More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1056 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3205  response regulator receiver protein  97.86 
 
 		 373 aa  728    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.111806 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1056  response regulator receiver protein  100 
 
 		 373 aa  764    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2701  response regulator receiver protein  47.72 
 
 		 373 aa  373  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1834  response regulator receiver protein  41.82 
 
 		 376 aa  288  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1751  Flp pilus assembly ATPase CpaE  31.92 
 
 		 392 aa  186  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1497  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 389 aa  182  8.000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0793  response regulator receiver  33.23 
 
 		 406 aa  181  2e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0422  response regulator receiver protein  34.25 
 
 		 444 aa  166  5.9999999999999996e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.183813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2554  response regulator receiver domain-containing protein  30.39 
 
 		 387 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.494037  normal  0.119042 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2317  response regulator receiver protein  29.87 
 
 		 392 aa  160  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.594065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2355  response regulator receiver domain-containing protein  27.97 
 
 		 412 aa  159  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4612  response regulator receiver protein  33.44 
 
 		 417 aa  156  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.936503  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4620  response regulator receiver protein  32.38 
 
 		 416 aa  155  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.405994  normal  0.099888 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2115  response regulator receiver protein  31.86 
 
 		 412 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4154  response regulator receiver protein  32.28 
 
 		 419 aa  150  4e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.268722 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1110  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 404 aa  149  7e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129352  normal  0.0915857 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1683  response regulator receiver protein  31.15 
 
 		 430 aa  149  7e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000786383 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1273  response regulator receiver protein  31.15 
 
 		 430 aa  147  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.804052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3209  response regulator receiver protein  29.55 
 
 		 416 aa  145  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.5486  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3008  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  31.43 
 
 		 389 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1162  response regulator receiver protein  30.17 
 
 		 389 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0798  response regulator receiver domain-containing protein  29.87 
 
 		 391 aa  140  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2826  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  29.14 
 
 		 377 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2647  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  29.3 
 
 		 398 aa  138  1e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3353  response regulator receiver protein  31.43 
 
 		 419 aa  136  8e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.207274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2932  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  29.53 
 
 		 398 aa  132  9e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2362  response regulator receiver domain-containing protein  27.25 
 
 		 413 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.382482  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4443  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.92 
 
 		 391 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0191569 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0842  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 390 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.884409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2739  response regulator receiver protein  27.59 
 
 		 481 aa  126  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2914  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  29.13 
 
 		 377 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2638  putative flp pilus assembly protein CpaE  30.34 
 
 		 401 aa  124  3e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3115  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  29.35 
 
 		 395 aa  122  8e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523841  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0975  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.47 
 
 		 423 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0679592  normal  0.79779 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0546  response regulator receiver protein  26.45 
 
 		 397 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.257068  normal  0.881145 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1527  response regulator receiver protein  27.39 
 
 		 383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0653  putative pilus assembly protein  26.53 
 
 		 397 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.868615  normal  0.200622 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1020  response regulator receiver protein  26.24 
 
 		 420 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0589  response regulator receiver protein  26.82 
 
 		 402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.32054  normal  0.148759 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0642  response regulator receiver domain-containing protein  26.07 
 
 		 397 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133879  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002648  type II/IV secretion system ATPase TadZ/CpaE associated with Flp pilus assembly  27.65 
 
 		 402 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2924  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  30.39 
 
 		 399 aa  116  6e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0388199  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3967  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  27.55 
 
 		 382 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.467038 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1726  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  25.63 
 
 		 414 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0803  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  26.13 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0656  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  27.33 
 
 		 381 aa  106  5e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.165722 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1853  AAA ATPase  30.38 
 
 		 397 aa  103  4e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0455079  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4616  putative pilus assembly protein CpaE  25 
 
 		 400 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.984834  normal  0.399314 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2410  response regulator receiver protein  24.73 
 
 		 414 aa  103  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2705  putative pilus assembly protein CpaE  25.13 
 
 		 414 aa  102  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.383675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2646  response regulator receiver protein  24.84 
 
 		 397 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2348  response regulator receiver protein  25.58 
 
 		 414 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.795034 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2482  putative pilus assembly protein CpaE  25.13 
 
