166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0215 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0215  component of type IV pilus  100 
 
 		 428 aa  863    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3354  response regulator receiver protein  69.63 
 
 		 428 aa  631  1e-180  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4478  response regulator receiver protein  71.03 
 
 		 425 aa  625  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.942803 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4190  response regulator receiver protein  72.33 
 
 		 425 aa  599  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3999  response regulator receiver protein  57.43 
 
 		 422 aa  504  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0725  response regulator receiver protein  57.07 
 
 		 428 aa  494  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4202  putative pilus assembly protein CpaE  50.12 
 
 		 423 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.195195  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3522  putative pilus assembly protein cpaE  50.24 
 
 		 425 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.257718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1782  pilus assembly protein cpaE  51.74 
 
 		 425 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.216369  normal  0.120682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7033  putative pilus assembly protein cpaE  51 
 
 		 422 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.186488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2829  response regulator receiver protein  49.51 
 
 		 414 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.906535  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3715  putative pilus assembly protein cpaE  48.8 
 
 		 423 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.522305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0299  pilus assembly protein cpaE  50.51 
 
 		 421 aa  412  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2382  response regulator receiver protein  51.26 
 
 		 414 aa  413  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47935  normal  0.228311 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0389  pilus assembly protein CpaE  50.25 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2410  response regulator receiver protein  49.25 
 
 		 414 aa  396  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3793  response regulator receiver protein  47.74 
 
 		 414 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162082  normal  0.418214 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0235  response regulator receiver protein  48.51 
 
 		 437 aa  394  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.695166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2705  putative pilus assembly protein CpaE  48.49 
 
 		 414 aa  389  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.383675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2482  putative pilus assembly protein CpaE  48.74 
 
 		 414 aa  390  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.952309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0421  response regulator receiver protein  48.98 
 
 		 493 aa  376  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4191  pilus assembly protein CpaE  47.57 
 
 		 528 aa  378  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5685  putative pilus assembly protein cpaE  46.4 
 
 		 422 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.744074  normal  0.310447 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3789  response regulator receiver protein  48.09 
 
 		 423 aa  363  4e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.956879  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0608  TadE-like  41.11 
 
 		 580 aa  332  1e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.288092  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5125  response regulator receiver protein  40.05 
 
 		 587 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.380192  normal  0.0818791 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4866  response regulator receiver protein  29.36 
 
 		 422 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1077  response regulator receiver domain-containing protein  28.05 
 
 		 424 aa  152  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.109971  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2457  CpaE, putative  32.01 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.335722  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1127  response regulator receiver protein  28.72 
 
 		 422 aa  134  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.207281  normal  0.342394 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1514  putative response regulator receiver  30.39 
 
 		 400 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.474874  normal  0.0716973 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2042  putative fimbriae assembly-related protein  31.07 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.191748  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1678  putative CpaE protein  31.07 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.486852  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0334  putative fimbriae assembly-related protein  31.07 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189235  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1875  putative CpaE protein  31.07 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.682529  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1887  putative CpaE protein  31.07 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.523015  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0827  putative CpaE protein  31.07 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2691  response regulator receiver protein  30.28 
 
 		 389 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2044  response regulator receiver protein  27.25 
 
 		 401 aa  109  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.274196  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2055  response regulator receiver domain-containing protein  29.07 
 
 		 415 aa  106  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00464335  normal  0.104531 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0422  response regulator receiver protein  24.93 
 
 		 444 aa  102  9e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.183813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2019  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  30.07 
 
 		 400 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4620  response regulator receiver protein  25.13 
 
 		 416 aa  102  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.405994  normal  0.099888 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3423  response regulator receiver protein  26.62 
 
 		 407 aa  99.4  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal  0.685338 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0793  response regulator receiver  27.6 
 
 		 406 aa  98.6  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3930  response regulator receiver protein  25.97 
 
 		 407 aa  97.4  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.555789  normal  0.301 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3489  putative pilus assembly protein  26.52 
 
 		 413 aa  95.5  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0553969 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1020  response regulator receiver protein  25.77 
 
 		 420 aa  95.1  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0669  response regulator receiver protein  30.04 
 
