More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2280 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009667  Oant_1920  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  60.85 
 
 		 594 aa  689    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1270  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.03 
 
 		 594 aa  687    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1452  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  74.12 
 
 		 600 aa  813    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00256801  hitchhiker  0.00132955 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1547  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  73.96 
 
 		 600 aa  882    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2280  single-stranded-DNA-specific exonuclease  100 
 
 		 600 aa  1191    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340529  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1231  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.02 
 
 		 575 aa  665    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.337799  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1741  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  74.96 
 
 		 600 aa  886    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0990  exonuclease RecJ  60.95 
 
 		 594 aa  691    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1563  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.62 
 
 		 610 aa  632  1e-180  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.553946 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0900  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.36 
 
 		 594 aa  623  1e-177  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.209081  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4751  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.5 
 
 		 626 aa  606  9.999999999999999e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2948  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.12 
 
 		 603 aa  595  1e-168  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181074  hitchhiker  0.00226197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3073  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.67 
 
 		 603 aa  589  1e-167  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1645  RecJ exonuclease  52.94 
 
 		 613 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2813  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.9 
 
 		 613 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0113123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2499  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.52 
 
 		 633 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.408241  normal  0.222109 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.52 
 
 		 613 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2307  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.94 
 
 		 613 aa  567  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2962  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.34 
 
 		 613 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4000  exonuclease RecJ  52.2 
 
 		 613 aa  557  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_2797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.3 
 
 		 605 aa  546  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532995  normal  0.915588 
 
 
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NC_010172  Mext_2762  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.64 
 
 		 611 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.83 
 
 		 611 aa  535  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2989  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.08 
 
 		 611 aa  529  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.907848 
 
 
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NC_010511  M446_3141  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.3 
 
 		 597 aa  527  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
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NC_011894  Mnod_0206  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.33 
 
 		 597 aa  526  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1506  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.62 
 
 		 603 aa  493  9.999999999999999e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3002  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.09 
 
 		 582 aa  473  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.728985  normal  0.47011 
 
 
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NC_008044  TM1040_2166  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.88 
 
 		 603 aa  474  1e-132  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.145891 
 
 
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NC_008686  Pden_1877  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.69 
 
 		 580 aa  466  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007643  Rru_A2408  RecJ exonuclease  44.32 
 
 		 606 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2275  single-stranded-DNA-specific exonuclease  46.18 
 
 		 585 aa  449  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1296  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.25 
 
 		 594 aa  451  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2059  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.54 
 
 		 583 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_0832  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.21 
 
 		 583 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792862 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0405  single-stranded DNA-specific exonuclease  46.54 
 
 		 583 aa  445  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2274  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.88 
 
 		 573 aa  432  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349175  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1115  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.9 
 
 		 589 aa  431  1e-119  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0312  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.93 
 
 		 579 aa  428  1e-118  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0891  RecJ exonuclease  38.95 
 
 		 584 aa  427  1e-118  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_3011  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  43.99 
 
 		 605 aa  426  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2502  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.27 
 
 		 619 aa  423  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.386511  normal  0.196855 
 
 
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NC_008048  Sala_3014  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.3 
 
 		 588 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.858016 
 
 
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NC_009511  Swit_4733  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.37 
 
 		 588 aa  405  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007798  NSE_0712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.23 
 
 		 577 aa  373  1e-102  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008576  Mmc1_1758  exonuclease RecJ  37.1 
 
 		 592 aa  366  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.150743  normal  0.165864 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1327  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.4 
 
 		 599 aa  335  1e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
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NC_010320  Teth514_1465  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.1 
 
 		 811 aa  322  9.999999999999999e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0172153  n/a   
 
 
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NC_009483  Gura_1721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.81 
 
 		 573 aa  320  5e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1795  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.34 
 
 		 568 aa  316  9.999999999999999e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007498  Pcar_1890  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.29 
 
 		 574 aa  311  2e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000386066  n/a   
 
 
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NC_009012  Cthe_1346  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.65 
 
