80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2872 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2872  putative transcriptional regulatory protein  100 
 
 		 186 aa  378  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.870058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3098  putative transcriptional regulatory protein  99.46 
 
 		 186 aa  374  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2992  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  95.14 
 
 		 186 aa  358  2e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4777  ArsR family transcriptional regulator  78.38 
 
 		 185 aa  301  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4898  hypothetical protein  67.96 
 
 		 189 aa  251  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.231509 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2885  putative transcriptional regulator  54.71 
 
 		 174 aa  192  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3853  putative transcriptional regulator  49.71 
 
 		 181 aa  174  7e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504751  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0198  transcriptional regulators-like  48.6 
 
 		 177 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.448139 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5338  transcriptional regulators-like protein  48.57 
 
 		 177 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.434634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4796  transcriptional regulators-like protein  48.57 
 
 		 177 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4816  transcriptional regulators-like protein  48.6 
 
 		 177 aa  171  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.912627  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5408  transcriptional regulators-like  48.6 
 
 		 177 aa  171  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5453  transcriptional regulators-like protein  48.6 
 
 		 177 aa  171  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4631  transcriptional regulator-like protein  50 
 
 		 186 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000043936 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1942  transcriptional regulator-like protein  47.4 
 
 		 218 aa  164  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368597  normal  0.0226422 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1692  transcriptional regulator-like protein  44.19 
 
 		 201 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2041  transcriptional regulators-like protein  45.76 
 
 		 213 aa  155  3e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0441  hypothetical protein  42.35 
 
 		 194 aa  153  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.388606  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3538  hypothetical protein  42.11 
 
 		 194 aa  150  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5231  hypothetical protein  42.77 
 
 		 214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.468748 
 
 
-
 
NC_003296  RS03185  hypothetical protein  39.43 
 
 		 186 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0864529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4930  putative transcriptional regulator  40.23 
 
 		 192 aa  145  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653338  hitchhiker  0.000469457 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4160  hypothetical protein  38.29 
 
 		 186 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4272  hypothetical protein  38.29 
 
 		 186 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.2022  normal  0.341622 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3330  putative transcriptional regulator  40.34 
 
 		 191 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.216044  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1483  putative transcriptional regulator  43.83 
 
 		 174 aa  144  9e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.653166 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4118  hypothetical protein  39.2 
 
 		 217 aa  143  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4326  putative transcriptional regulator  39.66 
 
 		 190 aa  141  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6122  putative transcriptional regulator protein  40.22 
 
 		 192 aa  140  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.143906  normal  0.933768 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0493  hypothetical protein  38.98 
 
 		 207 aa  140  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0735  hypothetical protein  42.11 
 
 		 187 aa  140  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.679244  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6537  putative transcriptional regulator protein  40.22 
 
 		 192 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0507  hypothetical protein  42.31 
 
 		 178 aa  137  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0579  helix-turn-helix, type 11  35.23 
 
 		 191 aa  131  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.556285  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03482  Helix-turn-helix, type 11  34.86 
 
 		 183 aa  127  7.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0589  putative transcriptional regulator  43.98 
 
 		 175 aa  127  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7088  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  42.86 
 
 		 168 aa  126  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195583  normal  0.688965 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2572  ArsR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 185 aa  125  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.237192  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3836  hypothetical protein  31.18 
 
 		 181 aa  113  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.902876  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0439  transcriptional regulators-like protein  34.38 
 
 		 167 aa  112  4.0000000000000004e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0179863  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1229  hypothetical protein  32.37 
 
 		 187 aa  111  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3364  ArsR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3598  transcriptional regulator protein-like protein  43.97 
 
 		 166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0687943 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2400  ArsR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 198 aa  108  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.651579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0368  regulatory protein, ArsR  39.26 
 
 		 193 aa  88.6  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.370147  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0397  transcriptional regulator, ArsR family  39.26 
 
 		 193 aa  88.6  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0396  transcriptional regulator, ArsR family  37.78 
 
 		 193 aa  86.3  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4210  regulatory protein, ArsR  34.78 
 
 		 191 aa  85.1  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.204887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2633  transcriptional regulator protein-like protein  24.7 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5901  transcriptional regulator, ArsR family  32.35 
 
 		 180 aa  65.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.660241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2452  hypothetical protein  31.97 
 
 		 168 aa  65.5  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000738344  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2690  hypothetical protein  22.87 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2636  hypothetical protein  22.87 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1167  transcription regulator  27.12 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.25103  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1369  transcriptional regulators-like protein  28.57 
 
 		 171 aa  58.5  0.00000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0611668  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2178  hypothetical protein  21.35 
 
 		 187 aa  56.6  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1298  regulatory protein ArsR  38.71 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3210  transcriptional regulator  22.45 
 
 		 189 aa  54.3  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2057  YuaC  22.78 
 
 		 183 aa  53.5  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000122085  hitchhiker  0.000000369916 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1829  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 		 178 aa  52.8  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.140183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3460  transcriptional regulator protein-like protein  29.57 
 
 		 198 aa  50.1  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572942 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17010  predicted transcriptional regulator  28.26 
 
 		 175 aa  49.7  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.491454 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0584  regulatory protein, MarR  28.1 
 
 		 155 aa  49.3  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1475  YuaC  23.33 
 
 		 180 aa  49.3  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.472023  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36940  predicted transcriptional regulator  31.2 
 
 		 169 aa  48.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.830889  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5280  ArsR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 145 aa  48.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.840921  normal  0.204126 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02225  hypothetical protein  31.91 
 
 		 154 aa  46.2  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.479286  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2135  hypothetical protein  30.99 
 
 		 147 aa  45.8  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.421336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0088  regulatory protein, MarR  26.21 
 
 		 158 aa  45.4  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2201  transcriptional regulator, TrmB  28.57 
 
 		 159 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.648434  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2247  transcriptional regulator, TrmB  28.57 
 
 		 159 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2190  transcriptional regulator, TrmB  28.57 
 
 		 159 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235216  normal  0.0245413 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0868  hypothetical protein  28.57 
 
 		 192 aa  43.1  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0691  transcriptional regulator, TrmB  39.62 
 
 		 143 aa  43.5  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0777  transcriptional regulator, TrmB  32.88 
 
 		 153 aa  42.4  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162484  normal  0.537638 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2926  regulatory protein, MarR  26.9 
 
 		 163 aa  42  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4698  hypothetical protein  29.2 
 
 		 152 aa  41.6  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1511  hypothetical protein  40 
 
 		 163 aa  41.6  0.007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.523376  decreased coverage  0.00417665 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1462  hypothetical protein  40 
 
 		 155 aa  41.6  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0195486 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2717  ArsR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 111 aa  41.2  0.008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>