More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3938 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1799  benzoylformate decarboxylase  85.5 
 
 
542 aa  873    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3938  benzoylformate decarboxylase  100 
 
 
540 aa  1084    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23105  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3699  benzoylformate decarboxylase  85.93 
 
 
540 aa  893    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637419  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6666  benzoylformate decarboxylase  75.53 
 
 
540 aa  792    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0743  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  52.3 
 
 
551 aa  541  9.999999999999999e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.341364 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1545  benzoylformate decarboxylase  51.64 
 
 
548 aa  503  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.936505  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5914  benzoylformate decarboxylase  51.89 
 
 
535 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0705  benzoylformate decarboxylase  52.26 
 
 
539 aa  498  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214381  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2607  benzoylformate decarboxylase  51.3 
 
 
535 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.955084  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1999  benzoylformate decarboxylase  50.38 
 
 
529 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0887  benzoylformate decarboxylase  52.22 
 
 
539 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.152058  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2583  benzoylformate decarboxylase  51.11 
 
 
535 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.380504  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0714  benzoylformate decarboxylase  51.62 
 
 
536 aa  488  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.331157 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0346  benzoylformate decarboxylase  52.02 
 
 
539 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1048  benzoylformate decarboxylase  52.22 
 
 
539 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0890  benzoylformate decarboxylase  52.22 
 
 
539 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2480  benzoylformate decarboxylase  52.02 
 
 
539 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.20481  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0093  benzoylformate decarboxylase  52.02 
 
 
539 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152709  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0645  benzoylformate decarboxylase  52.02 
 
 
539 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0521172  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1023  benzoylformate decarboxylase  50.39 
 
 
529 aa  487  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6157  benzoylformate decarboxylase  50.2 
 
 
537 aa  484  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830904  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2631  benzoylformate decarboxylase  50.65 
 
 
535 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2502  benzoylformate decarboxylase  52.02 
 
 
535 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.745207 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1679  benzoylformate decarboxylase  48.55 
 
 
518 aa  475  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5047  benzoylformate decarboxylase  48.94 
 
 
533 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.133347  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1594  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  50.51 
 
 
499 aa  468  9.999999999999999e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232472 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0944  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding protein  46.95 
 
 
527 aa  418  9.999999999999999e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1705  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  43.81 
 
 
540 aa  408  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2941  benzoylformate decarboxylase  43.64 
 
 
528 aa  403  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1896  benzoylformate decarboxylase  40.08 
 
 
529 aa  402  1e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0968821  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1424  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  42.41 
 
 
536 aa  399  9.999999999999999e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1088  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  41.12 
 
 
533 aa  395  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.703546  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5624  benzoylformate decarboxylase  40.34 
 
 
549 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.335952  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64770  benzoylformate decarboxylase  40.19 
 
 
528 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.819611  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0308  benzoylformate decarboxylase  41.9 
 
 
528 aa  379  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0935953  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0137  benzoylformate decarboxylase  41.44 
 
 
525 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1542  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  43.54 
 
 
542 aa  367  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2776  benzoylformate decarboxylase  37.45 
 
 
535 aa  351  2e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2758  thiamine pyrophosphate protein central region  36.84 
 
 
540 aa  284  3.0000000000000004e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1644  putative thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  34.48 
 
 
554 aa  277  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2527  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.67 
 
 
562 aa  258  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2750  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.86 
 
 
562 aa  257  3e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2455  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.67 
 
 
562 aa  254  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.521664  normal  0.561041 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1617  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.98 
 
 
562 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0020174 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1191  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  32.65 
 
 
545 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492896  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4704  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.62 
 
 
568 aa  208  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1761  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.97 
 
 
559 aa  196  1e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.15439  hitchhiker  0.00802646 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0820  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  26.7 
 
 
589 aa  194  2e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.155153  unclonable  0.0000131955 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1108  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.33 
 
 
489 aa  193  7e-48  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0811747  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0092  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.33 
 
 
561 aa  184  4.0000000000000006e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.554485  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2432  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.87 
 
 
503 aa  182  1e-44  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.157396  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2867  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.81 
 
 
542 aa  182  2e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1252  thiamine pyrophosphate protein  27.65 
 
 
551 aa  179  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2501  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.45 
 
 
658 aa  177  6e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.79319  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0382  thiamine pyrophosphate protein  26.03 
 
 
552 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2048  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.7 
 
 
596 aa  174  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0352  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.24 
 
 
556 aa  172  1e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3681  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.14 
 
 
586 aa  172  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358413  normal  0.114348 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0608  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  27.01 
 
 
566 aa  172  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0534  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.06 
 
 
565 aa  171  2e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0741  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.23 
 
 
573 aa  171  4e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1851  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.11 
 
 
566 aa  171  4e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1921  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.87 
 
 
576 aa  170  6e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.299558 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5914  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.86 
 
 
588 aa  169  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0408  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.02 
 
 
562 aa  168  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3605  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.73 
 
 
572 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0743  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.05 
 
 
573 aa  167  4e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.597512 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1973  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  29.41 
 
 
572 aa  167  4e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0853  acetolactate synthase, large subunit  26.4 
 
 
573 aa  167  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.640805  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2168  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.11 
 
 
573 aa  167  5e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1242  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.58 
 
 
563 aa  167  6.9999999999999995e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3793  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.19 
 
 
572 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1905  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  26.12 
 
 
573 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0605  acetolactate synthase, large subunit  25.42 
 
 
567 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3430  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.38 
 
 
574 aa  166  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.646845  normal  0.0217288 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2267  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  27.43 
 
 
549 aa  164  3e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.158148 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1717  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.89 
 
 
566 aa  162  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.589802  normal  0.264845 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2256  acetolactate synthase, large subunit  26.78 
 
 
560 aa  163  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0590  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.99 
 
 
553 aa  162  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000684717  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3401  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.58 
 
 
575 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3531  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.58 
 
 
575 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1851  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  24.67 
 
 
573 aa  162  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.842705  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2932  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.58 
 
 
593 aa  162  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0596  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.68 
 
 
573 aa  161  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.793346  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0748  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.43 
 
 
572 aa  160  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.651563  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0634  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.05 
 
 
573 aa  160  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0951931  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0110  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.53 
 
 
557 aa  160  6e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0132  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.63 
 
 
584 aa  160  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0127  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.63 
 
 
584 aa  160  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.53134  hitchhiker  0.000772873 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1443  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.67 
 
 
559 aa  159  8e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0306105  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0128  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.63 
 
 
584 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0223  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.74 
 
 
552 aa  159  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.387939  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0132  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.63 
 
 
584 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.084297 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0125  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.44 
 
 
584 aa  159  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3491  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  24.49 
 
 
571 aa  157  4e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0624  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.26 
 
 
574 aa  157  5.0000000000000005e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146468 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2168  acetolactate synthase, large subunit  26.86 
 
 
562 aa  157  6e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1691  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  23.87 
 
 
570 aa  156  7e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2037  thiamine pyrophosphate protein  27.51 
 
 
549 aa  156  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4239  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  27.12 
 
 
620 aa  156  8e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.469976  normal  0.302024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>