80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0579 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0579  helix-turn-helix, type 11  100 
 
 		 191 aa  394  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.556285  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3836  hypothetical protein  67.42 
 
 		 181 aa  262  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.902876  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03482  Helix-turn-helix, type 11  65.34 
 
 		 183 aa  261  4e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4118  hypothetical protein  50.82 
 
 		 217 aa  217  7e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1229  hypothetical protein  54.55 
 
 		 187 aa  213  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4930  putative transcriptional regulator  51.96 
 
 		 192 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653338  hitchhiker  0.000469457 
 
 
-
 
NC_003296  RS03185  hypothetical protein  52.54 
 
 		 186 aa  212  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0864529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3330  putative transcriptional regulator  49.74 
 
 		 191 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.216044  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5231  hypothetical protein  50.85 
 
 		 214 aa  209  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.468748 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0493  hypothetical protein  49.73 
 
 		 207 aa  209  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2041  transcriptional regulators-like protein  50.28 
 
 		 213 aa  207  5e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4272  hypothetical protein  50.28 
 
 		 186 aa  208  5e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.2022  normal  0.341622 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4160  hypothetical protein  50.28 
 
 		 186 aa  208  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3538  hypothetical protein  43.3 
 
 		 194 aa  204  8e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4326  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 190 aa  204  8e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0441  hypothetical protein  42.78 
 
 		 194 aa  202  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.388606  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6122  putative transcriptional regulator protein  44.44 
 
 		 192 aa  200  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.143906  normal  0.933768 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6537  putative transcriptional regulator protein  44.97 
 
 		 192 aa  198  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2572  ArsR family transcriptional regulator  52.3 
 
 		 185 aa  191  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.237192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3364  ArsR family transcriptional regulator  49.73 
 
 		 193 aa  189  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2400  ArsR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 198 aa  178  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.651579  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0507  hypothetical protein  41.57 
 
 		 178 aa  176  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0735  hypothetical protein  45.35 
 
 		 187 aa  174  8e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.679244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4796  transcriptional regulators-like protein  42.61 
 
 		 177 aa  166  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5338  transcriptional regulators-like protein  42.61 
 
 		 177 aa  166  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.434634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5453  transcriptional regulators-like protein  41.38 
 
 		 177 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5408  transcriptional regulators-like  41.38 
 
 		 177 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4816  transcriptional regulators-like protein  41.38 
 
 		 177 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.912627  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0198  transcriptional regulators-like  41.38 
 
 		 177 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.448139 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4631  transcriptional regulator-like protein  40.94 
 
 		 186 aa  158  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000043936 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1692  transcriptional regulator-like protein  40.94 
 
 		 201 aa  154  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1942  transcriptional regulator-like protein  37.5 
 
 		 218 aa  151  7e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368597  normal  0.0226422 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3853  putative transcriptional regulator  39.18 
 
 		 181 aa  148  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504751  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2992  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  35.43 
 
 		 186 aa  136  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1483  putative transcriptional regulator  39.63 
 
 		 174 aa  136  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.653166 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3098  putative transcriptional regulatory protein  35.23 
 
 		 186 aa  134  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4777  ArsR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 185 aa  132  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2872  putative transcriptional regulatory protein  35.23 
 
 		 186 aa  131  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.870058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2885  putative transcriptional regulator  34.3 
 
 		 174 aa  130  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4898  hypothetical protein  34.5 
 
 		 189 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.231509 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0439  transcriptional regulators-like protein  33.33 
 
 		 167 aa  107  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0179863  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0589  putative transcriptional regulator  36.76 
 
 		 175 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7088  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  40.18 
 
 		 168 aa  106  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195583  normal  0.688965 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3598  transcriptional regulator protein-like protein  37.5 
 
 		 166 aa  100  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0687943 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0368  regulatory protein, ArsR  31.58 
 
 		 193 aa  87.8  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.370147  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0397  transcriptional regulator, ArsR family  31.58 
 
 		 193 aa  87.8  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0396  transcriptional regulator, ArsR family  32.33 
 
 		 193 aa  87.8  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2633  transcriptional regulator protein-like protein  26.51 
 
 		 184 aa  85.5  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5901  transcriptional regulator, ArsR family  40.22 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.660241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4210  regulatory protein, ArsR  31.58 
 
 		 191 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.204887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1298  regulatory protein ArsR  32.97 
 
 		 192 aa  63.9  0.000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0088  regulatory protein, MarR  30.83 
 
 		 158 aa  62.8  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5280  ArsR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.840921  normal  0.204126 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1829  putative transcriptional regulator  38.1 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.140183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0584  regulatory protein, MarR  29.73 
 
 		 155 aa  56.6  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1167  transcription regulator  22.06 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.25103  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3460  transcriptional regulator protein-like protein  38.27 
 
 		 198 aa  54.7  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572942 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2452  hypothetical protein  33.33 
 
 		 168 aa  54.7  0.0000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000738344  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0969  hypothetical protein  34.88 
 
 		 153 aa  54.3  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.563081  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1369  transcriptional regulators-like protein  33.33 
 
 		 171 aa  52.8  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0611668  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17010  predicted transcriptional regulator  25.69 
 
 		 175 aa  52.4  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.491454 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3656  regulatory protein, MarR  30.49 
 
 		 179 aa  50.4  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36940  predicted transcriptional regulator  27.01 
 
 		 169 aa  49.7  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.830889  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2178  hypothetical protein  25.41 
 
 		 187 aa  50.4  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4684  regulatory protein, MarR  34.29 
 
 		 157 aa  48.1  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.261368  normal  0.0600861 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2690  hypothetical protein  27.17 
 
 		 187 aa  46.6  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1562  regulatory protein, MarR  30.23 
 
 		 159 aa  47  0.0002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2636  hypothetical protein  27.17 
 
 		 187 aa  46.6  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2135  hypothetical protein  30.38 
 
 		 147 aa  45.4  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.421336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2057  YuaC  24.04 
 
 		 183 aa  45.1  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000122085  hitchhiker  0.000000369916 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5388  hypothetical protein  28.09 
 
 		 172 aa  45.1  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.44132 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1511  hypothetical protein  29.07 
 
 		 163 aa  45.1  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.523376  decreased coverage  0.00417665 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1462  hypothetical protein  29.07 
 
 		 155 aa  44.7  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0195486 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3210  transcriptional regulator  21.51 
 
 		 189 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1000  hypothetical protein  27.21 
 
 		 169 aa  44.3  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.642132 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4465  regulatory protein, MarR  27.14 
 
 		 164 aa  43.9  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3663  hypothetical protein  28.21 
 
 		 152 aa  42.7  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.173975  normal  0.574334 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2926  regulatory protein, MarR  27.52 
 
 		 163 aa  42.4  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4698  hypothetical protein  32.86 
 
 		 152 aa  42  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4580  regulatory protein, MarR  26.57 
 
 		 157 aa  42  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>