More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2787 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4000  exonuclease RecJ  85.48 
 
 		 613 aa  1011    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007406  Nwi_1645  RecJ exonuclease  83.03 
 
 		 613 aa  1008    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1563  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.93 
 
 		 610 aa  654    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.553946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2962  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  88.91 
 
 		 613 aa  1075    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2813  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  84.83 
 
 		 613 aa  1033    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0113123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2499  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  89.72 
 
 		 633 aa  1080    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.408241  normal  0.222109 
 
 
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NC_007964  Nham_2307  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  83.85 
 
 		 613 aa  1001    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_2787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  100 
 
 		 613 aa  1221    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4751  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  61.19 
 
 		 626 aa  696    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3073  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.48 
 
 		 603 aa  633  1e-180  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_2797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.76 
 
 		 605 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532995  normal  0.915588 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1920  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.64 
 
 		 594 aa  592  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0990  exonuclease RecJ  54.59 
 
 		 594 aa  591  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2762  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.87 
 
 		 611 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1270  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.64 
 
 		 594 aa  573  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.71 
 
 		 611 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1741  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.16 
 
 		 600 aa  565  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2948  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.23 
 
 		 603 aa  563  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181074  hitchhiker  0.00226197 
 
 
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NC_011757  Mchl_2989  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.54 
 
 		 611 aa  561  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.907848 
 
 
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NC_011369  Rleg2_1547  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.31 
 
 		 600 aa  561  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011989  Avi_2280  single-stranded-DNA-specific exonuclease  52.52 
 
 		 600 aa  556  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340529  n/a   
 
 
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NC_008783  BARBAKC583_0900  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50 
 
 		 594 aa  555  1e-157  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.209081  n/a   
 
 
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NC_009505  BOV_1231  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.38 
 
 		 575 aa  554  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.337799  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_3141  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.37 
 
 		 597 aa  550  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
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NC_011894  Mnod_0206  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.54 
 
 		 597 aa  542  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1452  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.95 
 
 		 600 aa  529  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00256801  hitchhiker  0.00132955 
 
 
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NC_008686  Pden_1877  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.73 
 
 		 580 aa  483  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2275  single-stranded-DNA-specific exonuclease  48.15 
 
 		 585 aa  481  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008347  Mmar10_1506  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.21 
 
 		 603 aa  476  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_3002  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.28 
 
 		 582 aa  474  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.728985  normal  0.47011 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2408  RecJ exonuclease  46.39 
 
 		 606 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2166  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.87 
 
 		 603 aa  464  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.145891 
 
 
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NC_009484  Acry_1296  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.8 
 
 		 594 aa  464  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2274  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.33 
 
 		 573 aa  457  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349175  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4733  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.06 
 
 		 588 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002978  WD0312  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.49 
 
 		 579 aa  452  1e-125  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009428  Rsph17025_0832  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.91 
 
 		 583 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792862 
 
 
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NC_007354  Ecaj_0891  RecJ exonuclease  42.04 
 
 		 584 aa  443  1e-123  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007799  ECH_1115  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.35 
 
 		 589 aa  443  1e-123  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0405  single-stranded DNA-specific exonuclease  46.41 
 
 		 583 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2059  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.41 
 
 		 583 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_3011  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.16 
 
 		 605 aa  429  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245556  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_3014  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.72 
 
 		 588 aa  421  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.858016 
 
 
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NC_011365  Gdia_2502  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.31 
 
 		 619 aa  395  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.386511  normal  0.196855 
 
 
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NC_008576  Mmc1_1758  exonuclease RecJ  40.24 
 
 		 592 aa  381  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.150743  normal  0.165864 
 
 
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NC_007798  NSE_0712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.19 
 
 		 577 aa  368  1e-100  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_1327  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.01 
 
 		 599 aa  343  4e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
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NC_010814  Glov_2006  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.35 
 
 		 586 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009483  Gura_1721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.59 
 
 		 573 aa  330  4e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008609  Ppro_1795  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.85 
 
 		 568 aa  330  6e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011145  AnaeK_1313  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.64 
 
 		 573 aa  323  7e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_1415  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.47 
 
 		 573 aa  323  8e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007760  Adeh_2536  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  43.24 
 
