101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0088 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0088  regulatory protein, MarR  100 
 
 		 158 aa  306  8e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4580  regulatory protein, MarR  42.38 
 
 		 157 aa  124  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4684  regulatory protein, MarR  43.36 
 
 		 157 aa  114  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.261368  normal  0.0600861 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2900  MarR regulatory protein  39.47 
 
 		 160 aa  111  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.348168  normal  0.115809 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0777  transcriptional regulator, TrmB  44.93 
 
 		 153 aa  108  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162484  normal  0.537638 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3663  hypothetical protein  40.71 
 
 		 152 aa  102  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.173975  normal  0.574334 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2201  transcriptional regulator, TrmB  47.24 
 
 		 159 aa  101  5e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.648434  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2247  transcriptional regulator, TrmB  47.24 
 
 		 159 aa  101  5e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2190  transcriptional regulator, TrmB  47.24 
 
 		 159 aa  101  5e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235216  normal  0.0245413 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4465  regulatory protein, MarR  38.41 
 
 		 164 aa  100  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5388  hypothetical protein  41.1 
 
 		 172 aa  94.7  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.44132 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36940  predicted transcriptional regulator  38.1 
 
 		 169 aa  92.4  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.830889  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10692  hypothetical protein  37.32 
 
 		 165 aa  90.5  7e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4698  hypothetical protein  34.04 
 
 		 152 aa  90.9  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0176  hypothetical protein  37.93 
 
 		 153 aa  89  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.750866  hitchhiker  0.00561367 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3656  regulatory protein, MarR  35.67 
 
 		 179 aa  86.7  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1562  regulatory protein, MarR  31.47 
 
 		 159 aa  85.5  2e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5391  hypothetical protein  39.04 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.470124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0167  hypothetical protein  36.55 
 
 		 153 aa  82.8  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.287681  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0102  hypothetical protein  34.53 
 
 		 161 aa  81.3  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.870138  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2806  hypothetical protein  30.2 
 
 		 156 aa  80.5  0.000000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.681505 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5635  hypothetical protein  33.33 
 
 		 193 aa  79.3  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0365755 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0969  hypothetical protein  33.33 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.563081  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0584  regulatory protein, MarR  30.87 
 
 		 155 aa  75.5  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1000  hypothetical protein  30.26 
 
 		 169 aa  75.1  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.642132 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17010  predicted transcriptional regulator  33.79 
 
 		 175 aa  74.3  0.0000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.491454 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5169  regulatory protein ArsR  35.92 
 
 		 152 aa  70.1  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.207945  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2452  hypothetical protein  31.25 
 
 		 168 aa  69.3  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000738344  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2203  hypothetical protein  36.43 
 
 		 150 aa  68.9  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.138665  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2558  transcriptional regulator TrmB  35.97 
 
 		 156 aa  68.6  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0167  hypothetical protein  33.06 
 
 		 165 aa  67  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2926  regulatory protein, MarR  29.93 
 
 		 163 aa  64.7  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0579  helix-turn-helix, type 11  30.83 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.556285  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1511  hypothetical protein  32.88 
 
 		 163 aa  62.8  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.523376  decreased coverage  0.00417665 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4326  putative transcriptional regulator  32.65 
 
 		 190 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1076  hypothetical protein  33.06 
 
 		 239 aa  61.6  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2566  transcriptional regulator, MarR family  34.09 
 
 		 237 aa  61.6  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.460606  normal  0.11891 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1462  hypothetical protein  32.19 
 
 		 155 aa  61.2  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0195486 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4930  putative transcriptional regulator  31.97 
 
 		 192 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653338  hitchhiker  0.000469457 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02225  hypothetical protein  30.2 
 
 		 154 aa  59.3  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.479286  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2741  hypothetical protein  32.17 
 
 		 232 aa  58.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0457955  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_003296  RS03185  hypothetical protein  32.33 
 
 		 186 aa  57.4  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0864529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4160  hypothetical protein  31.58 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4272  hypothetical protein  31.58 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.2022  normal  0.341622 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5231  hypothetical protein  29.53 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.468748 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2572  ArsR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.237192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2633  transcriptional regulator protein-like protein  30.37 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2400  ArsR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 198 aa  53.9  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.651579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1229  hypothetical protein  30.95 
 
 		 187 aa  53.9  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4631  transcriptional regulator-like protein  28.77 
 