 		 399 aa  93.2  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0642  response regulator receiver domain-containing protein  23.05 
 
 		 397 aa  92.8  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133879  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4443  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.76 
 
 		 391 aa  90.5  5e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0191569 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2355  response regulator receiver domain-containing protein  25.71 
 
 		 412 aa  89.4  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2115  response regulator receiver protein  25.66 
 
 		 412 aa  87  6e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0308  response regulator receiver protein  25.68 
 
 		 414 aa  86.7  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2826  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  26.89 
 
 		 377 aa  86.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1521  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  27.43 
 
 		 398 aa  85.9  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3115  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  33.15 
 
 		 395 aa  86.3  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523841  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2554  response regulator receiver domain-containing protein  23.16 
 
 		 387 aa  85.5  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.494037  normal  0.119042 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0589  response regulator receiver protein  26.25 
 
 		 402 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.32054  normal  0.148759 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1404  response regulator receiver protein  25.56 
 
 		 426 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1726  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  21.64 
 
 		 414 aa  80.9  0.00000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0842  response regulator receiver protein  25.12 
 
 		 390 aa  80.1  0.00000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.884409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2362  response regulator receiver domain-containing protein  24.29 
 
 		 413 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.382482  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1162  response regulator receiver protein  24.01 
 
 		 389 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1497  response regulator receiver protein  24.78 
 
 		 389 aa  79  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4154  response regulator receiver protein  23.67 
 
 		 419 aa  78.6  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.268722 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1040  response regulator receiver protein  25.35 
 
 		 391 aa  77.8  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.369353  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2317  response regulator receiver protein  25 
 
 		 392 aa  77.8  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.594065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2914  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  27.16 
 
 		 377 aa  76.6  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3967  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  26.23 
 
 		 382 aa  76.6  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.467038 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5323  response regulator receiver protein  25.15 
 
 		 400 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00097101  decreased coverage  0.00042828 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2646  response regulator receiver protein  22.63 
 
 		 397 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1110  response regulator receiver protein  25.07 
 
 		 404 aa  75.5  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129352  normal  0.0915857 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0820  response regulator receiver protein  26.6 
 
 		 403 aa  75.1  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0796  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  26.49 
 
 		 381 aa  74.7  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.757443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1056  response regulator receiver protein  25.08 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3205  response regulator receiver protein  24.75 
 
 		 373 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.111806 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2273  putative pilus assembly protein CpaE  25.94 
 
 		 402 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.865056  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2701  response regulator receiver protein  24.54 
 
 		 373 aa  73.2  0.000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1289  hypothetical protein  23.92 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1943  putative fimbriae assembly protein  23.92 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00885774  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1777  hypothetical protein  23.92 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.28097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0118  hypothetical protein  23.92 
 
 		 405 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.253404  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1769  hypothetical protein  23.92 
 
 		 405 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.694321  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1790  hypothetical protein  23.92 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.655567  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1047  hypothetical protein  23.92 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.401729  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4359  pilus assembly protein  24.46 
 
 		 447 aa  72  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4616  putative pilus assembly protein CpaE  25.88 
 
 		 400 aa  72  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.984834  normal  0.399314 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2541  hypothetical protein  24.58 
 
 		 412 aa  72  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4249  putative pilus assembly protein  24.46 
 
 		 447 aa  72  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.359357 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6367  response regulator receiver protein  23.73 
 
 		 402 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2924  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  26.67 
 
 		 399 aa  70.9  0.00000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0388199  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7196  response regulator receiver protein  24.92 
 
 		 402 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0729484  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0803  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like protein  23.15 
 
 		 381 aa  70.9  0.00000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1042  response regulator receiver protein  25.83 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.497148  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5493  response regulator receiver protein  24.73 
 
 		 402 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00416697  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1522  response regulator receiver protein  25.83 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361355  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6779  response regulator receiver protein  24.73 
 
 		 402 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.198539  normal  0.241213 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1498  response regulator receiver protein  25.83 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259405  hitchhiker  0.00000329057 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0656  Flp pilus assembly protein ATPase CpaE-like  24.65 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.165722 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>