199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0546 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0546  response regulator receiver protein  100 
 
 		 397 aa  810    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.257068  normal  0.881145 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0653  putative pilus assembly protein  74.31 
 
 		 397 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.868615  normal  0.200622 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5323  response regulator receiver protein  46.13 
 
 		 400 aa  315  6e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00097101  decreased coverage  0.00042828 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4616  putative pilus assembly protein CpaE  45.77 
 
 		 400 aa  311  9e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.984834  normal  0.399314 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1315  flp pilus assembly protein, ATPase  40.92 
 
 		 402 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2273  putative pilus assembly protein CpaE  40.92 
 
 		 402 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.865056  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3090  response regulator  41.42 
 
 		 402 aa  297  2e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7196  response regulator receiver protein  40.32 
 
 		 402 aa  294  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0729484  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1187  putative pilus assembly protein CpaE  44.22 
 
 		 400 aa  294  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.424023 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5415  putative pilus assembly protein CpaE  44.31 
 
 		 400 aa  293  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.677739 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2965  response regulator  41.16 
 
 		 402 aa  292  6e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.206584  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0642  response regulator receiver domain-containing protein  39.09 
 
 		 397 aa  291  9e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133879  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6367  response regulator receiver protein  40.32 
 
 		 402 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5493  response regulator receiver protein  40.59 
 
 		 402 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00416697  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6779  response regulator receiver protein  40.59 
 
 		 402 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.198539  normal  0.241213 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0589  response regulator receiver protein  38.18 
 
 		 402 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.32054  normal  0.148759 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6001  response regulator receiver protein  38.36 
 
 		 402 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.188719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2646  response regulator receiver protein  40.91 
 
 		 397 aa  276  6e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6297  response regulator receiver protein  38.36 
 
 		 402 aa  276  6e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2554  response regulator receiver domain-containing protein  35.14 
 
 		 387 aa  266  5.999999999999999e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.494037  normal  0.119042 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2355  response regulator receiver domain-containing protein  36.98 
 
 		 412 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1527  response regulator receiver protein  34.37 
 
 		 383 aa  210  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0798  response regulator receiver domain-containing protein  35.9 
 
 		 391 aa  200  5e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0803  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  27.71 
 
 		 381 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0796  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  27.2 
 
 		 381 aa  139  6e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.757443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0656  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  26.73 
 
 		 381 aa  136  7.000000000000001e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.165722 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1497  response regulator receiver protein  28.61 
 
 		 389 aa  134  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1751  Flp pilus assembly ATPase CpaE  25.15 
 
 		 392 aa  125  9e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2317  response regulator receiver protein  24.76 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.594065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2701  response regulator receiver protein  26.67 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1683  response regulator receiver protein  27.03 
 
 		 430 aa  113  8.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000786383 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3205  response regulator receiver protein  26.45 
 
 		 373 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.111806 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1056  response regulator receiver protein  26.45 
 
 		 373 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1273  response regulator receiver protein  25.73 
 
 		 430 aa  106  8e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.804052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2914  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  29.9 
 
 		 377 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1834  response regulator receiver protein  26.09 
 
 		 376 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2826  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  29.03 
 
 		 377 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3008  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  29.74 
 
 		 389 aa  103  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2115  response regulator receiver protein  23.62 
 
 		 412 aa  102  9e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1110  response regulator receiver protein  26.97 
 
 		 404 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129352  normal  0.0915857 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1162  response regulator receiver protein  26.57 
 
 		 389 aa  100  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2638  putative flp pilus assembly protein CpaE  25.34 
 
 		 401 aa  99  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2932  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  24.5 
 
 		 398 aa  97.8  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4154  response regulator receiver protein  24.56 
 
 		 419 aa  96.7  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.268722 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3209  response regulator receiver protein  25.23 
 
 		 416 aa  96.3  9e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.5486  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0793  response regulator receiver  25.47 
 
 		 406 aa  95.5  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0975  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.05 
 
 		 423 aa  95.1  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0679592  normal  0.79779 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4612  response regulator receiver protein  24.72 
 
 		 417 aa  94.4  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.936503  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4443  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  24.48 
 
 		 391 aa  89.7  7e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0191569 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2647  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  25.39 
 
