60.8  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0264  cysteine synthase A  24.37 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0316091  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0266  cysteine synthase A  25.24 
 
 		 291 aa  59.3  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0459085  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  24.2 
 
 		 403 aa  59.7  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0316  diaminopropionate ammonia-lyase  24.93 
 
 		 402 aa  58.5  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4067  diaminopropionate ammonia-lyase  25.45 
 
 		 407 aa  55.8  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1576  D-serine ammonia-lyase  39.2 
 
 		 155 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1762  D-serine dehydratase  39.2 
 
 		 155 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  23.05 
 
 		 753 aa  55.1  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  23.08 
 
 		 403 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04926  diaminopropionate ammonia-lyase  23.77 
 
 		 393 aa  55.5  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3965  diaminopropionate ammonia-lyase  23.61 
 
 		 415 aa  55.5  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  0.0239506 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  23.29 
 
 		 410 aa  54.3  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0358  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  25.43 
 
 		 318 aa  52.4  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.1667  normal  0.162228 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2576  diaminopropionate ammonia-lyase  24.2 
 
 		 401 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264217  normal  0.398915 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4533  diaminopropionate ammonia-lyase  23.1 
 
 		 410 aa  51.6  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203939  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  22.91 
 
 		 520 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  21.97 
 
 		 408 aa  49.3  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2493  tryptophan synthase subunit beta  25 
 
 		 451 aa  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  22.38 
 
 		 397 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2124  threonine dehydratase  23.93 
 
 		 507 aa  45.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.619437  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0463  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  24.09 
 
 		 327 aa  45.8  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.227946  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2736  threonine dehydratase  23.93 
 
 		 507 aa  45.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0922  cysteine synthase A  23.31 
 
 		 304 aa  45.4  0.002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.107998  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3533  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  24.69 
 
 		 350 aa  45.4  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2835  D-serine dehydratase (D-serine deaminase) (DSD)  51.16 
 
 		 46 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  hitchhiker  0.00000000706705 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  19.66 
 
 		 400 aa  45.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0763  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  24.09 
 
 		 321 aa  44.7  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0168407  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3192  cysteine synthase  24.09 
 
 		 323 aa  44.7  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0763679  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0567  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  27.61 
 
 		 301 aa  44.7  0.003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.000000159646  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4908  diaminopropionate ammonia-lyase  21.1 
 
 		 414 aa  44.7  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.509638  normal  0.942836 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2030  diaminopropionate ammonia-lyase  23.98 
 
 		 390 aa  44.7  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.382998  normal  0.0279866 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2763  threonine dehydratase  23.62 
 
 		 507 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  22.13 
 
 		 405 aa  44.3  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>