More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2166 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



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E-value
Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2275  single-stranded-DNA-specific exonuclease  70.29 
 
 		 585 aa  784    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_0405  single-stranded DNA-specific exonuclease  71.38 
 
 		 583 aa  777    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1877  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.79 
 
 		 580 aa  642    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0832  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  70.86 
 
 		 583 aa  768    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792862 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3002  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  68.38 
 
 		 582 aa  775    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.728985  normal  0.47011 
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2059  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  71.21 
 
 		 583 aa  776    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008044  TM1040_2166  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  100 
 
 		 603 aa  1193    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.145891 
 
 
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NC_009719  Plav_2948  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.92 
 
 		 603 aa  514  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181074  hitchhiker  0.00226197 
 
 
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NC_007799  ECH_1115  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.74 
 
 		 589 aa  468  9.999999999999999e-131  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011666  Msil_3073  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.9 
 
 		 603 aa  464  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_007643  Rru_A2408  RecJ exonuclease  47.87 
 
 		 606 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008254  Meso_0990  exonuclease RecJ  47.17 
 
 		 594 aa  459  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1506  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.84 
 
 		 603 aa  460  9.999999999999999e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_4751  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.43 
 
 		 626 aa  459  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007354  Ecaj_0891  RecJ exonuclease  41.39 
 
 		 584 aa  455  1e-127  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_1547  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.96 
 
 		 600 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009484  Acry_1296  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.61 
 
 		 594 aa  458  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_004310  BR1270  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.13 
 
 		 594 aa  455  1.0000000000000001e-126  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011989  Avi_2280  single-stranded-DNA-specific exonuclease  46.88 
 
 		 600 aa  454  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340529  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_1741  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.7 
 
 		 600 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
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NC_011004  Rpal_2787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.53 
 
 		 613 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008783  BARBAKC583_0900  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.33 
 
 		 594 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.209081  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_1920  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.28 
 
 		 594 aa  450  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007794  Saro_2274  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.29 
 
 		 573 aa  448  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349175  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_4000  exonuclease RecJ  46.44 
 
 		 613 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007406  Nwi_1645  RecJ exonuclease  46.11 
 
 		 613 aa  442  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.79109 
 
 
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NC_007925  RPC_2813  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.45 
 
 		 613 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0113123  normal  1 
 
 
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NC_007958  RPD_2499  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.1 
 
 		 633 aa  445  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.408241  normal  0.222109 
 
 
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NC_007778  RPB_2962  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.76 
 
 		 613 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.972235 
 
 
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NC_009505  BOV_1231  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.03 
 
 		 575 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.337799  n/a   
 
 
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NC_007964  Nham_2307  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.95 
 
 		 613 aa  436  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_1563  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.39 
 
 		 610 aa  434  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.553946 
 
 
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NC_010725  Mpop_2885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.14 
 
 		 611 aa  434  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011894  Mnod_0206  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.9 
 
 		 597 aa  432  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_2797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.21 
 
 		 605 aa  428  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532995  normal  0.915588 
 
 
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NC_002978  WD0312  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  41.32 
 
 		 579 aa  427  1e-118  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010172  Mext_2762  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.88 
 
 		 611 aa  425  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_3141  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.56 
 
 		 597 aa  422  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
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NC_011757  Mchl_2989  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.64 
 
 		 611 aa  420  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.907848 
 
 
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NC_009636  Smed_1452  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.7 
 
 		 600 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00256801  hitchhiker  0.00132955 
 
 
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NC_010338  Caul_3011  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.19 
 
 		 605 aa  405  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245556  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_3014  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.28 
 
 		 588 aa  399  9.999999999999999e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.858016 
 
 
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NC_009511  Swit_4733  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.76 
 
 		 588 aa  396  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_2502  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  43.46 
 
 		 619 aa  374  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.386511  normal  0.196855 
 
 
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NC_007798  NSE_0712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.83 
 
 		 577 aa  363  6e-99  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008576  Mmc1_1758  exonuclease RecJ  39.76 
 
 		 592 aa  357  1.9999999999999998e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.150743  normal  0.165864 
 
 
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NC_010814  Glov_2006  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.92 
 
 		 586 aa  311  2e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008609  Ppro_1795  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.57 
 
 		 568 aa  311  2e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011899  Hore_12210  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.51 
 
 		 814 aa  308  2.0000000000000002e-82  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000495428  n/a   
 
 
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NC_007498  Pcar_1890  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.78 
 
 		 574 aa  306  9.000000000000001e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000386066  n/a   
 
 
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NC_010320  Teth514_1465  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.17 
 