 		 827 aa  310  5.9999999999999995e-83  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000597878  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0731  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.08 
 
 		 885 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000934537  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2006  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.48 
 
 		 586 aa  302  9e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013216  Dtox_2289  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.93 
 
 		 907 aa  301  2e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.322971  hitchhiker  0.00000129081 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12210  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.09 
 
 		 814 aa  300  7e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000495428  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1415  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  41.22 
 
 		 573 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3125  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.13 
 
 		 779 aa  296  7e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.388004  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1313  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  41.04 
 
 		 573 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2536  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.86 
 
 		 564 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.962109  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2512  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.96 
 
 		 785 aa  294  3e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000579618  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2614  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37 
 
 		 578 aa  293  5e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4304  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.4 
 
 		 779 aa  289  1e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4639  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.4 
 
 		 779 aa  289  1e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0937  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.08 
 
 		 788 aa  288  1e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0689  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.2 
 
 		 798 aa  288  2e-76  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.944207  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4256  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.68 
 
 		 773 aa  288  2.9999999999999996e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0805  single-stranded DNA-specific exonuclease-like protein  35.39 
 
 		 932 aa  287  5e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00139649  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4528  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.79 
 
 		 779 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B0707  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.79 
 
 		 779 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3298  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.94 
 
 		 580 aa  284  3.0000000000000004e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.746333  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.81 
 
 		 569 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0490686 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0051  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.8 
 
 		 579 aa  283  7.000000000000001e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.458674  normal  0.205446 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1422  hypothetical protein  31.84 
 
 		 566 aa  283  7.000000000000001e-75  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.432451 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4493  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.11 
 
 		 779 aa  283  8.000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_4489  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.87 
 
 		 779 aa  282  1e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000134083 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4543  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.87 
 
 		 779 aa  282  1e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4153  single-stranded-DNA-specific exonuclease  33.87 
 
 		 779 aa  281  2e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3463  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.14 
 
 		 573 aa  280  8e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0980529  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4142  single-stranded-DNA-specific exonuclease  33.69 
 
 		 779 aa  279  1e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2743  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.89 
 
 		 574 aa  279  1e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00277097  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2564  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.04 
 
 		 587 aa  278  2e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0857  RecJ exonuclease  35.85 
 
 		 578 aa  278  3e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0618  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.99 
 
 		 574 aa  278  3e-73  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1287  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.21 
 
 		 831 aa  277  4e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1569  single-stranded-DNA-specific exonuclease  33.99 
 
 		 574 aa  277  4e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.160712  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3424  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.22 
 
 		 576 aa  276  7e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.297966  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0674  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.5 
 
 		 583 aa  276  1.0000000000000001e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3849  ssDNA exonuclease RecJ  36.57 
 
 		 577 aa  275  2.0000000000000002e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.333614 
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_0881  ssDNA exonuclease RecJ  36.57 
 
 		 577 aa  275  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.796775  n/a   
 
 
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NC_010465  YPK_0922  ssDNA exonuclease RecJ  36.57 
 
 		 577 aa  275  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_1298  RecJ exonuclease  35.35 
 
 		 571 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.882929  normal  0.617769 
 
 
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NC_009457  VC0395_A1993  ssDNA exonuclease RecJ  35.42 
 
 		 584 aa  273  9e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008528  OEOE_1070  single-stranded DNA-specific exonuclease  31.88 
 
 		 622 aa  271  2e-71  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013440  Hoch_2398  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.84 
 
 		 577 aa  271  2.9999999999999997e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  0.955687 
 
 
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NC_011149  SeAg_B3198  ssDNA exonuclease RecJ  35.75 
 
 		 577 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.697919  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_0800  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.69 
 
 		 577 aa  268  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000133644  n/a   
 
 
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NC_007298  Daro_2838  RecJ exonuclease  35.89 
 
 		 566 aa  268  2e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.934115  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_16220  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.57 
 
 		 571 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012892  B21_02687  hypothetical protein  35.69 
 
 		 577 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0479122  n/a   
 
 
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