More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2499 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  89.72 
 
 		 613 aa  1081    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_1563  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.26 
 
 		 610 aa  636    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.553946 
 
 
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NC_007406  Nwi_1645  RecJ exonuclease  85.32 
 
 		 613 aa  1029    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.79109 
 
 
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NC_009485  BBta_4000  exonuclease RecJ  83.85 
 
 		 613 aa  991    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_2962  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  94.29 
 
 		 613 aa  1126    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.972235 
 
 
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NC_007925  RPC_2813  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  85.32 
 
 		 613 aa  1030    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0113123  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_4751  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  60.44 
 
 		 626 aa  677    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007958  RPD_2499  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  100 
 
 		 633 aa  1261    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.408241  normal  0.222109 
 
 
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NC_007964  Nham_2307  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  84.99 
 
 		 613 aa  1009    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011666  Msil_3073  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57 
 
 		 603 aa  624  1e-177  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_009667  Oant_1920  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.64 
 
 		 594 aa  595  1e-169  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_2797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.93 
 
 		 605 aa  593  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532995  normal  0.915588 
 
 
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NC_008254  Meso_0990  exonuclease RecJ  54.42 
 
 		 594 aa  578  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_004310  BR1270  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.3 
 
 		 594 aa  575  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010172  Mext_2762  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.99 
 
 		 611 aa  567  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_1741  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.37 
 
 		 600 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
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NC_010725  Mpop_2885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.5 
 
 		 611 aa  561  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008783  BARBAKC583_0900  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.17 
 
 		 594 aa  559  1e-158  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.209081  n/a   
 
 
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NC_011757  Mchl_2989  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.83 
 
 		 611 aa  555  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.907848 
 
 
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NC_009505  BOV_1231  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.03 
 
 		 575 aa  556  1e-157  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.337799  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_1547  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.69 
 
 		 600 aa  555  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011989  Avi_2280  single-stranded-DNA-specific exonuclease  52.52 
 
 		 600 aa  555  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340529  n/a   
 
 
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NC_009719  Plav_2948  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.5 
 
 		 603 aa  553  1e-156  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181074  hitchhiker  0.00226197 
 
 
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NC_010511  M446_3141  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.88 
 
 		 597 aa  545  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
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NC_011894  Mnod_0206  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.22 
 
 		 597 aa  538  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009636  Smed_1452  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.52 
 
 		 600 aa  530  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00256801  hitchhiker  0.00132955 
 
 
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NC_008686  Pden_1877  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.08 
 
 		 580 aa  490  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007643  Rru_A2408  RecJ exonuclease  45.96 
 
 		 606 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008347  Mmar10_1506  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.82 
 
 		 603 aa  466  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_3002  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.3 
 
 		 582 aa  465  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.728985  normal  0.47011 
 
 
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NC_009952  Dshi_2275  single-stranded-DNA-specific exonuclease  47.37 
 
 		 585 aa  461  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009484  Acry_1296  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.85 
 
 		 594 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008044  TM1040_2166  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.44 
 
 		 603 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.145891 
 
 
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NC_009511  Swit_4733  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.06 
 
 		 588 aa  451  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007794  Saro_2274  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.62 
 
 		 573 aa  447  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349175  n/a   
 
 
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NC_002978  WD0312  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.15 
 
 		 579 aa  444  1e-123  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007354  Ecaj_0891  RecJ exonuclease  40.27 
 
 		 584 aa  439  9.999999999999999e-123  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007799  ECH_1115  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.85 
 
 		 589 aa  437  1e-121  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009428  Rsph17025_0832  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.4 
 
 		 583 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792862 
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2059  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.74 
 
 		 583 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_0405  single-stranded DNA-specific exonuclease  46.74 
 
 		 583 aa  432  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_3014  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.72 
 
 		 588 aa  421  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.858016 
 
 
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NC_010338  Caul_3011  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  43.65 
 
 		 605 aa  419  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245556  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_2502  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.69 
 
 		 619 aa  389  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.386511  normal  0.196855 
 
 
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NC_008576  Mmc1_1758  exonuclease RecJ  39.33 
 
 		 592 aa  366  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.150743  normal  0.165864 
 
 
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NC_007798  NSE_0712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.52 
 
 		 577 aa  348  1e-94  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010814  Glov_2006  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.65 
 
 		 586 aa  332  1e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_1327  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.75 
 
 		 599 aa  328  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
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NC_009483  Gura_1721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.59 
 
