77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3364 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3364  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 		 193 aa  396  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2400  ArsR family transcriptional regulator  78.14 
 
 		 198 aa  275  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.651579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4118  hypothetical protein  65 
 
 		 217 aa  255  4e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0493  hypothetical protein  63.33 
 
 		 207 aa  248  4e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4326  putative transcriptional regulator  61.62 
 
 		 190 aa  247  6e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3330  putative transcriptional regulator  60.66 
 
 		 191 aa  244  4e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.216044  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4160  hypothetical protein  61.41 
 
 		 186 aa  244  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4272  hypothetical protein  61.41 
 
 		 186 aa  244  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.2022  normal  0.341622 
 
 
-
 
NC_003296  RS03185  hypothetical protein  61.96 
 
 		 186 aa  244  6.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0864529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2572  ArsR family transcriptional regulator  67.72 
 
 		 185 aa  241  3.9999999999999997e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.237192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4930  putative transcriptional regulator  61.93 
 
 		 192 aa  239  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653338  hitchhiker  0.000469457 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5231  hypothetical protein  65.17 
 
 		 214 aa  240  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.468748 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6122  putative transcriptional regulator protein  59.68 
 
 		 192 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.143906  normal  0.933768 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2041  transcriptional regulators-like protein  63.43 
 
 		 213 aa  234  4e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6537  putative transcriptional regulator protein  59.68 
 
 		 192 aa  231  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0441  hypothetical protein  56.61 
 
 		 194 aa  231  4.0000000000000004e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.388606  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3538  hypothetical protein  55.56 
 
 		 194 aa  227  8e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0507  hypothetical protein  56.57 
 
 		 178 aa  213  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0579  helix-turn-helix, type 11  49.73 
 
 		 191 aa  206  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.556285  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3836  hypothetical protein  50.58 
 
 		 181 aa  195  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.902876  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03482  Helix-turn-helix, type 11  49.71 
 
 		 183 aa  191  6e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0735  hypothetical protein  49.2 
 
 		 187 aa  190  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.679244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1229  hypothetical protein  48.33 
 
 		 187 aa  188  5e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5338  transcriptional regulators-like protein  46.51 
 
 		 177 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.434634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4796  transcriptional regulators-like protein  46.51 
 
 		 177 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0198  transcriptional regulators-like  45.93 
 
 		 177 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.448139 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5453  transcriptional regulators-like protein  45.93 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4816  transcriptional regulators-like protein  45.93 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.912627  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5408  transcriptional regulators-like  45.93 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4631  transcriptional regulator-like protein  47.06 
 
 		 186 aa  162  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000043936 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1692  transcriptional regulator-like protein  47.06 
 
 		 201 aa  161  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1942  transcriptional regulator-like protein  43.62 
 
 		 218 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368597  normal  0.0226422 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3853  putative transcriptional regulator  40.83 
 
 		 181 aa  153  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504751  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2885  putative transcriptional regulator  38.95 
 
 		 174 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1483  putative transcriptional regulator  45.51 
 
 		 174 aa  139  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.653166 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4777  ArsR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 185 aa  129  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4898  hypothetical protein  34.12 
 
 		 189 aa  122  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.231509 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3098  putative transcriptional regulatory protein  35.63 
 
 		 186 aa  121  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2872  putative transcriptional regulatory protein  35.63 
 
 		 186 aa  121  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.870058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2992  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  35.84 
 
 		 186 aa  121  6e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3598  transcriptional regulator protein-like protein  42.31 
 
 		 166 aa  108  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0687943 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7088  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  42.98 
 
 		 168 aa  106  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195583  normal  0.688965 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0439  transcriptional regulators-like protein  34.76 
 
 		 167 aa  105  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0179863  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0589  putative transcriptional regulator  37.68 
 
 		 175 aa  98.2  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0397  transcriptional regulator, ArsR family  35.71 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0368  regulatory protein, ArsR  35.71 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.370147  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1167  transcription regulator  26.71 
 
 		 185 aa  77.8  0.00000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.25103  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0396  transcriptional regulator, ArsR family  36.19 
 
 		 193 aa  77.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4210  regulatory protein, ArsR  33.07 
 
 		 191 aa  72.8  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.204887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5901  transcriptional regulator, ArsR family  33.65 
 
 		 180 aa  70.1  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.660241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2633  transcriptional regulator protein-like protein  25.47 
 
 		 184 aa  66.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5280  ArsR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 145 aa  63.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.840921  normal  0.204126 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2452  hypothetical protein  31.97 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000738344  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2178  hypothetical protein  30.4 
 
 		 187 aa  56.6  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1298  regulatory protein ArsR  27.17 
 
 		 192 aa  53.9  0.000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17010  predicted transcriptional regulator  29.05 
 
 		 175 aa  53.9  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.491454 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1369  transcriptional regulators-like protein  35.37 
 
 		 171 aa  53.5  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0611668  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2636  hypothetical protein  25.34 
 
 		 187 aa  53.5  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2690  hypothetical protein  25.34 
 
 		 187 aa  53.5  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0088  regulatory protein, MarR  33.73 
 
 		 158 aa  52.8  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2926  regulatory protein, MarR  32.39 
 
 		 163 aa  50.4  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36940  predicted transcriptional regulator  27.21 
 
 		 169 aa  50.1  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.830889  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3460  transcriptional regulator protein-like protein  41.82 
 
 		 198 aa  50.1  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572942 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1511  hypothetical protein  33.33 
 
 		 163 aa  49.3  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.523376  decreased coverage  0.00417665 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2057  YuaC  19.51 
 
 		 183 aa  48.5  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000122085  hitchhiker  0.000000369916 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3210  transcriptional regulator  21.99 
 
 		 189 aa  48.5  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0584  regulatory protein, MarR  26.83 
 
 		 155 aa  47.8  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2135  hypothetical protein  33.33 
 
 		 147 aa  47.8  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.421336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1462  hypothetical protein  33.33 
 
 		 155 aa  47.8  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0195486 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1829  putative transcriptional regulator  28.77 
 
 		 178 aa  46.6  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.140183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2201  transcriptional regulator, TrmB  30.84 
 
 		 159 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.648434  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5635  hypothetical protein  30.12 
 
 		 193 aa  43.5  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0365755 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2247  transcriptional regulator, TrmB  30.84 
 
 		 159 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2190  transcriptional regulator, TrmB  30.84 
 
 		 159 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235216  normal  0.0245413 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1475  YuaC  27.17 
 
 		 180 aa  43.9  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.472023  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4580  regulatory protein, MarR  29.17 
 
 		 157 aa  42  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0868  hypothetical protein  22.82 
 
 		 192 aa  41.6  0.008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>