More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4260 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1808  hypothetical protein  80.35 
 
 		 514 aa  795    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.62822  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3016  hypothetical protein  75.1 
 
 		 514 aa  746    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6653  hypothetical protein  81.17 
 
 		 516 aa  793    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.895478  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3930  hypothetical protein  83.07 
 
 		 514 aa  793    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12121  normal  0.390263 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4260  hypothetical protein  100 
 
 		 512 aa  1041    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.44702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3688  hypothetical protein  82.68 
 
 		 515 aa  798    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3384  hypothetical protein  80.97 
 
 		 515 aa  812    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.549431  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0899  hypothetical protein  57.64 
 
 		 537 aa  548  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.146101 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2852  hypothetical protein  57 
 
 		 515 aa  529  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0755  hypothetical protein  55.06 
 
 		 514 aa  519  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.921366 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2713  hypothetical protein  57.2 
 
 		 515 aa  514  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1895  hypothetical protein  52.62 
 
 		 514 aa  508  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4594  hypothetical protein  55.81 
 
 		 514 aa  491  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.456101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2090  hypothetical protein  51.75 
 
 		 518 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.647831 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2212  hypothetical protein  51.95 
 
 		 518 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.976757  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3896  hypothetical protein  51.36 
 
 		 513 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.263214 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3510  hypothetical protein  51.93 
 
 		 531 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2345  hypothetical protein  49.03 
 
 		 552 aa  466  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0107  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  51.82 
 
 		 519 aa  464  1e-129  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3491  hypothetical protein  49.22 
 
 		 529 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.704588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2070  hypothetical protein  50.29 
 
 		 518 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1554  hypothetical protein  49.52 
 
 		 513 aa  452  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.270354  normal  0.872181 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3134  hypothetical protein  49.52 
 
 		 527 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.673748  normal  0.335659 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1933  hypothetical protein  49.81 
 
 		 513 aa  451  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1143  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  49.03 
 
 		 516 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2811  hypothetical protein  48.55 
 
 		 551 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.193818  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3488  hypothetical protein  48.55 
 
 		 555 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.104539  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13543  hypothetical protein  50.29 
 
 		 515 aa  434  1e-120  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  5.26797e-96  hitchhiker  0.000000374579 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2570  hypothetical protein  48.75 
 
 		 529 aa  435  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30230  hypothetical protein  50.19 
 
 		 519 aa  431  1e-119  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2860  hypothetical protein  50.58 
 
 		 508 aa  431  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3003  hypothetical protein  48.05 
 
 		 512 aa  420  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1545  hypothetical protein  48.69 
 
 		 531 aa  421  1e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4676  hypothetical protein  46.41 
 
 		 553 aa  420  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.432093  normal  0.637803 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4353  hypothetical protein  48.44 
 
 		 513 aa  417  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5213  hypothetical protein  51.06 
 
 		 519 aa  416  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.72595  normal  0.171828 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2118  hypothetical protein  47.86 
 
 		 517 aa  410  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6728  hypothetical protein  46.12 
 
 		 526 aa  348  9e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1601  hypothetical protein  33.26 
 
 		 506 aa  191  2e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_89681  predicted protein  37.8 
 
 		 652 aa  168  2.9999999999999998e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.574847 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4704  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  27.19 
 
 		 568 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2867  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  27.21 
 
 		 542 aa  145  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5624  benzoylformate decarboxylase  29.45 
 
 		 549 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.335952  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64770  benzoylformate decarboxylase  30.55 
 
 		 528 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.819611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0308  benzoylformate decarboxylase  30.83 
 
 		 528 aa  137  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0935953  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2758  thiamine pyrophosphate protein central region  27.85 
 
 		 540 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1191  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  26.84 
 
 		 545 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1896  benzoylformate decarboxylase  27.79 
 
 		 529 aa  126  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0968821  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1023  benzoylformate decarboxylase  27.69 
 
 		 529 aa  125  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0743  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.49 
 
 		 551 aa  114  6e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341364 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1424  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  27.05 
 
