More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1808 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_3016  hypothetical protein  77.24 
 
 		 514 aa  780    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6653  hypothetical protein  80 
 
 		 516 aa  804    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.895478  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1808  hypothetical protein  100 
 
 		 514 aa  1043    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.62822  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3930  hypothetical protein  87.94 
 
 		 514 aa  855    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12121  normal  0.390263 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4260  hypothetical protein  79.18 
 
 		 512 aa  785    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.44702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3688  hypothetical protein  88.52 
 
 		 515 aa  859    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3384  hypothetical protein  79.42 
 
 		 515 aa  806    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.549431  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0899  hypothetical protein  59.34 
 
 		 537 aa  561  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.146101 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2852  hypothetical protein  58.17 
 
 		 515 aa  525  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2713  hypothetical protein  57.98 
 
 		 515 aa  518  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0755  hypothetical protein  54.47 
 
 		 514 aa  510  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.921366 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1895  hypothetical protein  53.52 
 
 		 514 aa  510  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4594  hypothetical protein  54.09 
 
 		 514 aa  482  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.456101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2090  hypothetical protein  52.35 
 
 		 518 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.647831 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3896  hypothetical protein  52.16 
 
 		 513 aa  480  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.263214 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3510  hypothetical protein  52.13 
 
 		 531 aa  474  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2212  hypothetical protein  51.37 
 
 		 518 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.976757  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2345  hypothetical protein  48.82 
 
 		 552 aa  470  1.0000000000000001e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0107  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  51.94 
 
 		 519 aa  462  1e-129  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1933  hypothetical protein  52.32 
 
 		 513 aa  463  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2860  hypothetical protein  54.79 
 
 		 508 aa  457  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1143  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  50.58 
 
 		 516 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2811  hypothetical protein  49.71 
 
 		 551 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.193818  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3491  hypothetical protein  49.32 
 
 		 529 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.704588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3488  hypothetical protein  49.32 
 
 		 555 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.104539  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1554  hypothetical protein  49.52 
 
 		 513 aa  447  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.270354  normal  0.872181 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3134  hypothetical protein  49.22 
 
 		 527 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.673748  normal  0.335659 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2070  hypothetical protein  50.78 
 
 		 518 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30230  hypothetical protein  50.49 
 
 		 519 aa  439  9.999999999999999e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4676  hypothetical protein  47.16 
 
 		 553 aa  436  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.432093  normal  0.637803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2570  hypothetical protein  48.47 
 
 		 529 aa  435  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13543  hypothetical protein  50.87 
 
 		 515 aa  432  1e-120  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  5.26797e-96  hitchhiker  0.000000374579 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1545  hypothetical protein  50 
 
 		 531 aa  430  1e-119  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3003  hypothetical protein  48.24 
 
 		 512 aa  427  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4353  hypothetical protein  49.02 
 
 		 513 aa  421  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5213  hypothetical protein  51.85 
 
 		 519 aa  420  1e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.72595  normal  0.171828 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2118  hypothetical protein  48.37 
 
 		 517 aa  416  9.999999999999999e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6728  hypothetical protein  44.4 
 
 		 526 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1601  hypothetical protein  34.96 
 
 		 506 aa  207  4e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2867  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.72 
 
 		 542 aa  163  8.000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4704  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.96 
 
 		 568 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_89681  predicted protein  36.91 
 
 		 652 aa  157  6e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.574847 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0944  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding protein  28.52 
 
 		 527 aa  152  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1644  putative thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  26.06 
 
 		 554 aa  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64770  benzoylformate decarboxylase  29.73 
 
 		 528 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.819611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5624  benzoylformate decarboxylase  28.98 
 
 		 549 aa  141  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.335952  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1896  benzoylformate decarboxylase  27.55 
 
 		 529 aa  134  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0968821  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1191  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  27.26 
 
 		 545 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0308  benzoylformate decarboxylase  28.68 
 
 		 528 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0935953  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0137  benzoylformate decarboxylase  27.67 
 
 		 525 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1542  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  27.82 
 
