More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5125 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_0608  TadE-like  59.76 
 
 		 580 aa  697    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.288092  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5125  response regulator receiver protein  100 
 
 		 587 aa  1189    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.380192  normal  0.0818791 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4191  pilus assembly protein CpaE  43.07 
 
 		 528 aa  332  2e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3999  response regulator receiver protein  42.75 
 
 		 422 aa  330  6e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0299  pilus assembly protein cpaE  40.72 
 
 		 421 aa  329  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0725  response regulator receiver protein  42.55 
 
 		 428 aa  327  3e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0235  response regulator receiver protein  44.72 
 
 		 437 aa  324  4e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.695166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3789  response regulator receiver protein  46.29 
 
 		 423 aa  322  9.000000000000001e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.956879  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1782  pilus assembly protein cpaE  40.79 
 
 		 425 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.216369  normal  0.120682 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4202  putative pilus assembly protein CpaE  39.95 
 
 		 423 aa  317  5e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.195195  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0389  pilus assembly protein CpaE  41.37 
 
 		 422 aa  316  7e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3715  putative pilus assembly protein cpaE  39.31 
 
 		 423 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.522305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3354  response regulator receiver protein  40.75 
 
 		 428 aa  314  3.9999999999999997e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2829  response regulator receiver protein  40.7 
 
 		 414 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.906535  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7033  putative pilus assembly protein cpaE  39.43 
 
 		 422 aa  309  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.186488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3522  putative pilus assembly protein cpaE  39.95 
 
 		 425 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.257718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4478  response regulator receiver protein  38.92 
 
 		 425 aa  307  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.942803 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2382  response regulator receiver protein  42.25 
 
 		 414 aa  303  7.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47935  normal  0.228311 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3793  response regulator receiver protein  39.7 
 
 		 414 aa  302  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162082  normal  0.418214 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0421  response regulator receiver protein  43.27 
 
 		 493 aa  301  2e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2410  response regulator receiver protein  40.2 
 
 		 414 aa  299  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4190  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 425 aa  297  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0215  component of type IV pilus  39.28 
 
 		 428 aa  295  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2705  putative pilus assembly protein CpaE  39.95 
 
 		 414 aa  293  6e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.383675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2482  putative pilus assembly protein CpaE  39.95 
 
 		 414 aa  292  1e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.952309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5685  putative pilus assembly protein cpaE  37.23 
 
 		 422 aa  274  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.744074  normal  0.310447 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2457  CpaE, putative  31.07 
 
 		 405 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.335722  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0827  putative CpaE protein  31.07 
 
 		 411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2042  putative fimbriae assembly-related protein  31.07 
 
 		 411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.191748  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0334  putative fimbriae assembly-related protein  31.07 
 
 		 411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189235  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1887  putative CpaE protein  31.07 
 
 		 411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.523015  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1875  putative CpaE protein  31.07 
 
 		 411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.682529  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1678  putative CpaE protein  31.07 
 
 		 411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.486852  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4866  response regulator receiver protein  28.61 
 
 		 422 aa  125  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1127  response regulator receiver protein  29.47 
 
 		 422 aa  124  5e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.207281  normal  0.342394 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1077  response regulator receiver domain-containing protein  28.68 
 
 		 424 aa  123  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.109971  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1514  putative response regulator receiver  27.93 
 
 		 400 aa  115  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.474874  normal  0.0716973 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2055  response regulator receiver domain-containing protein  28.57 
 
 		 415 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00464335  normal  0.104531 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3423  response regulator receiver protein  29.64 
 
 		 407 aa  112  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal  0.685338 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4620  response regulator receiver protein  25.53 
 
 		 416 aa  110  8.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.405994  normal  0.099888 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3930  response regulator receiver protein  28.93 
 
 		 407 aa  109  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.555789  normal  0.301 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0793  response regulator receiver  27.66 
 
 		 406 aa  108  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2044  response regulator receiver protein  32.39 
 
 		 401 aa  108  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.274196  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2691  response regulator receiver protein  28.3 
 
 		 389 aa  107  8e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0422  response regulator receiver protein  24.78 
 
 		 444 aa  105  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.183813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4154  response regulator receiver protein  22.95 
 