 		 573 aa  323  6e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008609  Ppro_1795  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.54 
 
 		 568 aa  319  1e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU2614  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.97 
 
 		 578 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_1415  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  41.51 
 
 		 573 aa  306  5.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009012  Cthe_1346  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.57 
 
 		 827 aa  306  9.000000000000001e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000597878  n/a   
 
 
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NC_007760  Adeh_2536  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.7 
 
 		 564 aa  306  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.962109  n/a   
 
 
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NC_011145  AnaeK_1313  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  41.51 
 
 		 573 aa  304  3.0000000000000004e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007498  Pcar_1890  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.27 
 
 		 574 aa  303  9e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000386066  n/a   
 
 
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NC_010320  Teth514_1465  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.97 
 
 		 811 aa  302  1e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0172153  n/a   
 
 
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NC_013411  GYMC61_0937  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.52 
 
 		 788 aa  302  2e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011899  Hore_12210  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.68 
 
 		 814 aa  297  3e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000495428  n/a   
 
 
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NC_007517  Gmet_0857  RecJ exonuclease  37.16 
 
 		 578 aa  295  1e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010718  Nther_1287  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.78 
 
 		 831 aa  292  1e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013173  Dbac_2743  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.54 
 
 		 574 aa  288  1e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00277097  n/a   
 
 
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NC_009253  Dred_0731  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.87 
 
 		 885 aa  289  1e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000934537  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2289  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.36 
 
 		 907 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.322971  hitchhiker  0.00000129081 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2838  RecJ exonuclease  37.3 
 
 		 566 aa  284  4.0000000000000003e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.934115  normal  1 
 
 
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NC_011883  Ddes_1409  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.9 
 
 		 578 aa  281  3e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0667264  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_3329  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.19 
 
 		 574 aa  280  5e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004347  SO_0952  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.19 
 
 		 574 aa  279  1e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_012793  GWCH70_2512  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.09 
 
 		 785 aa  279  1e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000579618  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1035  exonuclease RecJ  35 
 
 		 569 aa  278  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.19 
 
 		 574 aa  278  2e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3226  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.19 
 
 		 574 aa  278  2e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3611  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.11 
 
 		 801 aa  276  8e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000975309  n/a   
 
 
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NC_012918  GM21_1787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.33 
 
 		 569 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0490686 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0772  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.72 
 
 		 574 aa  274  3e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.167693  hitchhiker  0.00446395 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1395  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.82 
 
 		 571 aa  275  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0749  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.83 
 
 		 574 aa  274  4.0000000000000004e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0015193  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16220  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.98 
 
 		 571 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03407  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.63 
 
 		 573 aa  273  7e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0807  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.77 
 
 		 574 aa  273  7e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4493  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.76 
 
 		 779 aa  273  8.000000000000001e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3125  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.76 
 
 		 779 aa  272  1e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.388004  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0897  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.33 
 
 		 574 aa  272  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0665  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.54 
 
 		 574 aa  272  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0729862  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2737  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.46 
 
 		 574 aa  271  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4304  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.93 
 
 		 779 aa  271  2e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4639  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.93 
 
 		 779 aa  271  2e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1470  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.93 
 
 		 586 aa  271  2e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2272  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.38 
 
 		 577 aa  272  2e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0805  single-stranded DNA-specific exonuclease-like protein  34.2 
 
 		 932 aa  272  2e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00139649  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_4489  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.93 
 
 		 779 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000134083 
 
 
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NC_002947  PP_1477  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.41 
 
 		 569 aa  271  4e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.221142  normal  0.152861 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A4543  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.76 
 
 		 779 aa  271  4e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK4153  single-stranded-DNA-specific exonuclease  32.76 
 
 		 779 aa  271  4e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009767  Rcas_3931  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.01 
 
 		 572 aa  270  4e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420242  normal  0.0571898 
 
 
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NC_004578  PSPTO_1488  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.5 
 
 		 569 aa  270  5e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_1298  RecJ exonuclease  34.98 
 
 		 571 aa  270  5e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.882929  normal  0.617769 
 
 
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NC_009512  Pput_4244  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.59 
 
 		 569 aa  270  5e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_005957  BT9727_4142  single-stranded-DNA-specific exonuclease  32.93 
 
 		 779 aa  270  8e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009523  RoseRS_2008  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.43 
 
 		 572 aa  270  8e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00291083  decreased coverage  0.00122076 
 
 
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