 		 811 aa  306  1.0000000000000001e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0172153  n/a   
 
 
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NC_009483  Gura_1721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.99 
 
 		 573 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_1327  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.93 
 
 		 599 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
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NC_013411  GYMC61_0937  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.61 
 
 		 788 aa  297  5e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008346  Swol_0805  single-stranded DNA-specific exonuclease-like protein  34.67 
 
 		 932 aa  296  7e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00139649  n/a   
 
 
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NC_013216  Dtox_2289  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.69 
 
 		 907 aa  295  1e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.322971  hitchhiker  0.00000129081 
 
 
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NC_009012  Cthe_1346  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.51 
 
 		 827 aa  291  3e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000597878  n/a   
 
 
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NC_009441  Fjoh_0590  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.79 
 
 		 568 aa  289  1e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.50334  n/a   
 
 
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NC_012793  GWCH70_2512  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.04 
 
 		 785 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000579618  n/a   
 
 
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NC_014230  CA2559_02825  single-stranded-DNA-specific exonuclease recJ  31.88 
 
 		 568 aa  280  7e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.274504  n/a   
 
 
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NC_010571  Oter_3463  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.6 
 
 		 573 aa  278  3e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0980529  normal  0.938738 
 
 
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NC_007517  Gmet_0857  RecJ exonuclease  35.58 
 
 		 578 aa  277  5e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003909  BCE_4493  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.45 
 
 		 779 aa  276  6e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU2614  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.88 
 
 		 578 aa  276  9e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010718  Nther_1287  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.21 
 
 		 831 aa  275  1.0000000000000001e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_4256  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.99 
 
 		 773 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013165  Shel_21910  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.49 
 
 		 1102 aa  275  2.0000000000000002e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0138959 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4543  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.45 
 
 		 779 aa  274  3e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B0707  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.45 
 
 		 779 aa  274  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_005945  BAS4304  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.1 
 
 		 779 aa  273  6e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012918  GM21_1787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.85 
 
 		 569 aa  273  6e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0490686 
 
 
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NC_007530  GBAA_4639  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.1 
 
 		 779 aa  273  6e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1681  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.83 
 
 		 911 aa  273  7e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.674318  normal  0.0670138 
 
 
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NC_011725  BCB4264_A4528  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.28 
 
 		 779 aa  272  1e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0731  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.74 
 
 		 885 aa  272  1e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000934537  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3125  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.36 
 
 		 779 aa  272  1e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.388004  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4142  single-stranded-DNA-specific exonuclease  33.1 
 
 		 779 aa  271  2e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4153  single-stranded-DNA-specific exonuclease  33.1 
 
 		 779 aa  271  2e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1415  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.07 
 
 		 573 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4489  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.1 
 
 		 779 aa  271  2e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000134083 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2536  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.61 
 
 		 564 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.962109  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1208  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.14 
 
 		 732 aa  270  5e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3424  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.88 
 
 		 576 aa  270  5e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.297966  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0922  ssDNA exonuclease RecJ  36.83 
 
 		 577 aa  270  5.9999999999999995e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3025  ssDNA exonuclease RecJ  36.11 
 
 		 577 aa  270  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0881  ssDNA exonuclease RecJ  36.83 
 
 		 577 aa  270  7e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.796775  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3849  ssDNA exonuclease RecJ  36.83 
 
 		 577 aa  270  7e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.333614 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4050  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.31 
 
 		 570 aa  270  8e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000178442 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1199  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.03 
 
 		 757 aa  269  1e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3890  ssDNA exonuclease RecJ  36.68 
 
 		 577 aa  269  1e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.874306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1313  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.62 
 
 		 573 aa  269  1e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3218  ssDNA exonuclease RecJ  35.64 
 
 		 577 aa  268  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3198  ssDNA exonuclease RecJ  35.99 
 
 		 577 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.697919  n/a   
 
 
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NC_012880  Dd703_3298  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.15 
 
 		 580 aa  268  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.746333  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A3210  ssDNA exonuclease RecJ  35.99 
 
 		 577 aa  268  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.398907 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A3276  ssDNA exonuclease RecJ  35.99 
 
 		 577 aa  268  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002950  PG0054  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.39 
 
 		 584 aa  267  4e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_012892  B21_02687  hypothetical protein  35.64 
 
 		 577 aa  267  4e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0479122  n/a   
 
 
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NC_009632  SaurJH1_1726  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.51 
 
 		 757 aa  267  4e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.364642  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C3273  ssDNA exonuclease RecJ  35.99 
 
 		 577 aa  267  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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