 		 398 aa  88.6  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2362  response regulator receiver domain-containing protein  23.43 
 
 		 413 aa  87  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.382482  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1726  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  26.3 
 
 		 414 aa  85.5  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1020  response regulator receiver protein  23.6 
 
 		 420 aa  84.3  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3115  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  29.6 
 
 		 395 aa  84  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523841  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002648  type II/IV secretion system ATPase TadZ/CpaE associated with Flp pilus assembly  24.33 
 
 		 402 aa  83.6  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2924  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  23.51 
 
 		 399 aa  83.6  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0388199  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3353  response regulator receiver protein  24.52 
 
 		 419 aa  81.3  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.207274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2482  putative pilus assembly protein CpaE  24.9 
 
 		 414 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.952309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2410  response regulator receiver protein  25.3 
 
 		 414 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2705  putative pilus assembly protein CpaE  24.5 
 
 		 414 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.383675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0608  TadE-like  24.56 
 
 		 580 aa  76.3  0.0000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.288092  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4620  response regulator receiver protein  24.28 
 
 		 416 aa  75.9  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.405994  normal  0.099888 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1040  response regulator receiver protein  25.84 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.369353  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3967  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  27.07 
 
 		 382 aa  74.7  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.467038 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5125  response regulator receiver protein  24.09 
 
 		 587 aa  73.9  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.380192  normal  0.0818791 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4191  pilus assembly protein CpaE  24.58 
 
 		 528 aa  73.9  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2739  response regulator receiver protein  24.48 
 
 		 481 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1853  AAA ATPase  23.66 
 
 		 397 aa  71.6  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0455079  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0842  response regulator receiver protein  20.98 
 
 		 390 aa  71.2  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.884409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2272  putative septum site-determining protein  26.98 
 
 		 537 aa  70.5  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.889677  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3793  response regulator receiver protein  24.33 
 
 		 414 aa  69.7  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162082  normal  0.418214 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3423  ATPase involved in chromosome partitioning-like protein  27.03 
 
 		 407 aa  69.7  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664271  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3354  response regulator receiver protein  24.52 
 
 		 428 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0422  response regulator receiver protein  22.9 
 
 		 444 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.183813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0779  chromosome partitioning ATPase  24.27 
 
 		 431 aa  68.9  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000669652  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4446  response regulator receiver protein  25.49 
 
 		 427 aa  68.6  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1127  response regulator receiver protein  21.86 
 
 		 435 aa  67.8  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0647  pilus assembly protein CpaE  23.79 
 
 		 396 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2541  hypothetical protein  21.55 
 
 		 412 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4870  hypothetical protein  22.44 
 
 		 394 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0810841  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4392  pilus assembly protein CpaE  23.18 
 
 		 396 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55900  hypothetical protein  22.12 
 
 		 394 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2018  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  20.85 
 
 		 408 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.724066  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2829  response regulator receiver protein  23.85 
 
 		 414 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.906535  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1289  hypothetical protein  22.11 
 
 		 412 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1943  putative fimbriae assembly protein  22.11 
 
 		 412 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00885774  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1777  hypothetical protein  22.11 
 
 		 412 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.28097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0118  hypothetical protein  22.11 
 
 		 405 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.253404  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1769  hypothetical protein  22.11 
 
 		 405 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.694321  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1790  hypothetical protein  22.11 
 
 		 412 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.655567  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1047  hypothetical protein  22.11 
 
 		 412 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.401729  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1731  response regulator receiver protein  22.31 
 
 		 424 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000047972 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3655  pilus assembly protein  21.18 
 
 		 412 aa  62.4  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2490  Septum formation inhibitor-activating ATPase- like protein  21.15 
 
 		 416 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737443 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1444  response regulator receiver protein  24.25 
 
 		 424 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0847  hypothetical protein  20.96 
 
 		 396 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4852  hypothetical protein  23.59 
 
 		 396 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1086  pilus assembly protein  24.48 
 
 		 439 aa  60.5  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.807258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1514  putative response regulator receiver  28.84 
 
 		 400 aa  60.5  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.474874  normal  0.0716973 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0215  component of type IV pilus  25 
 
 		 428 aa  60.1  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>