 		 419 aa  104  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.268722 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2826  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  27.22 
 
 		 377 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0669  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 399 aa  102  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2348  response regulator receiver protein  25.44 
 
 		 414 aa  97.8  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.795034 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2019  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  28.85 
 
 		 400 aa  93.6  8e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2317  response regulator receiver protein  24.63 
 
 		 392 aa  93.2  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.594065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2914  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  26.91 
 
 		 377 aa  92.8  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0308  response regulator receiver protein  26.59 
 
 		 414 aa  92  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1040  response regulator receiver protein  26.23 
 
 		 391 aa  92.4  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.369353  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0642  response regulator receiver domain-containing protein  24.36 
 
 		 397 aa  91.7  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133879  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2115  response regulator receiver protein  23.03 
 
 		 412 aa  90.5  7e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0589  response regulator receiver protein  23.98 
 
 		 402 aa  90.1  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.32054  normal  0.148759 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3353  response regulator receiver protein  23.5 
 
 		 419 aa  89.7  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.207274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0803  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  26.72 
 
 		 381 aa  89.4  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0796  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  27.34 
 
 		 381 aa  88.6  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.757443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2554  response regulator receiver domain-containing protein  25.14 
 
 		 387 aa  88.2  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.494037  normal  0.119042 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1726  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  22.57 
 
 		 414 aa  87.4  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1110  response regulator receiver protein  29.55 
 
 		 404 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129352  normal  0.0915857 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0842  response regulator receiver protein  25 
 
 		 390 aa  84.7  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.884409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1020  response regulator receiver protein  24.63 
 
 		 420 aa  84  0.000000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1521  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  23.15 
 
 		 398 aa  82.8  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1751  Flp pilus assembly ATPase CpaE  27.65 
 
 		 392 aa  82.4  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1527  response regulator receiver protein  26.99 
 
 		 383 aa  82  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0820  response regulator receiver protein  26.68 
 
 		 403 aa  82  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3090  response regulator  28.83 
 
 		 402 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1315  flp pilus assembly protein, ATPase  28.83 
 
 		 402 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5323  response regulator receiver protein  22.59 
 
 		 400 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00097101  decreased coverage  0.00042828 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002648  type II/IV secretion system ATPase TadZ/CpaE associated with Flp pilus assembly  24.06 
 
 		 402 aa  79.7  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4443  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.33 
 
 		 391 aa  78.6  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0191569 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2273  putative pilus assembly protein CpaE  28.71 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.865056  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0303  chromosome partitioning ATPase  29.19 
 
 		 423 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2965  response regulator  32.59 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.206584  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2272  putative septum site-determining protein  26.67 
 
 		 537 aa  77.8  0.0000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.889677  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3489  putative pilus assembly protein  23.84 
 
 		 413 aa  77.8  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0553969 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2355  response regulator receiver domain-containing protein  23.95 
 
 		 412 aa  77.4  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1056  response regulator receiver protein  26.1 
 
 		 373 aa  77  0.0000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1907  putative Flp pilus assembly protein ATPase CpaE  29.89 
 
 		 423 aa  77  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.37678  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0656  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  24.6 
 
 		 381 aa  76.6  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.165722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0995  ATPase, putative  23.53 
 
 		 419 aa  76.6  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0179422  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0555  response regulator receiver protein  28.49 
 
 		 423 aa  76.6  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3163  septum site-determining protein MinD  26.36 
 
 		 265 aa  76.3  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14190  septum site-determining protein MinD  26.07 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000320626  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4582  septum site-determining protein MinD  29.53 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000162191  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4540  septum site-determining protein MinD  29.53 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4346  septum site-determining protein MinD  29.53 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4182  septum site-determining protein; cell division inhibitor  29.53 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4193  septum site-determining protein; cell division inhibitor  29.53 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4294  septum site-determining protein MinD  29.53 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4680  septum site-determining protein MinD  29.53 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132031  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0667  septum site-determining protein MinD  29.53 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4567  septum site-determining protein MinD  29.53 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109943  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4528  septum site-determining protein MinD  29.53 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3205  response regulator receiver protein  25.42 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.111806 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2646  response regulator receiver protein  22.93 
 
 		 397 aa  74.3  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0897  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 399 aa  74.3  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>