65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1229 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1229  hypothetical protein  100 
 
 		 187 aa  383  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3836  hypothetical protein  57.87 
 
 		 181 aa  223  9e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.902876  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0579  helix-turn-helix, type 11  54.55 
 
 		 191 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.556285  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03482  Helix-turn-helix, type 11  57.06 
 
 		 183 aa  207  9e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4930  putative transcriptional regulator  48.89 
 
 		 192 aa  191  7e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653338  hitchhiker  0.000469457 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0441  hypothetical protein  48.04 
 
 		 194 aa  189  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.388606  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2041  transcriptional regulators-like protein  47.83 
 
 		 213 aa  188  4e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4118  hypothetical protein  48.07 
 
 		 217 aa  188  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6122  putative transcriptional regulator protein  44.62 
 
 		 192 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.143906  normal  0.933768 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6537  putative transcriptional regulator protein  45.16 
 
 		 192 aa  186  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_003296  RS03185  hypothetical protein  48.86 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0864529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4160  hypothetical protein  48.3 
 
 		 186 aa  184  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4272  hypothetical protein  48.3 
 
 		 186 aa  184  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.2022  normal  0.341622 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3538  hypothetical protein  47.49 
 
 		 194 aa  184  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3330  putative transcriptional regulator  47.25 
 
 		 191 aa  184  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.216044  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4326  putative transcriptional regulator  45.6 
 
 		 190 aa  184  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0493  hypothetical protein  48.07 
 
 		 207 aa  182  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5231  hypothetical protein  48.3 
 
 		 214 aa  178  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.468748 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2572  ArsR family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 185 aa  177  8e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.237192  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0507  hypothetical protein  46.67 
 
 		 178 aa  172  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3364  ArsR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 193 aa  171  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2400  ArsR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 198 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.651579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0735  hypothetical protein  44.58 
 
 		 187 aa  153  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.679244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4631  transcriptional regulator-like protein  37.63 
 
 		 186 aa  144  9e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000043936 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4796  transcriptional regulators-like protein  38.98 
 
 		 177 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5338  transcriptional regulators-like protein  38.98 
 
 		 177 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.434634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4816  transcriptional regulators-like protein  38.98 
 
 		 177 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.912627  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0198  transcriptional regulators-like  38.98 
 
 		 177 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.448139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5408  transcriptional regulators-like  38.98 
 
 		 177 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5453  transcriptional regulators-like protein  38.98 
 
 		 177 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3853  putative transcriptional regulator  39.08 
 
 		 181 aa  132  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504751  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1692  transcriptional regulator-like protein  37.5 
 
 		 201 aa  128  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1942  transcriptional regulator-like protein  34.68 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368597  normal  0.0226422 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4777  ArsR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 185 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1483  putative transcriptional regulator  37.25 
 
 		 174 aa  117  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.653166 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2885  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 174 aa  115  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3098  putative transcriptional regulatory protein  32.37 
 
 		 186 aa  111  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2872  putative transcriptional regulatory protein  32.37 
 
 		 186 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.870058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2992  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  31.79 
 
 		 186 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4898  hypothetical protein  32.95 
 
 		 189 aa  108  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.231509 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7088  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  36 
 
 		 168 aa  105  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195583  normal  0.688965 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3598  transcriptional regulator protein-like protein  34.48 
 
 		 166 aa  102  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0687943 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0439  transcriptional regulators-like protein  35.11 
 
 		 167 aa  98.2  7e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0179863  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0589  putative transcriptional regulator  33.09 
 
 		 175 aa  89  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2633  transcriptional regulator protein-like protein  23.95 
 
 		 184 aa  72.8  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5901  transcriptional regulator, ArsR family  35.42 
 
 		 180 aa  72  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.660241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0368  regulatory protein, ArsR  27.33 
 
 		 193 aa  71.2  0.000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.370147  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0397  transcriptional regulator, ArsR family  27.33 
 
 		 193 aa  71.2  0.000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0396  transcriptional regulator, ArsR family  26.74 
 
 		 193 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4210  regulatory protein, ArsR  26.85 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.204887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2452  hypothetical protein  32.95 
 
 		 168 aa  59.3  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000738344  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5280  ArsR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.840921  normal  0.204126 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0088  regulatory protein, MarR  30.95 
 
 		 158 aa  53.9  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1167  transcription regulator  21.43 
 
 		 185 aa  53.5  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.25103  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2178  hypothetical protein  27.35 
 
 		 187 aa  52.4  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1298  regulatory protein ArsR  30.34 
 
 		 192 aa  50.4  0.00001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17010  predicted transcriptional regulator  28.4 
 
 		 175 aa  50.1  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.491454 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2690  hypothetical protein  29.47 
 
 		 187 aa  48.5  0.00006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2636  hypothetical protein  29.47 
 
 		 187 aa  48.5  0.00006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1829  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 178 aa  47.8  0.00009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.140183  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2135  hypothetical protein  30.85 
 
 		 147 aa  46.6  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.421336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0584  regulatory protein, MarR  25.61 
 
 		 155 aa  46.2  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2900  MarR regulatory protein  30.34 
 
 		 160 aa  43.9  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.348168  normal  0.115809 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3460  transcriptional regulator protein-like protein  28.28 
 
 		 198 aa  42  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572942 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1369  transcriptional regulators-like protein  29.33 
 
 		 171 aa  42  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0611668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>