 		 414 aa  100  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.952309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1040  response regulator receiver protein  25.21 
 
 		 391 aa  99  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.369353  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1187  putative pilus assembly protein CpaE  25.44 
 
 		 400 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.424023 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1444  response regulator receiver protein  26.79 
 
 		 424 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0796  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  25.64 
 
 		 381 aa  96.7  6e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.757443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2272  putative septum site-determining protein  26.78 
 
 		 537 aa  96.3  7e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.889677  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1731  response regulator receiver protein  25.39 
 
 		 424 aa  96.3  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000047972 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0303  chromosome partitioning ATPase  25 
 
 		 423 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4662  response regulator receiver domain-containing protein  23.94 
 
 		 412 aa  92.4  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0132095  hitchhiker  0.00330156 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1498  response regulator receiver protein  23.67 
 
 		 412 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259405  hitchhiker  0.00000329057 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3655  pilus assembly protein  26.56 
 
 		 412 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1042  response regulator receiver protein  23.67 
 
 		 412 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.497148  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1522  response regulator receiver protein  23.67 
 
 		 412 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361355  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1782  pilus assembly protein cpaE  26.38 
 
 		 425 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.216369  normal  0.120682 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5415  putative pilus assembly protein CpaE  25.47 
 
 		 400 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.677739 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0118  hypothetical protein  25.86 
 
 		 405 aa  89.4  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.253404  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1289  hypothetical protein  25.86 
 
 		 412 aa  89.4  9e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1943  putative fimbriae assembly protein  25.86 
 
 		 412 aa  89.4  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00885774  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1790  hypothetical protein  25.86 
 
 		 412 aa  89.4  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.655567  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1769  hypothetical protein  25.86 
 
 		 405 aa  89.4  9e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.694321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1047  hypothetical protein  25.86 
 
 		 412 aa  89.4  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.401729  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3999  response regulator receiver protein  23.66 
 
 		 422 aa  89.4  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1777  hypothetical protein  25.86 
 
 		 412 aa  89.4  9e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.28097  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2018  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  26.57 
 
 		 408 aa  88.6  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.724066  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7033  putative pilus assembly protein cpaE  24.47 
 
 		 422 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.186488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1521  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  24.46 
 
 		 398 aa  88.2  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2797  putative pilus assembly protein, CpaE-like  24.67 
 
 		 413 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.895149  normal  0.384116 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7196  response regulator receiver protein  26.55 
 
 		 402 aa  87.8  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0729484  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5125  response regulator receiver protein  26.1 
 
 		 587 aa  87.4  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.380192  normal  0.0818791 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1404  response regulator receiver protein  25.98 
 
 		 426 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5323  response regulator receiver protein  22.85 
 
 		 400 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00097101  decreased coverage  0.00042828 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1086  pilus assembly protein  24.46 
 
 		 439 aa  87  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.807258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0555  response regulator receiver protein  22.25 
 
 		 423 aa  87  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2541  hypothetical protein  24.92 
 
 		 412 aa  87  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1127  response regulator receiver protein  24.92 
 
 		 435 aa  87  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1654  putative pilus assembly protein, CpaE-like protein  24.75 
 
 		 413 aa  86.7  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.735693 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0608  TadE-like  24.92 
 
 		 580 aa  86.7  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.288092  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3793  response regulator receiver protein  23.87 
 
 		 414 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162082  normal  0.418214 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1907  putative Flp pilus assembly protein ATPase CpaE  22.68 
 
 		 423 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.37678  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1641  pilus assembly protein CpaE  26.38 
 
 		 418 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00628351  normal  0.327088 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6367  response regulator receiver protein  26 
 
 		 402 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0299  pilus assembly protein cpaE  26.94 
 
 		 421 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4202  putative pilus assembly protein CpaE  26.6 
 
 		 423 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.195195  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3522  putative pilus assembly protein cpaE  25.16 
 
 		 425 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.257718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2161  pilus assembly protein CpaE  23.72 
 
 		 406 aa  85.1  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0776455  normal  0.0348695 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0995  ATPase, putative  24.83 
 
 		 419 aa  84.3  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0179422  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5493  response regulator receiver protein  25.67 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00416697  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6779  response regulator receiver protein  25.67 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.198539  normal  0.241213 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>