More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2501 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2501  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  100 
 
 
658 aa  1358    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.79319  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2750  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  31.09 
 
 
562 aa  240  5e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2527  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.09 
 
 
562 aa  240  5.999999999999999e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2455  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  31 
 
 
562 aa  239  1e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.521664  normal  0.561041 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6157  benzoylformate decarboxylase  31.05 
 
 
537 aa  231  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830904  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2583  benzoylformate decarboxylase  30.58 
 
 
535 aa  226  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.380504  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2607  benzoylformate decarboxylase  30.58 
 
 
535 aa  226  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.955084  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0714  benzoylformate decarboxylase  30.52 
 
 
536 aa  224  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.331157 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1617  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.06 
 
 
562 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0020174 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5914  benzoylformate decarboxylase  30.53 
 
 
535 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2631  benzoylformate decarboxylase  30.76 
 
 
535 aa  221  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0534  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.89 
 
 
565 aa  218  2e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0092  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  27.88 
 
 
561 aa  218  2.9999999999999998e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.554485  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1644  putative thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  29.14 
 
 
554 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2502  benzoylformate decarboxylase  30.7 
 
 
535 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.745207 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1999  benzoylformate decarboxylase  29.38 
 
 
529 aa  211  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0705  benzoylformate decarboxylase  30.95 
 
 
539 aa  209  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214381  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1705  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.43 
 
 
540 aa  209  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1761  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.26 
 
 
559 aa  208  2e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.15439  hitchhiker  0.00802646 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1424  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.37 
 
 
536 aa  207  6e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4704  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.73 
 
 
568 aa  205  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1973  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  29.25 
 
 
572 aa  204  4e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1115  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.6 
 
 
566 aa  204  4e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1023  benzoylformate decarboxylase  29.75 
 
 
529 aa  204  5e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0308  benzoylformate decarboxylase  29.93 
 
 
528 aa  202  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0935953  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0887  benzoylformate decarboxylase  31.16 
 
 
539 aa  201  3e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.152058  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0890  benzoylformate decarboxylase  31.29 
 
 
539 aa  199  9e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1048  benzoylformate decarboxylase  31.29 
 
 
539 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0346  benzoylformate decarboxylase  31.12 
 
 
539 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0093  benzoylformate decarboxylase  31.12 
 
 
539 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152709  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0645  benzoylformate decarboxylase  31.12 
 
 
539 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0521172  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2480  benzoylformate decarboxylase  31.12 
 
 
539 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.20481  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5047  benzoylformate decarboxylase  28.42 
 
 
533 aa  197  6e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.133347  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1679  benzoylformate decarboxylase  27.85 
 
 
518 aa  194  6e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1545  benzoylformate decarboxylase  29.32 
 
 
548 aa  194  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.936505  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2941  benzoylformate decarboxylase  29.05 
 
 
528 aa  192  1e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6666  benzoylformate decarboxylase  29.1 
 
 
540 aa  192  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2867  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.02 
 
 
542 aa  192  2e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1896  benzoylformate decarboxylase  27.4 
 
 
529 aa  191  2.9999999999999997e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0968821  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1542  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  27.97 
 
 
542 aa  189  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1191  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  28.08 
 
 
545 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492896  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2758  thiamine pyrophosphate protein central region  27.89 
 
 
540 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0820  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  27.38 
 
 
589 aa  185  3e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.155153  unclonable  0.0000131955 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0137  benzoylformate decarboxylase  30.09 
 
 
525 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64770  benzoylformate decarboxylase  27.99 
 
 
528 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.819611  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5624  benzoylformate decarboxylase  26.97 
 
 
549 aa  182  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.335952  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0743  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26.9 
 
 
551 aa  179  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.341364 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1594  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  27.34 
 
 
499 aa  179  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232472 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1088  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  25.93 
 
 
533 aa  178  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.703546  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2776  benzoylformate decarboxylase  27.88 
 
 
535 aa  177  4e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3699  benzoylformate decarboxylase  28.21 
 
 
540 aa  177  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637419  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0944  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding protein  33.95 
 
 
527 aa  169  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0882  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.23 
 
 
572 aa  154  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240618  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2464  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.19 
 
 
585 aa  152  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0927747  normal  0.484681 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4383  thiamine pyrophosphate protein central region  26.61 
 
 
578 aa  150  8e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  decreased coverage  0.00140196  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1488  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.54 
 
 
600 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181787  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0609  acetolactate synthase, large subunit  26.54 
 
 
584 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0318526  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5410  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.84 
 
 
574 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350466  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2008  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.77 
 
 
592 aa  147  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901977  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0875  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.69 
 
 
583 aa  147  7.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.840064  normal  0.16884 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42520  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.94 
 
 
574 aa  147  8.000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62160  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.84 
 
 
574 aa  147  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.09482 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0981  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.83 
 
 
574 aa  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0382  thiamine pyrophosphate protein  25.7 
 
 
552 aa  145  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3009  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.92 
 
 
585 aa  145  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.161058 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1252  thiamine pyrophosphate protein  26.31 
 
 
551 aa  145  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0846  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.09 
 
 
574 aa  145  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000476393 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5448  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.23 
 
 
592 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404549  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0239  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.61 
 
 
592 aa  145  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2544  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.9 
 
 
588 aa  144  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000348617  hitchhiker  0.0000942961 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4356  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  26.27 
 
 
597 aa  144  5e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0195043  normal  0.165363 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5349  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.06 
 
 
591 aa  144  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2420  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.67 
 
 
586 aa  144  7e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.438184  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3455  glyoxylate carboligase  26.32 
 
 
577 aa  144  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.13774  normal  0.152002 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4864  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.06 
 
 
591 aa  144  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1470  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.35 
 
 
581 aa  143  8e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.560122 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1006  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.99 
 
 
574 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.850126  hitchhiker  0.0000000000038167 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2343  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.56 
 
 
592 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0467  acetolactate synthase, large subunit  25.99 
 
 
586 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0596  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.96 
 
 
573 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.793346  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4788  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.59 
 
 
574 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.092848  hitchhiker  0.00966018 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5404  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.79 
 
 
591 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.589591  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1319  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.83 
 
 
570 aa  140  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0710  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.26 
 
 
563 aa  140  6e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0125  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25 
 
 
584 aa  140  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2169  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.9 
 
 
575 aa  140  7.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.649258  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1165  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.59 
 
 
561 aa  140  7.999999999999999e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0218  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.43 
 
 
588 aa  140  8.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0158938 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2048  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.53 
 
 
596 aa  140  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3351  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.49 
 
 
601 aa  139  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2229  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.41 
 
 
579 aa  139  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0127  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25 
 
 
584 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.53134  hitchhiker  0.000772873 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2242  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.12 
 
 
592 aa  139  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316433  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1141  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.18 
 
 
565 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5323  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.27 
 
 
591 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.196754  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0281  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.73 
 
 
554 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1173  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.93 
 
 
584 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.320111  normal  0.560102 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0813  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.52 
 
 
569 aa  137  8e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0128  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  24.75 
 
 
584 aa  137  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2098  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.16 
 
 
592 aa  137  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477274  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>