More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3376 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02724  ssDNA exonuclease, 5' -> 3'-specific  57.9 
 
 		 577 aa  649    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0329903  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0800  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.73 
 
 		 577 aa  648    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000133644  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4142  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  85.41 
 
 		 569 aa  986    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.810057 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1477  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  84.71 
 
 		 569 aa  981    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.221142  normal  0.152861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1082  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  84.71 
 
 		 569 aa  981    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3310  ssDNA exonuclease RecJ  58.81 
 
 		 577 aa  634    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.24828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3424  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  58.97 
 
 		 576 aa  642    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.297966  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0952  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.61 
 
 		 574 aa  703    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1488  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  84.53 
 
 		 569 aa  970    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0895  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  58.35 
 
 		 574 aa  666    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647081 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00958  ssDNA exonuclease RecJ  56.03 
 
 		 579 aa  657    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3218  ssDNA exonuclease RecJ  57.9 
 
 		 577 aa  649    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1298  RecJ exonuclease  85.46 
 
 		 571 aa  982    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.882929  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3051  ssDNA exonuclease RecJ  57.73 
 
 		 577 aa  644    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3522  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.45 
 
 		 577 aa  694    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1035  exonuclease RecJ  82.6 
 
 		 569 aa  964    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4183  ssDNA exonuclease RecJ  57.73 
 
 		 577 aa  647    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3298  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  58.16 
 
 		 580 aa  636    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.746333  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3273  ssDNA exonuclease RecJ  58.61 
 
 		 577 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004439  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.21 
 
 		 579 aa  665    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3302  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.21 
 
 		 572 aa  649    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0912686  normal  0.117483 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3312  ssDNA exonuclease RecJ  57.73 
 
 		 577 aa  646    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02687  hypothetical protein  57.9 
 
 		 577 aa  649    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0479122  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3890  ssDNA exonuclease RecJ  60.6 
 
 		 577 aa  665    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.874306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2737  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.22 
 
 		 574 aa  644    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39440  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  85.41 
 
 		 569 aa  957    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.31407  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1395  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  86.87 
 
 		 571 aa  998    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0564  ssDNA exonuclease RecJ  56.22 
 
 		 579 aa  644    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.755584  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3760  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.37 
 
 		 610 aa  640    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.671236 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3025  ssDNA exonuclease RecJ  57.73 
 
 		 577 aa  645    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1213  exonuclease RecJ  56.69 
 
 		 581 aa  636    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0807  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.04 
 
 		 574 aa  684    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3210  ssDNA exonuclease RecJ  58.61 
 
 		 577 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.398907 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0749  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.87 
 
 		 574 aa  655    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0015193  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0881  ssDNA exonuclease RecJ  61.69 
 
 		 577 aa  679    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.796775  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1993  ssDNA exonuclease RecJ  58.45 
 
 		 584 aa  669    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4244  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  84.53 
 
 		 569 aa  978    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3447  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  61.8 
 
 		 574 aa  697    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3378  ssDNA exonuclease RecJ  58.61 
 
 		 577 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3849  ssDNA exonuclease RecJ  61.69 
 
 		 577 aa  679    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.333614 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0922  ssDNA exonuclease RecJ  61.51 
 
 		 577 aa  678    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3641  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.27 
 
 		 577 aa  694    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.37 
 
 		 572 aa  637    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0845  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.27 
 
 		 577 aa  694    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0897  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  58.35 
 
 		 574 aa  671    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3376  exonuclease RecJ  100 
 
 		 569 aa  1134    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.593595 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.79 
 
 		 574 aa  701    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3226  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.43 
 
 		 574 aa  699    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0665  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.89 
 
 		 574 aa  687    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0729862  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16220  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  87.39 
 
 		 571 aa  1000    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0817  ssDNA exonuclease RecJ  57.73 
 
 		 577 aa  647    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3198  ssDNA exonuclease RecJ  58.81 
 
 		 577 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.697919  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0892  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  63.18 
 
 		 584 aa  703    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.488933  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0772  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.79 
 
 		 574 aa  691    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.167693  hitchhiker  0.00446395 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3276  ssDNA exonuclease RecJ  58.61 
 
 		 577 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3329  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.79 
 
 		 574 aa  702    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0618  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.05 
 
 		 574 aa  634  1e-180  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1474  single-strand DNA-specific exonuclease  56.99 
 
 		 573 aa  634  1e-180  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1569  single-stranded-DNA-specific exonuclease  56.05 
 
 		 574 aa  633  1e-180  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.160712  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1417  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.43 
 
 		 579 aa  626  1e-178  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4094  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.47 
 
 		 584 aa  622  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0863  ssDNA exonuclease RecJ  57.27 
 
 		 584 aa  624  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1567  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.91 
 
 		 579 aa  621  1e-176  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0647  ssDNA exonuclease RecJ  56.33 
 
 		 584 aa  621  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.252802  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1460  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  61.27 
 
 		 574 aa  616  1e-175  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2272  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.44 
 
 		 577 aa  615  1e-175  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03407  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.6 
 
 		 573 aa  610  1e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1819  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  58.41 
 
 		 577 aa  606  9.999999999999999e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0649366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1969  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.71 
 
 		 563 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00305659  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1189  RecJ exonuclease  57.84 
 
 		 574 aa  581  1e-164  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2838  RecJ exonuclease  54.97 
 
 		 566 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.934115  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0628  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.7 
 
 		 599 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2065  exonuclease RecJ  57.69 
 
 		 564 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1771  exonuclease RecJ  55.18 
 
 		 565 aa  562  1.0000000000000001e-159  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.495895  normal  0.722264 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2026  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.02 
 
 		 565 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.698536 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2153  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.02 
 
 		 565 aa  561  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000147893  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1448  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.37 
 
 		 577 aa  555  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1154  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.52 
 
 		 565 aa  554  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0447096 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5422  RecJ exonuclease  56.64 
 
 		 565 aa  548  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0640  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.85 
 
 		 613 aa  550  1e-155  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1038  exonuclease RecJ  54.35 
 
 		 566 aa  550  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.329478 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1074  exonuclease RecJ  54.35 
 
 		 565 aa  546  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0444947  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2134  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.47 
 
 		 565 aa  545  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.240563 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5961  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.29 
 
 		 565 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.987838  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2116  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.29 
 
 		 565 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.457344  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1817  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.97 
 
 		 585 aa  537  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.123849  normal  0.0771206 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1115  single-stranded-DNA-specific exonuclease protein  54.29 
 
 		 565 aa  536  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00151931  normal  0.274168 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1698  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.04 
 
 		 564 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.04 
 
 		 564 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2642  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.04 
 
 		 564 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3113  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.04 
 
 		 564 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2205  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.04 
 
 		 564 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.42 
 
 		 564 aa  536  1e-151  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214774  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1564  RecJ exonuclease  55.11 
 
 		 568 aa  537  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373395  normal  0.277595 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2588  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.04 
 
 		 564 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1478  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.04 
 
 		 564 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2569  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.93 
 
 		 568 aa  537  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.217652  normal  0.0265746 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1054  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.11 
 
 		 564 aa  531  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0497812  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0958  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.47 
 
 		 564 aa  531  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.388256  normal  0.0147257 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00083  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.07 
 
 		 558 aa  521  1e-147  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.491155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>