87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4160 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4160  hypothetical protein  100 
 
 		 186 aa  383  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4272  hypothetical protein  100 
 
 		 186 aa  383  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.2022  normal  0.341622 
 
 
-
 
NC_003296  RS03185  hypothetical protein  94.09 
 
 		 186 aa  364  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0864529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5231  hypothetical protein  75.4 
 
 		 214 aa  303  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.468748 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4118  hypothetical protein  73.48 
 
 		 217 aa  288  4e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0493  hypothetical protein  71.27 
 
 		 207 aa  276  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4930  putative transcriptional regulator  62.23 
 
 		 192 aa  258  4e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653338  hitchhiker  0.000469457 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2041  transcriptional regulators-like protein  65.41 
 
 		 213 aa  258  4e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0441  hypothetical protein  62.7 
 
 		 194 aa  256  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.388606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4326  putative transcriptional regulator  60.22 
 
 		 190 aa  251  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3330  putative transcriptional regulator  63.28 
 
 		 191 aa  250  9.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.216044  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3538  hypothetical protein  59.46 
 
 		 194 aa  246  1e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6122  putative transcriptional regulator protein  60.75 
 
 		 192 aa  245  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.143906  normal  0.933768 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6537  putative transcriptional regulator protein  60.22 
 
 		 192 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2572  ArsR family transcriptional regulator  69.54 
 
 		 185 aa  241  3.9999999999999997e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.237192  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0507  hypothetical protein  61.54 
 
 		 178 aa  230  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3364  ArsR family transcriptional regulator  61.41 
 
 		 193 aa  226  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2400  ArsR family transcriptional regulator  63.04 
 
 		 198 aa  223  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.651579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0735  hypothetical protein  55.81 
 
 		 187 aa  211  7e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.679244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0579  helix-turn-helix, type 11  50.28 
 
 		 191 aa  208  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.556285  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03482  Helix-turn-helix, type 11  51.43 
 
 		 183 aa  198  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3836  hypothetical protein  50.28 
 
 		 181 aa  193  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.902876  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1229  hypothetical protein  48.3 
 
 		 187 aa  184  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5338  transcriptional regulators-like protein  44.57 
 
 		 177 aa  181  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.434634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0198  transcriptional regulators-like  45.4 
 
 		 177 aa  181  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.448139 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4796  transcriptional regulators-like protein  44.57 
 
 		 177 aa  181  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5453  transcriptional regulators-like protein  44.83 
 
 		 177 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4816  transcriptional regulators-like protein  44.83 
 
 		 177 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.912627  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5408  transcriptional regulators-like  44.83 
 
 		 177 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4631  transcriptional regulator-like protein  45.03 
 
 		 186 aa  173  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000043936 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1692  transcriptional regulator-like protein  43.27 
 
 		 201 aa  168  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3853  putative transcriptional regulator  44.31 
 
 		 181 aa  164  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504751  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1942  transcriptional regulator-like protein  40.35 
 
 		 218 aa  156  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368597  normal  0.0226422 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2885  putative transcriptional regulator  43.02 
 
 		 174 aa  154  5.0000000000000005e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4898  hypothetical protein  42.11 
 
 		 189 aa  145  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.231509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2992  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  38.51 
 
 		 186 aa  145  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2872  putative transcriptional regulatory protein  38.29 
 
 		 186 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.870058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3098  putative transcriptional regulatory protein  38.29 
 
 		 186 aa  144  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1483  putative transcriptional regulator  40.65 
 
 		 174 aa  141  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.653166 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4777  ArsR family transcriptional regulator  40 
 
 		 185 aa  140  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0439  transcriptional regulators-like protein  36.36 
 
 		 167 aa  117  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0179863  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7088  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  41.54 
 
 		 168 aa  114  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195583  normal  0.688965 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3598  transcriptional regulator protein-like protein  32.68 
 
 		 166 aa  105  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0687943 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0589  putative transcriptional regulator  39.1 
 
 		 175 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2633  transcriptional regulator protein-like protein  31.86 
 
 		 184 aa  82  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5901  transcriptional regulator, ArsR family  36.46 
 
 		 180 aa  75.1  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.660241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0368  regulatory protein, ArsR  32.26 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.370147  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0397  transcriptional regulator, ArsR family  32.26 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0396  transcriptional regulator, ArsR family  32 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2452  hypothetical protein  32.47 
 
 		 168 aa  72  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000738344  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4210  regulatory protein, ArsR  31.58 
 
 		 191 aa  67  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.204887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1167  transcription regulator  27.86 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.25103  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5280  ArsR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.840921  normal  0.204126 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1298  regulatory protein ArsR  32.05 
 
 		 192 aa  61.2  0.000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2057  YuaC  25.35 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000122085  hitchhiker  0.000000369916 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1829  putative transcriptional regulator  28.24 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.140183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0088  regulatory protein, MarR  31.58 
 
 		 158 aa  55.8  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17010  predicted transcriptional regulator  27.44 
 
 		 175 aa  54.7  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.491454 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1475  YuaC  25.9 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.472023  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1369  transcriptional regulators-like protein  37.5 
 
 		 171 aa  53.9  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0611668  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3460  transcriptional regulator protein-like protein  41.54 
 
 		 198 aa  53.9  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572942 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2178  hypothetical protein  30.39 
 
 		 187 aa  54.3  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2926  regulatory protein, MarR  31.47 
 
 		 163 aa  51.2  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2690  hypothetical protein  27.19 
 
 		 187 aa  50.4  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2636  hypothetical protein  27.19 
 
 		 187 aa  50.4  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1511  hypothetical protein  31.4 
 
 		 163 aa  49.7  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.523376  decreased coverage  0.00417665 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36940  predicted transcriptional regulator  29.08 
 
 		 169 aa  49.7  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.830889  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1462  hypothetical protein  30.69 
 
 		 155 aa  49.7  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0195486 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3210  transcriptional regulator  25.74 
 
 		 189 aa  48.9  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3656  regulatory protein, MarR  30.22 
 
 		 179 aa  48.9  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2135  hypothetical protein  35.21 
 
 		 147 aa  48.5  0.00006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.421336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0584  regulatory protein, MarR  26.83 
 
 		 155 aa  45.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2247  transcriptional regulator, TrmB  31.78 
 
 		 159 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2190  transcriptional regulator, TrmB  31.78 
 
 		 159 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235216  normal  0.0245413 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2201  transcriptional regulator, TrmB  31.78 
 
 		 159 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.648434  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0853  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 152 aa  43.1  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0958  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 152 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0861  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 152 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0879  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 152 aa  43.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.544594  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0900  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 152 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1001  transcriptional regulator, MarR family  28.89 
 
 		 152 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1000  hypothetical protein  28.68 
 
 		 169 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.642132 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1040  transcriptional regulator, MarR family  31.58 
 
 		 152 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.69196e-21 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1128  transcriptional regulator, MarR family  31.58 
 
 		 152 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1045  MarR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 152 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.734934  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4580  regulatory protein, MarR  28.8 
 
 		 157 aa  42  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0691  transcriptional regulator, TrmB  30.67 
 
 		 143 aa  40.8  0.01  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>