82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2400 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2400  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 
198 aa  406  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.651579  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3364  ArsR family transcriptional regulator  78.14 
 
 
193 aa  282  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4160  hypothetical protein  63.04 
 
 
186 aa  248  6e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40692  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4272  hypothetical protein  63.04 
 
 
186 aa  248  6e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.2022  normal  0.341622 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5231  hypothetical protein  64.36 
 
 
214 aa  243  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.468748 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2572  ArsR family transcriptional regulator  70.33 
 
 
185 aa  241  3.9999999999999997e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.237192  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03185  hypothetical protein  61.41 
 
 
186 aa  239  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0864529  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4118  hypothetical protein  59.79 
 
 
217 aa  237  6.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0441  hypothetical protein  59.46 
 
 
194 aa  237  1e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.388606  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0493  hypothetical protein  60.96 
 
 
207 aa  235  4e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3538  hypothetical protein  58.92 
 
 
194 aa  233  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4930  putative transcriptional regulator  58.56 
 
 
192 aa  228  5e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653338  hitchhiker  0.000469457 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6122  putative transcriptional regulator protein  57.69 
 
 
192 aa  226  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.143906  normal  0.933768 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3330  putative transcriptional regulator  55.56 
 
 
191 aa  226  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.216044  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2041  transcriptional regulators-like protein  57.51 
 
 
213 aa  223  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0507  hypothetical protein  60.23 
 
 
178 aa  222  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6537  putative transcriptional regulator protein  57.14 
 
 
192 aa  221  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4326  putative transcriptional regulator  55.38 
 
 
190 aa  219  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0579  helix-turn-helix, type 11  51.19 
 
 
191 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.556285  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3836  hypothetical protein  50 
 
 
181 aa  192  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.902876  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0735  hypothetical protein  54.71 
 
 
187 aa  191  5e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.679244  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03482  Helix-turn-helix, type 11  49.71 
 
 
183 aa  187  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1229  hypothetical protein  46.63 
 
 
187 aa  186  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4796  transcriptional regulators-like protein  48.5 
 
 
177 aa  181  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5338  transcriptional regulators-like protein  48.5 
 
 
177 aa  181  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.434634  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0198  transcriptional regulators-like  48.5 
 
 
177 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.448139 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5453  transcriptional regulators-like protein  48.5 
 
 
177 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4816  transcriptional regulators-like protein  48.5 
 
 
177 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.912627  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5408  transcriptional regulators-like  48.5 
 
 
177 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1692  transcriptional regulator-like protein  46.15 
 
 
201 aa  162  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4631  transcriptional regulator-like protein  46.15 
 
 
186 aa  161  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000043936 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3853  putative transcriptional regulator  41.76 
 
 
181 aa  155  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504751  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1942  transcriptional regulator-like protein  43.68 
 
 
218 aa  151  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368597  normal  0.0226422 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2885  putative transcriptional regulator  42.35 
 
 
174 aa  145  5e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1483  putative transcriptional regulator  44.52 
 
 
174 aa  140  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.653166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4898  hypothetical protein  37.37 
 
 
189 aa  132  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.231509 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4777  ArsR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
185 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2992  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  39.43 
 
 
186 aa  128  7.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3098  putative transcriptional regulatory protein  38.73 
 
 
186 aa  125  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2872  putative transcriptional regulatory protein  37.29 
 
 
186 aa  125  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.870058  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7088  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  39.55 
 
 
168 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195583  normal  0.688965 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0439  transcriptional regulators-like protein  35.37 
 
 
167 aa  109  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0179863  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3598  transcriptional regulator protein-like protein  44.23 
 
 
166 aa  108  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0687943 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0589  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 
175 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373592  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1167  transcription regulator  32.17 
 
 
185 aa  85.5  4e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.25103  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0368  regulatory protein, ArsR  38.1 
 
 
193 aa  81.6  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.370147  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0397  transcriptional regulator, ArsR family  38.1 
 
 
193 aa  81.6  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0396  transcriptional regulator, ArsR family  40.86 
 
 
193 aa  81.3  0.000000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5901  transcriptional regulator, ArsR family  38.54 
 
 
180 aa  80.1  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.660241  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4210  regulatory protein, ArsR  30.3 
 
 
191 aa  76.3  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.204887  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2633  transcriptional regulator protein-like protein  25.5 
 
 
184 aa  74.7  0.0000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5280  ArsR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
145 aa  72.4  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.840921  normal  0.204126 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2452  hypothetical protein  36.36 
 
 
168 aa  60.5  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000738344  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1369  transcriptional regulators-like protein  36.59 
 
 
171 aa  59.3  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0611668  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1298  regulatory protein ArsR  31.17 
 
 
192 aa  57  0.0000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3460  transcriptional regulator protein-like protein  47.27 
 
 
198 aa  57  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.572942 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0088  regulatory protein, MarR  34.94 
 
 
158 aa  54.3  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0584  regulatory protein, MarR  31.33 
 
 
155 aa  54.3  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1462  hypothetical protein  37.97 
 
 
155 aa  53.5  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0195486 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1511  hypothetical protein  37.97 
 
 
163 aa  53.5  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.523376  decreased coverage  0.00417665 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1829  putative transcriptional regulator  27.38 
 
 
178 aa  53.1  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.140183  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2178  hypothetical protein  27.62 
 
 
187 aa  52.4  0.000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17010  predicted transcriptional regulator  27.04 
 
 
175 aa  51.2  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.491454 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2057  YuaC  24.73 
 
 
183 aa  50.4  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000122085  hitchhiker  0.000000369916 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2135  hypothetical protein  35.53 
 
 
147 aa  48.9  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.421336  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3656  regulatory protein, MarR  27.48 
 
 
179 aa  48.9  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4698  hypothetical protein  28.23 
 
 
152 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26116  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2926  regulatory protein, MarR  29.58 
 
 
163 aa  47.4  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2636  hypothetical protein  27.08 
 
 
187 aa  47  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2690  hypothetical protein  27.08 
 
 
187 aa  47  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1475  YuaC  21.48 
 
 
180 aa  45.4  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.472023  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4684  regulatory protein, MarR  28.24 
 
 
157 aa  44.3  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.261368  normal  0.0600861 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36940  predicted transcriptional regulator  28.57 
 
 
169 aa  43.9  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.830889  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2247  transcriptional regulator, TrmB  27.74 
 
 
159 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2201  transcriptional regulator, TrmB  27.74 
 
 
159 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.648434  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2190  transcriptional regulator, TrmB  27.74 
 
 
159 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235216  normal  0.0245413 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4580  regulatory protein, MarR  34.29 
 
 
157 aa  42.4  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0868  hypothetical protein  22.75 
 
 
192 aa  42  0.007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5388  hypothetical protein  29.7 
 
 
172 aa  41.6  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.44132 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0969  hypothetical protein  30.95 
 
 
153 aa  41.6  0.008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.563081  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02225  hypothetical protein  29.21 
 
 
154 aa  41.6  0.008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.479286  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4465  regulatory protein, MarR  34.69 
 
 
164 aa  41.2  0.01  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>