68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1692 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1692  transcriptional regulator-like protein  100 
 
 
201 aa  411  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1942  transcriptional regulator-like protein  68.48 
 
 
218 aa  277  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368597  normal  0.0226422 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1483  putative transcriptional regulator  75.47 
 
 
174 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.653166 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4631  transcriptional regulator-like protein  66.48 
 
 
186 aa  252  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000043936 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5453  transcriptional regulators-like protein  58.72 
 
 
177 aa  222  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4816  transcriptional regulators-like protein  58.72 
 
 
177 aa  222  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.912627  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5338  transcriptional regulators-like protein  58.72 
 
 
177 aa  222  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.434634  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4796  transcriptional regulators-like protein  58.72 
 
 
177 aa  222  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5408  transcriptional regulators-like  58.72 
 
 
177 aa  222  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0198  transcriptional regulators-like  58.14 
 
 
177 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.448139 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3853  putative transcriptional regulator  58.14 
 
 
181 aa  211  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504751  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3330  putative transcriptional regulator  52.05 
 
 
191 aa  179  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.216044  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4930  putative transcriptional regulator  52.05 
 
 
192 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653338  hitchhiker  0.000469457 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4326  putative transcriptional regulator  48.69 
 
 
190 aa  178  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3538  hypothetical protein  50.29 
 
 
194 aa  178  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0441  hypothetical protein  49.12 
 
 
194 aa  176  3e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.388606  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2885  putative transcriptional regulator  47.13 
 
 
174 aa  172  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5231  hypothetical protein  46.78 
 
 
214 aa  171  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.468748 
 
 
-
 
NC_003296  RS03185  hypothetical protein  45.03 
 
 
186 aa  171  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0864529  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4272  hypothetical protein  43.27 
 
 
186 aa  168  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.2022  normal  0.341622 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4160  hypothetical protein  43.27 
 
 
186 aa  168  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40692  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0735  hypothetical protein  46.24 
 
 
187 aa  167  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.679244  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6122  putative transcriptional regulator protein  49.12 
 
 
192 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.143906  normal  0.933768 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2992  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  44.71 
 
 
186 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2872  putative transcriptional regulatory protein  44.12 
 
 
186 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.870058  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6537  putative transcriptional regulator protein  48.54 
 
 
192 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0493  hypothetical protein  39.81 
 
 
207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4118  hypothetical protein  43.02 
 
 
217 aa  162  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3098  putative transcriptional regulatory protein  45.12 
 
 
186 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4777  ArsR family transcriptional regulator  42.7 
 
 
185 aa  159  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2041  transcriptional regulators-like protein  45.51 
 
 
213 aa  157  8e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0579  helix-turn-helix, type 11  39.25 
 
 
191 aa  156  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.556285  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0507  hypothetical protein  47.74 
 
 
178 aa  156  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2572  ArsR family transcriptional regulator  43.41 
 
 
185 aa  152  4e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.237192  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4898  hypothetical protein  46.06 
 
 
189 aa  151  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.231509 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3364  ArsR family transcriptional regulator  45.41 
 
 
193 aa  149  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2400  ArsR family transcriptional regulator  43.68 
 
 
198 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.651579  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3836  hypothetical protein  41.86 
 
 
181 aa  145  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.902876  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03482  Helix-turn-helix, type 11  37.87 
 
 
183 aa  142  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1229  hypothetical protein  37.5 
 
 
187 aa  128  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0589  putative transcriptional regulator  39.42 
 
 
175 aa  117  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373592  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7088  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  34.23 
 
 
168 aa  106  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195583  normal  0.688965 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0439  transcriptional regulators-like protein  32.1 
 
 
167 aa  103  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0179863  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3598  transcriptional regulator protein-like protein  31.33 
 
 
166 aa  92.8  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0687943 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0368  regulatory protein, ArsR  32.17 
 
 
193 aa  79.7  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.370147  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0397  transcriptional regulator, ArsR family  32.17 
 
 
193 aa  79.7  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0396  transcriptional regulator, ArsR family  32.17 
 
 
193 aa  78.2  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4210  regulatory protein, ArsR  30.77 
 
 
191 aa  75.5  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.204887  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2633  transcriptional regulator protein-like protein  25.3 
 
 
184 aa  74.3  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5901  transcriptional regulator, ArsR family  26.4 
 
 
180 aa  66.2  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.660241  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1829  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 
178 aa  52.4  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.140183  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1167  transcription regulator  20.95 
 
 
185 aa  50.1  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.25103  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3210  transcriptional regulator  23.16 
 
 
189 aa  48.9  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1298  regulatory protein ArsR  20 
 
 
192 aa  48.9  0.00005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2452  hypothetical protein  28.41 
 
 
168 aa  48.5  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000738344  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5280  ArsR family transcriptional regulator  22.92 
 
 
145 aa  48.9  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.840921  normal  0.204126 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1369  transcriptional regulators-like protein  32.39 
 
 
171 aa  48.5  0.00006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0611668  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2178  hypothetical protein  24.79 
 
 
187 aa  46.2  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3460  transcriptional regulator protein-like protein  22.42 
 
 
198 aa  45.1  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.572942 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0584  regulatory protein, MarR  29.63 
 
 
155 aa  43.9  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2135  hypothetical protein  26.85 
 
 
147 aa  43.9  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.421336  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2636  hypothetical protein  19.72 
 
 
187 aa  43.5  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2690  hypothetical protein  19.72 
 
 
187 aa  43.5  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2057  YuaC  21.62 
 
 
183 aa  43.1  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000122085  hitchhiker  0.000000369916 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2926  regulatory protein, MarR  28.19 
 
 
163 aa  42.4  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1511  hypothetical protein  29.81 
 
 
163 aa  41.6  0.008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.523376  decreased coverage  0.00417665 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0088  regulatory protein, MarR  28.92 
 
 
158 aa  41.2  0.009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1475  YuaC  22.22 
 
 
180 aa  41.2  0.01  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.472023  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>