 		 186 aa  53.9  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000043936 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0441  hypothetical protein  29.63 
 
 		 194 aa  53.1  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.388606  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6537  putative transcriptional regulator protein  36.14 
 
 		 192 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3330  putative transcriptional regulator  31.65 
 
 		 191 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.216044  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0033  hypothetical protein  32.89 
 
 		 241 aa  53.9  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.629454 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0456  transcriptional regulator, MarR family  32.85 
 
 		 251 aa  53.5  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.169685 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0589  putative transcriptional regulator  31.33 
 
 		 175 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0501  transcriptional regulator, MarR family  34.06 
 
 		 253 aa  53.1  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3364  ArsR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 193 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6122  putative transcriptional regulator protein  34.52 
 
 		 192 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.143906  normal  0.933768 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03482  Helix-turn-helix, type 11  34.21 
 
 		 183 aa  52.4  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6466  hypothetical protein  31.5 
 
 		 316 aa  52  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.893622  normal  0.0778626 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3538  hypothetical protein  33.33 
 
 		 194 aa  51.6  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3598  transcriptional regulator protein-like protein  34.38 
 
 		 166 aa  51.6  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0687943 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2041  transcriptional regulators-like protein  35.71 
 
 		 213 aa  51.2  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7088  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  31.11 
 
 		 168 aa  51.2  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195583  normal  0.688965 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4118  hypothetical protein  35.37 
 
 		 217 aa  50.8  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0735  hypothetical protein  35.29 
 
 		 187 aa  50.4  0.000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.679244  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5015  hypothetical protein  33.1 
 
 		 244 aa  50.4  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0614805 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0368  regulatory protein, ArsR  30.85 
 
 		 193 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.370147  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0868  hypothetical protein  29.56 
 
 		 192 aa  49.7  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4777  ArsR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 185 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0396  transcriptional regulator, ArsR family  30.85 
 
 		 193 aa  50.4  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0397  transcriptional regulator, ArsR family  30.85 
 
 		 193 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2885  putative transcriptional regulator  26.35 
 
 		 174 aa  49.7  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0493  hypothetical protein  34.15 
 
 		 207 aa  49.7  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0507  hypothetical protein  30.65 
 
 		 178 aa  48.9  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2992  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  27.56 
 
 		 186 aa  48.5  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3836  hypothetical protein  28.41 
 
 		 181 aa  48.1  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.902876  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3324  transcriptional regulator, MarR family  32 
 
 		 268 aa  48.1  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0275415  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3210  transcriptional regulator  24.79 
 
 		 189 aa  47  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1369  transcriptional regulators-like protein  34.48 
 
 		 171 aa  46.2  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0611668  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1298  regulatory protein ArsR  33.33 
 
 		 192 aa  46.6  0.0002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4210  regulatory protein, ArsR  35.71 
 
 		 191 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.204887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3098  putative transcriptional regulatory protein  27.03 
 
 		 186 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5280  ArsR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.840921  normal  0.204126 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2872  putative transcriptional regulatory protein  26.21 
 
 		 186 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.870058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4898  hypothetical protein  28.92 
 
 		 189 aa  45.1  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.231509 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0198  transcriptional regulators-like  30.12 
 
 		 177 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.448139 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4796  transcriptional regulators-like protein  30.12 
 
 		 177 aa  44.3  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5338  transcriptional regulators-like protein  30.12 
 
 		 177 aa  44.3  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.434634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5408  transcriptional regulators-like  30.12 
 
 		 177 aa  43.9  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5453  transcriptional regulators-like protein  30.12 
 
 		 177 aa  43.9  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4816  transcriptional regulators-like protein  30.12 
 
 		 177 aa  43.9  0.0008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.912627  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5901  transcriptional regulator, ArsR family  31.76 
 
 		 180 aa  43.9  0.0009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.660241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3853  putative transcriptional regulator  28.92 
 
 		 181 aa  43.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504751  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1483  putative transcriptional regulator  30.99 
 
 		 174 aa  42.4  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.653166 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0439  transcriptional regulators-like protein  29.63 
 
 		 167 aa  42.4  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0179863  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3500  MarR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 164 aa  42.4  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1692  transcriptional regulator-like protein  32.39 
 
 		 201 aa  42.4  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2975  hypothetical protein  24.83 
 
 		 181 aa  42  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>