 		 542 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1023  benzoylformate decarboxylase  28.37 
 
 		 529 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2758  thiamine pyrophosphate protein central region  27.27 
 
 		 540 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0743  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  23.15 
 
 		 551 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341364 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6157  benzoylformate decarboxylase  26.13 
 
 		 537 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3699  benzoylformate decarboxylase  27.6 
 
 		 540 aa  117  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0534  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  25.84 
 
 		 565 aa  115  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1424  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  27.03 
 
 		 536 aa  113  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1999  benzoylformate decarboxylase  25.96 
 
 		 529 aa  114  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0714  benzoylformate decarboxylase  25.93 
 
 		 536 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.331157 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1973  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  26.86 
 
 		 572 aa  112  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6666  benzoylformate decarboxylase  37.37 
 
 		 540 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1705  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  25.74 
 
 		 540 aa  107  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1799  benzoylformate decarboxylase  24.8 
 
 		 542 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0748  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  24.68 
 
 		 572 aa  106  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.651563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1594  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  25.92 
 
 		 499 aa  105  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232472 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1679  benzoylformate decarboxylase  26.01 
 
 		 518 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2501  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  25.23 
 
 		 658 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.79319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2941  benzoylformate decarboxylase  32.08 
 
 		 528 aa  104  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1617  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  38.86 
 
 		 562 aa  103  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020174 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1088  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26.25 
 
 		 533 aa  102  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.703546  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1242  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.24 
 
 		 563 aa  100  5e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3076  acetolactate synthase catalytic subunit  26.3 
 
 		 555 aa  99.8  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.932178  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2750  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  41.98 
 
 		 562 aa  98.2  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2527  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  41.98 
 
 		 562 aa  98.2  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3397  acetolactate synthase  24.04 
 
 		 556 aa  98.2  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2455  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  36.31 
 
 		 562 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.521664  normal  0.561041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3594  hypothetical protein  23.77 
 
 		 541 aa  96.7  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.234761  normal  0.928094 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1203  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.76 
 
 		 584 aa  95.5  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1228  thiamine pyrophosphate protein  24.36 
 
 		 575 aa  95.5  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299499  normal  0.940009 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4942  thiamine pyrophosphate protein  23.93 
 
 		 567 aa  95.1  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0398  acetolactate synthase catalytic subunit  25.31 
 
 		 605 aa  94  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2631  benzoylformate decarboxylase  40 
 
 		 535 aa  94  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5104  acetolactate synthase catalytic subunit  24.82 
 
 		 562 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.127246 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0605  acetolactate synthase, large subunit  24.1 
 
 		 567 aa  93.2  1e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2583  benzoylformate decarboxylase  39.39 
 
 		 535 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.380504  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2607  benzoylformate decarboxylase  39.39 
 
 		 535 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.955084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1545  benzoylformate decarboxylase  39.23 
 
 		 548 aa  91.7  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.936505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1291  thiamine pyrophosphate protein  24.81 
 
 		 575 aa  91.3  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0542091  normal  0.167198 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3938  benzoylformate decarboxylase  41.8 
 
 		 540 aa  91.3  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1470  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.6 
 
 		 581 aa  91.3  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.560122 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2607  thiamine pyrophosphate protein domain-containing protein  26.39 
 
 		 558 aa  90.9  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.614627 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1628  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  22.94 
 
 		 572 aa  90.9  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4284  hypothetical protein  35.29 
 
 		 541 aa  90.5  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.95304  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0639  acetolactate synthase  24.03 
 
 		 548 aa  90.9  6e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.237163  normal  0.183738 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1443  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  23.3 
 
 		 559 aa  90.5  7e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0306105  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0820  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  31.36 
 
 		 589 aa  90.5  7e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.155153  unclonable  0.0000131955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1703  hypothetical protein  31.53 
 
 		 558 aa  90.1  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.603628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1763  acetolactate synthase, large subunit  21.81 
 
 		 547 aa  90.1  8e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2502  benzoylformate decarboxylase  38.64 
 
 		 535 aa  90.1  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.745207 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>