 		 536 aa  113  9e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0705  benzoylformate decarboxylase  28.11 
 
 		 539 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214381  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1705  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.14 
 
 		 540 aa  106  8e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1644  putative thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  33.53 
 
 		 554 aa  105  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0944  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding protein  34.32 
 
 		 527 aa  103  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0534  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  25.79 
 
 		 565 aa  103  8e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1999  benzoylformate decarboxylase  26.7 
 
 		 529 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1594  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  25.59 
 
 		 499 aa  102  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232472 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5104  acetolactate synthase catalytic subunit  25.54 
 
 		 562 aa  100  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.127246 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0714  benzoylformate decarboxylase  26.43 
 
 		 536 aa  100  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.331157 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3699  benzoylformate decarboxylase  24.91 
 
 		 540 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2048  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.36 
 
 		 596 aa  99  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4038  acetolactate synthase catalytic subunit  25.72 
 
 		 562 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.725928  normal  0.773319 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1921  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.16 
 
 		 576 aa  97.8  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.299558 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1617  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  37.29 
 
 		 562 aa  96.3  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020174 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4180  acetolactate synthase catalytic subunit  25.36 
 
 		 562 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1242  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.19 
 
 		 563 aa  96.3  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3624  acetolactate synthase catalytic subunit  25.13 
 
 		 554 aa  96.3  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4248  acetolactate synthase catalytic subunit  25.36 
 
 		 562 aa  95.9  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3884  acetolactate synthase catalytic subunit  25.54 
 
 		 562 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0028  acetolactate synthase catalytic subunit  25.54 
 
 		 562 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2941  benzoylformate decarboxylase  31.2 
 
 		 528 aa  94.4  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03555  acetolactate synthase large subunit  25.18 
 
 		 562 aa  93.6  8e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0032  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.18 
 
 		 562 aa  93.6  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03497  hypothetical protein  25.18 
 
 		 562 aa  93.6  8e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0346  benzoylformate decarboxylase  26.3 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0025  acetolactate synthase catalytic subunit  25.67 
 
 		 562 aa  92.8  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3813  acetolactate synthase catalytic subunit  25.54 
 
 		 554 aa  93.2  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1048  benzoylformate decarboxylase  26.3 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0093  benzoylformate decarboxylase  26.3 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152709  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0645  benzoylformate decarboxylase  26.3 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0521172  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0887  benzoylformate decarboxylase  26.3 
 
 		 539 aa  92.8  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.152058  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2480  benzoylformate decarboxylase  26.3 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.20481  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0890  benzoylformate decarboxylase  26.3 
 
 		 539 aa  92.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2527  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  39.1 
 
 		 562 aa  91.3  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2750  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  39.1 
 
 		 562 aa  91.3  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0581  acetolactate synthase catalytic subunit  24.91 
 
 		 554 aa  90.5  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.188542  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6666  benzoylformate decarboxylase  39.23 
 
 		 540 aa  90.5  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3681  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  21.69 
 
 		 586 aa  90.1  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358413  normal  0.114348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2455  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.91 
 
 		 562 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.521664  normal  0.561041 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07681  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  24.42 
 
 		 593 aa  87.4  5e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0331014 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0820  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  30.23 
 
 		 589 aa  86.7  8e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.155153  unclonable  0.0000131955 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0101  acetolactate synthase  24.18 
 
 		 547 aa  86.7  9e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.636834  normal  0.539081 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1088  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  25.09 
 
 		 533 aa  85.5  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.703546  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3938  benzoylformate decarboxylase  36.92 
 
 		 540 aa  85.1  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1545  benzoylformate decarboxylase  33.74 
 
 		 548 aa  85.1  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.936505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1470  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.56 
 
 		 581 aa  84.7  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.560122 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1799  benzoylformate decarboxylase  36.15 
 
 		 542 aa  84.3  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4185  acetolactate synthase catalytic subunit  24.28 
 
 		 562 aa  84  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4006  acetolactate synthase catalytic subunit  24.28 
 
 		 562 aa  84  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.277464  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>