More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1771 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A1074  exonuclease RecJ  61.1 
 
 		 565 aa  648    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0444947  n/a   
 
 
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NC_007404  Tbd_1771  exonuclease RecJ  100 
 
 		 565 aa  1127    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.495895  normal  0.722264 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1969  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  60.04 
 
 		 563 aa  653    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00305659  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2065  exonuclease RecJ  60.04 
 
 		 564 aa  643    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1154  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  61.92 
 
 		 565 aa  635    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0447096 
 
 
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NC_007973  Rmet_1038  exonuclease RecJ  61.17 
 
 		 566 aa  663    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.329478 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2153  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.1 
 
 		 565 aa  637    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000147893  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2026  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.1 
 
 		 565 aa  637    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.698536 
 
 
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NC_003295  RSc1115  single-stranded-DNA-specific exonuclease protein  60.04 
 
 		 565 aa  624  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00151931  normal  0.274168 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0640  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.16 
 
 		 613 aa  624  1e-177  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1448  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  60.18 
 
 		 577 aa  623  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2838  RecJ exonuclease  57.07 
 
 		 566 aa  616  1e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.934115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5422  RecJ exonuclease  61.57 
 
 		 565 aa  616  1e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5961  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  61.57 
 
 		 565 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.987838  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2134  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  61.57 
 
 		 565 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.240563 
 
 
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NC_008542  Bcen2424_2116  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  61.57 
 
 		 565 aa  611  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.457344  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1054  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.43 
 
 		 564 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0497812  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  60.5 
 
 		 564 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214774  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1564  RecJ exonuclease  59.82 
 
 		 568 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373395  normal  0.277595 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2569  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.47 
 
 		 568 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.217652  normal  0.0265746 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2588  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.79 
 
 		 564 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_1478  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.79 
 
 		 564 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1698  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.79 
 
 		 564 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.79 
 
 		 564 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2205  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.79 
 
 		 564 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_2642  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.79 
 
 		 564 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A3113  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.79 
 
 		 564 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0958  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  58.9 
 
 		 564 aa  599  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.388256  normal  0.0147257 
 
 
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NC_011992  Dtpsy_2758  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.77 
 
 		 574 aa  580  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010322  PputGB1_1082  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.09 
 
 		 569 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_1477  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.74 
 
 		 569 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.221142  normal  0.152861 
 
 
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NC_012791  Vapar_1208  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.64 
 
 		 573 aa  566  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_5406  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.26 
 
 		 572 aa  565  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4244  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.91 
 
 		 569 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3702  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.65 
 
 		 571 aa  565  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.713364 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3424  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.77 
 
 		 574 aa  566  1e-160  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4142  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.91 
 
 		 569 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.810057 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1488  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.16 
 
 		 569 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_1298  RecJ exonuclease  55.88 
 
 		 571 aa  557  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.882929  normal  0.617769 
 
 
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NC_009439  Pmen_3376  exonuclease RecJ  55.61 
 
 		 569 aa  552  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.593595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1035  exonuclease RecJ  53.68 
 
 		 569 aa  554  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626016 
 
 
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NC_007908  Rfer_3234  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.08 
 
 		 576 aa  555  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.224513  n/a   
 
 
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NC_008781  Pnap_3258  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.1 
 
 		 580 aa  554  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1395  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.94 
 
 		 571 aa  551  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009901  Spea_0807  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.79 
 
 		 574 aa  551  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_16220  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.09 
 
 		 571 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1470  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.03 
 
 		 586 aa  545  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010531  Pnec_0487  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.43 
 
 		 601 aa  547  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.624528  normal  1 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_3760  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.18 
 
 		 610 aa  540  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.671236 
 
 
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NC_008786  Veis_3183  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.3 
 
 		 576 aa  540  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2400  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.77 
 
 		 579 aa  541  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.927411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0897  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.62 
 
 		 574 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_3329  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.24 
 
 		 574 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1012  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.67 
 
 		 600 aa  535  1e-151  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0694189 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.89 
 
 		 574 aa  535  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3226  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.06 
 
 		 574 aa  535  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0952  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.89 
 
 		 574 aa  535  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011663  Sbal223_3447  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.89 
 
 		 574 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0892  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.99 
 
 		 584 aa  530  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.488933  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3522  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.53 
 
 		 577 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0845  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.71 
 
 		 577 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1213  exonuclease RecJ  51.48 
 
 		 581 aa  530  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3641  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.35 
 
 		 577 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0772  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.35 
 
 		 574 aa  526  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.167693  hitchhiker  0.00446395 
 
 
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NC_012560  Avin_39440  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.7 
 
 		 569 aa  526  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.31407  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2737  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.17 
 
 		 574 aa  523  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3302  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.8 
 
 		 572 aa  520  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0912686  normal  0.117483 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3890  ssDNA exonuclease RecJ  52.06 
 
 		 577 aa  518  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.874306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0895  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.26 
 
 		 574 aa  513  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647081 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1417  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.46 
 
 		 579 aa  509  1e-143  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1993  ssDNA exonuclease RecJ  49.05 
 
 		 584 aa  508  1e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0665  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.27 
 
 		 574 aa  511  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0729862  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1567  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.28 
 
 		 579 aa  508  9.999999999999999e-143  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2272  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.17 
 
 		 577 aa  506  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0749  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.64 
 
 		 574 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0015193  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3849  ssDNA exonuclease RecJ  50.99 
 
 		 577 aa  504  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.333614 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1569  single-stranded-DNA-specific exonuclease  49.91 
 
 		 574 aa  505  1e-141  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.160712  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3198  ssDNA exonuclease RecJ  49.73 
 
 		 577 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.697919  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3276  ssDNA exonuclease RecJ  49.73 
 
 		 577 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0881  ssDNA exonuclease RecJ  50.99 
 
 		 577 aa  504  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.796775  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3210  ssDNA exonuclease RecJ  49.73 
 
 		 577 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.398907 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0618  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.91 
 
 		 574 aa  504  1e-141  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1819  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.89 
 
 		 577 aa  502  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0649366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0922  ssDNA exonuclease RecJ  50.99 
 
 		 577 aa  504  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004439  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.41 
 
 		 579 aa  500  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3424  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.64 
 
 		 576 aa  499  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.297966  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3378  ssDNA exonuclease RecJ  49.73 
 
 		 577 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3051  ssDNA exonuclease RecJ  48.83 
 
 		 577 aa  500  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C3273  ssDNA exonuclease RecJ  49.73 
 
 		 577 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02724  ssDNA exonuclease, 5' -> 3'-specific  48.65 
 
 		 577 aa  495  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0329903  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00958  ssDNA exonuclease RecJ  47.57 
 
 		 579 aa  496  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_4094  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.84 
 
 		 584 aa  497  1e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011312  VSAL_I0564  ssDNA exonuclease RecJ  48.92 
 
 		 579 aa  497  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.755584  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_3218  ssDNA exonuclease RecJ  48.65 
 
 		 577 aa  495  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4183  ssDNA exonuclease RecJ  48.65 
 
 		 577 aa  495  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008825  Mpe_A2751  exonuclease RecJ  52.86 
 
 		 581 aa  496  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012892  B21_02687  hypothetical protein  48.65 
 
 		 577 aa  495  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0479122  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_0800  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.47 
 
 		 577 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000133644  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_1817  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.72 
 
 		 585 aa  494  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.123849  normal  0.0771206 
 
 
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NC_010498  EcSMS35_3025  ssDNA exonuclease RecJ  48.65 
 
 		 577 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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