 		 564 aa  322  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.962109  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2614  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.22 
 
 		 578 aa  317  3e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010320  Teth514_1465  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.93 
 
 		 811 aa  311  2.9999999999999997e-83  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0172153  n/a   
 
 
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NC_009012  Cthe_1346  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.43 
 
 		 827 aa  308  1.0000000000000001e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000597878  n/a   
 
 
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NC_013411  GYMC61_0937  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.07 
 
 		 788 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007498  Pcar_1890  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.94 
 
 		 574 aa  306  7e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000386066  n/a   
 
 
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NC_011899  Hore_12210  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.28 
 
 		 814 aa  305  1.0000000000000001e-81  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000495428  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2289  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.77 
 
 		 907 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.322971  hitchhiker  0.00000129081 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1287  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.73 
 
 		 831 aa  304  4.0000000000000003e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0857  RecJ exonuclease  36.36 
 
 		 578 aa  299  1e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2838  RecJ exonuclease  37.83 
 
 		 566 aa  296  5e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.934115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0731  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.8 
 
 		 885 aa  296  5e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000934537  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3329  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.94 
 
 		 574 aa  295  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.77 
 
 		 574 aa  292  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3226  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.77 
 
 		 574 aa  292  1e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0952  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.12 
 
 		 574 aa  291  2e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_1395  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.99 
 
 		 571 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_1035  exonuclease RecJ  35.89 
 
 		 569 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16220  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.04 
 
 		 571 aa  289  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013173  Dbac_2743  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.61 
 
 		 574 aa  288  2e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00277097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1298  RecJ exonuclease  36.17 
 
 		 571 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.882929  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2512  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.85 
 
 		 785 aa  287  4e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000579618  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0807  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.96 
 
 		 574 aa  286  8e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3198  ssDNA exonuclease RecJ  36.09 
 
 		 577 aa  286  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.697919  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0805  single-stranded DNA-specific exonuclease-like protein  35.65 
 
 		 932 aa  286  1.0000000000000001e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00139649  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3210  ssDNA exonuclease RecJ  35.92 
 
 		 577 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.398907 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3276  ssDNA exonuclease RecJ  35.92 
 
 		 577 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0689  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.21 
 
 		 798 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.944207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1477  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.54 
 
 		 569 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.221142  normal  0.152861 
 
 
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NC_011083  SeHA_C3273  ssDNA exonuclease RecJ  35.92 
 
 		 577 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011205  SeD_A3378  ssDNA exonuclease RecJ  35.92 
 
 		 577 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_1488  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.52 
 
 		 569 aa  282  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010322  PputGB1_1082  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.71 
 
 		 569 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0892  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.28 
 
 		 584 aa  282  1e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.488933  n/a   
 
 
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NC_007954  Sden_0749  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.3 
 
 		 574 aa  282  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0015193  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_3424  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.37 
 
 		 576 aa  282  1e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.297966  n/a   
 
 
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NC_009512  Pput_4244  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.54 
 
 		 569 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008700  Sama_2737  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.7 
 
 		 574 aa  281  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009092  Shew_0772  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.12 
 
 		 574 aa  281  3e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.167693  hitchhiker  0.00446395 
 
 
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NC_011883  Ddes_1409  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.98 
 
 		 578 aa  280  4e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0667264  n/a   
 
 
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NC_009439  Pmen_3376  exonuclease RecJ  36.12 
 
 		 569 aa  280  5e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.593595 
 
 
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NC_010468  EcolC_0817  ssDNA exonuclease RecJ  36.19 
 
 		 577 aa  280  7e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011353  ECH74115_4183  ssDNA exonuclease RecJ  36.19 
 
 		 577 aa  280  7e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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CP001637  EcDH1_0800  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.19 
 
 		 577 aa  279  9e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000133644  n/a   
 
 
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NC_011830  Dhaf_3611  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.41 
 
 		 801 aa  279  1e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000975309  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_4493  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.9 
 
 		 779 aa  278  2e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012918  GM21_1787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.59 
 
 		 569 aa  278  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0490686 
 
 
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NC_009052  Sbal_0845  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.62 
 
 		 577 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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