More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0958 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1115  single-stranded-DNA-specific exonuclease protein  91.86 
 
 		 565 aa  1037    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00151931  normal  0.274168 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1478  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.08 
 
 		 564 aa  746    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1698  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.08 
 
 		 564 aa  746    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2838  RecJ exonuclease  59.86 
 
 		 566 aa  678    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.934115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1074  exonuclease RecJ  77.7 
 
 		 565 aa  895    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0444947  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0958  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  100 
 
 		 564 aa  1143    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.388256  normal  0.0147257 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2569  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  68.72 
 
 		 568 aa  745    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.217652  normal  0.0265746 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.08 
 
 		 564 aa  746    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5422  RecJ exonuclease  69.26 
 
 		 565 aa  746    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_2642  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.08 
 
 		 564 aa  746    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A2205  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.08 
 
 		 564 aa  746    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  68.73 
 
 		 564 aa  738    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214774  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1054  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  98.58 
 
 		 564 aa  1127    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0497812  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1448  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.07 
 
 		 577 aa  775    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1969  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.63 
 
 		 563 aa  686    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00305659  n/a   
 
 
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NC_007951  Bxe_A1564  RecJ exonuclease  69.24 
 
 		 568 aa  751    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373395  normal  0.277595 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1038  exonuclease RecJ  77.03 
 
 		 566 aa  890    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.329478 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5961  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.43 
 
 		 565 aa  746    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.987838  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2134  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.08 
 
 		 565 aa  738    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.240563 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3113  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.08 
 
 		 564 aa  746    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1154  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  68.78 
 
 		 565 aa  764    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0447096 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2153  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.26 
 
 		 565 aa  769    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000147893  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0487  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.42 
 
 		 601 aa  641    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.624528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2588  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.08 
 
 		 564 aa  745    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2116  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.43 
 
 		 565 aa  746    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.457344  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2026  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.26 
 
 		 565 aa  769    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.698536 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1771  exonuclease RecJ  58.9 
 
 		 565 aa  632  1e-180  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.495895  normal  0.722264 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0640  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.95 
 
 		 613 aa  634  1e-180  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3234  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.69 
 
 		 576 aa  631  1e-180  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.224513  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1208  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  58.95 
 
 		 573 aa  629  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009379  Pnuc_1470  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.44 
 
 		 586 aa  630  1e-179  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5406  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.45 
 
 		 572 aa  626  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2758  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.24 
 
 		 574 aa  622  1e-177  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3258  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.94 
 
 		 580 aa  620  1e-176  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3702  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  58.17 
 
 		 571 aa  619  1e-176  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.713364 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2065  exonuclease RecJ  56.91 
 
 		 564 aa  615  1e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3183  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  58.88 
 
 		 576 aa  613  9.999999999999999e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3424  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.24 
 
 		 574 aa  611  1e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1012  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.52 
 
 		 600 aa  600  1e-170  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0694189 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2400  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.67 
 
 		 579 aa  583  1.0000000000000001e-165  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.927411 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2751  exonuclease RecJ  58.03 
 
 		 581 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4142  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.18 
 
 		 569 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.810057 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1477  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.82 
 
 		 569 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.221142  normal  0.152861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1395  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.8 
 
 		 571 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1488  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.74 
 
 		 569 aa  547  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009439  Pmen_3376  exonuclease RecJ  55.47 
 
 		 569 aa  547  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.593595 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1082  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.45 
 
 		 569 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_16220  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.99 
 
 		 571 aa  544  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4244  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.82 
 
 		 569 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1298  RecJ exonuclease  54.18 
 
 		 571 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.882929  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39440  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.08 
 
 		 569 aa  533  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.31407  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1035  exonuclease RecJ  52.91 
 
 		 569 aa  535  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3890  ssDNA exonuclease RecJ  52.62 
 
 		 577 aa  533  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.874306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3302  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.72 
 
 		 572 aa  532  1e-150  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0912686  normal  0.117483 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0952  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.45 
 
 		 574 aa  531  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0892  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.27 
 
 		 584 aa  530  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.488933  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2737  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.99 
 
 		 574 aa  528  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3447  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.08 
 
 		 574 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.09 
 
 		 574 aa  527  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3226  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.09 
 
 		 574 aa  526  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1819  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.15 
 
 		 577 aa  526  1e-148  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0649366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3329  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.09 
 
 		 574 aa  526  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0845  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.9 
 
 		 577 aa  524  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0807  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.54 
 
 		 574 aa  522  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0772  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.62 
 
 		 574 aa  523  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.167693  hitchhiker  0.00446395 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3641  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.72 
 
 		 577 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1213  exonuclease RecJ  50.99 
 
 		 581 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3522  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.9 
 
 		 577 aa  524  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1474  single-strand DNA-specific exonuclease  48.82 
 
 		 573 aa  516  1.0000000000000001e-145  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1993  ssDNA exonuclease RecJ  49.73 
 
 		 584 aa  512  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3760  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.35 
 
 		 610 aa  512  1e-144  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.671236 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0922  ssDNA exonuclease RecJ  50.73 
 
 		 577 aa  512  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004439  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.56 
 
 		 579 aa  514  1e-144  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0897  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.82 
 
 		 574 aa  509  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3051  ssDNA exonuclease RecJ  48.34 
 
 		 577 aa  508  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3849  ssDNA exonuclease RecJ  50.73 
 
 		 577 aa  511  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.333614 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1569  single-stranded-DNA-specific exonuclease  49.1 
 
 		 574 aa  508  1e-143  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.160712  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0881  ssDNA exonuclease RecJ  50.73 
 
 		 577 aa  511  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.796775  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3424  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.82 
 
 		 576 aa  508  9.999999999999999e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.297966  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00958  ssDNA exonuclease RecJ  49.47 
 
 		 579 aa  505  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0749  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.72 
 
 		 574 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0015193  n/a   
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0618  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.1 
 
 		 574 aa  508  9.999999999999999e-143  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011138  MADE_03407  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.81 
 
 		 573 aa  505  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_0665  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.72 
 
 		 574 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0729862  n/a   
 
 
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CP001509  ECD_02724  ssDNA exonuclease, 5' -> 3'-specific  48.16 
 
 		 577 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0329903  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_3218  ssDNA exonuclease RecJ  48.16 
 
 		 577 aa  504  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_4094  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.74 
 
 		 584 aa  502  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012892  B21_02687  hypothetical protein  48.16 
 
 		 577 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0479122  n/a   
 
 
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NC_012880  Dd703_3298  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.81 
 
 		 580 aa  502  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.746333  n/a   
 
 
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NC_007484  Noc_1189  RecJ exonuclease  50.72 
 
 		 574 aa  504  1e-141  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012917  PC1_0647  ssDNA exonuclease RecJ  50.62 
 
 		 584 aa  501  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.252802  n/a   
 
 
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NC_008228  Patl_3712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.64 
 
 		 572 aa  502  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_0800  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.81 
 
 		 577 aa  501  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000133644  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_0817  ssDNA exonuclease RecJ  47.89 
 
 		 577 aa  501  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011205  SeD_A3378  ssDNA exonuclease RecJ  48.32 
 
 		 577 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010658  SbBS512_E3312  ssDNA exonuclease RecJ  47.99 
 
 		 577 aa  501  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_4183  ssDNA exonuclease RecJ  47.99 
 
 		 577 aa  501  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011149  SeAg_B3198  ssDNA exonuclease RecJ  48.5 
 
 		 577 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.697919  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_3025  ssDNA exonuclease RecJ  47.99 
 
 		 577 aa  501  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008740  Maqu_2272  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.3 
 
 		 577 aa  499  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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