More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2962 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_4751  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  60.61 
 
 		 626 aa  683    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1645  RecJ exonuclease  84.99 
 
 		 613 aa  1021    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  88.91 
 
 		 613 aa  1074    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2962  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  100 
 
 		 613 aa  1212    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2813  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  84.5 
 
 		 613 aa  1019    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0113123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2499  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  94.29 
 
 		 633 aa  1126    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.408241  normal  0.222109 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2307  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  84.99 
 
 		 613 aa  1009    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4000  exonuclease RecJ  84.34 
 
 		 613 aa  991    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_1563  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.1 
 
 		 610 aa  643    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.553946 
 
 
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NC_011666  Msil_3073  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  58.4 
 
 		 603 aa  629  1e-179  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.43 
 
 		 605 aa  593  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532995  normal  0.915588 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1920  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.79 
 
 		 594 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0990  exonuclease RecJ  53.91 
 
 		 594 aa  576  1.0000000000000001e-163  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1270  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.45 
 
 		 594 aa  562  1.0000000000000001e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2762  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.24 
 
 		 611 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_2948  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.51 
 
 		 603 aa  556  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181074  hitchhiker  0.00226197 
 
 
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NC_010725  Mpop_2885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.85 
 
 		 611 aa  557  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1547  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.26 
 
 		 600 aa  554  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1741  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.2 
 
 		 600 aa  554  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2280  single-stranded-DNA-specific exonuclease  51.34 
 
 		 600 aa  546  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340529  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2989  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.91 
 
 		 611 aa  547  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.907848 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0900  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.15 
 
 		 594 aa  545  1e-154  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.209081  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_3141  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.37 
 
 		 597 aa  544  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
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NC_009505  BOV_1231  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.17 
 
 		 575 aa  544  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.337799  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0206  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.54 
 
 		 597 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009636  Smed_1452  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.18 
 
 		 600 aa  529  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00256801  hitchhiker  0.00132955 
 
 
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NC_008686  Pden_1877  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.23 
 
 		 580 aa  468  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_3002  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.28 
 
 		 582 aa  466  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.728985  normal  0.47011 
 
 
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NC_008347  Mmar10_1506  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.39 
 
 		 603 aa  464  1e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007643  Rru_A2408  RecJ exonuclease  45.97 
 
 		 606 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009484  Acry_1296  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.7 
 
 		 594 aa  458  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2275  single-stranded-DNA-specific exonuclease  46.45 
 
 		 585 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002978  WD0312  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  41.98 
 
 		 579 aa  449  1e-125  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2166  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.63 
 
 		 603 aa  450  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.145891 
 
 
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NC_007354  Ecaj_0891  RecJ exonuclease  40.61 
 
 		 584 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4733  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.39 
 
 		 588 aa  445  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2274  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.62 
 
 		 573 aa  445  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349175  n/a   
 
 
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NC_009428  Rsph17025_0832  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.41 
 
 		 583 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792862 
 
 
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NC_007799  ECH_1115  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.24 
 
 		 589 aa  437  1e-121  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0405  single-stranded DNA-specific exonuclease  46.91 
 
 		 583 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2059  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.91 
 
 		 583 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_3014  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.72 
 
 		 588 aa  417  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.858016 
 
 
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NC_010338  Caul_3011  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.98 
 
 		 605 aa  414  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245556  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_2502  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.4 
 
 		 619 aa  385  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.386511  normal  0.196855 
 
 
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NC_008576  Mmc1_1758  exonuclease RecJ  39.8 
 
 		 592 aa  365  1e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.150743  normal  0.165864 
 
 
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NC_007798  NSE_0712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.16 
 
 		 577 aa  353  8e-96  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_1327  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.02 
 
 		 599 aa  339  9e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
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NC_010814  Glov_2006  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.31 
 
 		 586 aa  332  1e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009483  Gura_1721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.13 
 
 		 573 aa  324  3e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008609  Ppro_1795  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.72 
 
 		 568 aa  322  9.999999999999999e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_1415  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.64 
 
 		 573 aa  317  6e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007760  Adeh_2536  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  43.42 
 
 		 564 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.962109  n/a   
 
 
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NC_011145  AnaeK_1313  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.64 
 
 		 573 aa  314  2.9999999999999996e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU2614  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.58 
 
 		 578 aa  308  3e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007498  Pcar_1890  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.32 
 
 		 574 aa  306  6e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000386066  n/a   
 
 
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NC_011899  Hore_12210  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.85 
 
 		 814 aa  301  2e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000495428  n/a   
 
 
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NC_009012  Cthe_1346  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.23 
 
 		 827 aa  301  2e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000597878  n/a   
 
 
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NC_010320  Teth514_1465  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.3 
 
 		 811 aa  301  2e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0172153  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1287  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.78 
 
 		 831 aa  300  4e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013411  GYMC61_0937  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.1 
 
 		 788 aa  293  9e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2289  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.5 
 
 		 907 aa  291  2e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.322971  hitchhiker  0.00000129081 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0857  RecJ exonuclease  36.51 
 
 		 578 aa  290  4e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0731  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.75 
 
 		 885 aa  290  4e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000934537  n/a   
 
 
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NC_007298  Daro_2838  RecJ exonuclease  37.48 
 
 		 566 aa  288  2e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.934115  normal  1 
 
 
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NC_013173  Dbac_2743  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.19 
 
 		 574 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00277097  n/a   
 
 
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NC_012034  Athe_0689  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.49 
 
 		 798 aa  280  5e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.944207  n/a   
 
 
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NC_011830  Dhaf_3611  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.35 
 
 		 801 aa  278  2e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000975309  n/a   
 
 
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NC_008346  Swol_0805  single-stranded DNA-specific exonuclease-like protein  34.6 
 
 		 932 aa  278  3e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00139649  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_3329  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.17 
 
 		 574 aa  278  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1035  exonuclease RecJ  35.77 
 
 		 569 aa  276  6e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626016 
 
 
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NC_011883  Ddes_1409  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.94 
 
 		 578 aa  276  9e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0667264  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_0797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.17 
 
 		 574 aa  276  9e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0952  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.17 
 
 		 574 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008322  Shewmr7_3226  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.17 
 
 		 574 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.46 
 
 		 569 aa  275  3e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0490686 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0897  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.74 
 
 		 574 aa  273  8.000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003909  BCE_4493  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.85 
 
 		 779 aa  272  1e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2272  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36 
 
 		 577 aa  272  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2512  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.16 
 
 		 785 aa  272  1e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000579618  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1395  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.69 
 
 		 571 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3125  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.73 
 
 		 779 aa  271  2e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.388004  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0807  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.29 
 
 		 574 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4304  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.73 
 
 		 779 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1298  RecJ exonuclease  34.97 
 
 		 571 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.882929  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4639  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.73 
 
 		 779 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16220  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.85 
 
 		 571 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4489  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.73 
 
 		 779 aa  270  4e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000134083 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4543  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.73 
 
 		 779 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1488  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.87 
 
 		 569 aa  270  7e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4153  single-stranded-DNA-specific exonuclease  31.73 
 
 		 779 aa  270  8e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0772  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.54 
 
 		 574 aa  269  1e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.167693  hitchhiker  0.00446395 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.65 
 
 		 572 aa  269  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_0665  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.54 
 
 		 574 aa  269  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0729862  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3376  exonuclease RecJ  35.74 
 
 		 569 aa  269  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.593595 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3683  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.51 
 
 		 567 aa  268  2e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_005957  BT9727_4142  single-stranded-DNA-specific exonuclease  31.85 
 
 		 779 aa  268  2e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009438  Sputcn32_0892  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.98 
 
 		 584 aa  268  2e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.488933  n/a   
 
 
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NC_011138  MADE_03407  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.59 
 
 		 573 aa  267  4e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_4256  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.68 
 
 		 773 aa  267  4e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002947  PP_1477  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.7 
 
 		 569 aa  267  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.221142  normal  0.152861 
 
 
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