More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1088 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_2776  benzoylformate decarboxylase  57.44 
 
 
535 aa  645    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1088  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  100 
 
 
533 aa  1087    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.703546  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1705  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  55.2 
 
 
540 aa  608  1e-173  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1424  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  49.9 
 
 
536 aa  539  9.999999999999999e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64770  benzoylformate decarboxylase  40.15 
 
 
528 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.819611  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5624  benzoylformate decarboxylase  39.78 
 
 
549 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.335952  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2941  benzoylformate decarboxylase  41.06 
 
 
528 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6666  benzoylformate decarboxylase  41.37 
 
 
540 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0743  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  41.78 
 
 
551 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.341364 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0705  benzoylformate decarboxylase  41.89 
 
 
539 aa  398  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214381  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3699  benzoylformate decarboxylase  42.18 
 
 
540 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637419  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1896  benzoylformate decarboxylase  38.64 
 
 
529 aa  395  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0968821  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0346  benzoylformate decarboxylase  42.28 
 
 
539 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1048  benzoylformate decarboxylase  42.47 
 
 
539 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0645  benzoylformate decarboxylase  42.28 
 
 
539 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0521172  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0093  benzoylformate decarboxylase  42.28 
 
 
539 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152709  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2480  benzoylformate decarboxylase  42.28 
 
 
539 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.20481  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0308  benzoylformate decarboxylase  39.88 
 
 
528 aa  395  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0935953  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6157  benzoylformate decarboxylase  40.94 
 
 
537 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830904  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0890  benzoylformate decarboxylase  42.47 
 
 
539 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0887  benzoylformate decarboxylase  42.28 
 
 
539 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.152058  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0137  benzoylformate decarboxylase  37.9 
 
 
525 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1799  benzoylformate decarboxylase  41.81 
 
 
542 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1542  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  41.44 
 
 
542 aa  388  1e-106  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2607  benzoylformate decarboxylase  40.49 
 
 
535 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.955084  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2631  benzoylformate decarboxylase  41.05 
 
 
535 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2583  benzoylformate decarboxylase  40.49 
 
 
535 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.380504  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0714  benzoylformate decarboxylase  41.51 
 
 
536 aa  388  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.331157 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5047  benzoylformate decarboxylase  40.23 
 
 
533 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.133347  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1023  benzoylformate decarboxylase  40.69 
 
 
529 aa  383  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2502  benzoylformate decarboxylase  41.37 
 
 
535 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.745207 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0944  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding protein  42.25 
 
 
527 aa  380  1e-104  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5914  benzoylformate decarboxylase  39.81 
 
 
535 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1545  benzoylformate decarboxylase  37.97 
 
 
548 aa  368  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.936505  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1999  benzoylformate decarboxylase  40.37 
 
 
529 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3938  benzoylformate decarboxylase  40.73 
 
 
540 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23105  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1679  benzoylformate decarboxylase  39.13 
 
 
518 aa  367  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1594  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  38.59 
 
 
499 aa  335  7.999999999999999e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232472 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2758  thiamine pyrophosphate protein central region  32.88 
 
 
540 aa  281  2e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1644  putative thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  32.09 
 
 
554 aa  248  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1191  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  31.95 
 
 
545 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492896  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2527  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.87 
 
 
562 aa  223  8e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2455  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.4 
 
 
562 aa  221  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.521664  normal  0.561041 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2750  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.81 
 
 
562 aa  221  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1617  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.43 
 
 
562 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0020174 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2432  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.43 
 
 
503 aa  203  5e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.157396  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1761  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  27.21 
 
 
559 aa  183  8.000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.15439  hitchhiker  0.00802646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2501  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  25.93 
 
 
658 aa  178  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.79319  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4704  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.59 
 
 
568 aa  173  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1108  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.2 
 
 
489 aa  164  4.0000000000000004e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0811747  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0092  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.17 
 
 
561 aa  163  6e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.554485  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0382  thiamine pyrophosphate protein  26.26 
 
 
552 aa  160  7e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1252  thiamine pyrophosphate protein  27.32 
 
 
551 aa  159  9e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0534  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.06 
 
 
565 aa  158  3e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1115  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.35 
 
 
566 aa  157  4e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1072  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  26.53 
 
 
566 aa  152  1e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2867  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  24.95 
 
 
542 aa  151  2e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0820  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  24.96 
 
 
589 aa  150  6e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.155153  unclonable  0.0000131955 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1910  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.92 
 
 
565 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0741  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.41 
 
 
573 aa  148  3e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1851  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.05 
 
 
566 aa  148  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0408  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.86 
 
 
562 aa  147  7.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0608  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  24.5 
 
 
566 aa  146  1e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1905  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  25.45 
 
 
573 aa  146  1e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1973  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  28.5 
 
 
572 aa  145  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2168  acetolactate synthase, large subunit  24.18 
 
 
562 aa  144  6e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1260  acetolactate synthase, large subunit  25.13 
 
 
566 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00775476  hitchhiker  0.00000116322 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1929  acetolactate synthase catalytic subunit  24.78 
 
 
572 aa  141  1.9999999999999998e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0853  acetolactate synthase, large subunit  24.77 
 
 
573 aa  140  4.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.640805  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3720  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.22 
 
 
566 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.104335  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1662  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.36 
 
 
564 aa  140  7e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1443  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.13 
 
 
559 aa  140  7e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0306105  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4046  thiamine pyrophosphate protein central region  27.96 
 
 
587 aa  140  7.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.26689  normal  0.848458 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0218  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.22 
 
 
588 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0158938 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0816  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.93 
 
 
558 aa  139  8.999999999999999e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1643  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25 
 
 
572 aa  139  1e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.169007  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1717  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.26 
 
 
566 aa  138  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.589802  normal  0.264845 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2168  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.68 
 
 
573 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0594  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.06 
 
 
557 aa  137  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000784156  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5548  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  24.69 
 
 
568 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1043  acetolactate synthase  25 
 
 
583 aa  136  9.999999999999999e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1495  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.73 
 
 
566 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.433241 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0110  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.01 
 
 
557 aa  136  9.999999999999999e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2746  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.69 
 
 
566 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5914  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  23.6 
 
 
588 aa  135  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1187  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.91 
 
 
557 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1911  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  23.89 
 
 
566 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.500204  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1228  thiamine pyrophosphate protein  24.64 
 
 
575 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299499  normal  0.940009 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0019  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.13 
 
 
554 aa  135  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2503  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.6 
 
 
566 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000132944  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0153  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.09 
 
 
562 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0209009 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1921  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.93 
 
 
576 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.299558 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1692  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.77 
 
 
563 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08850  acetolactate synthase, large subunit  25.95 
 
 
623 aa  134  5e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.369585  normal  0.232213 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1296  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.41 
 
 
563 aa  134  6e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0748  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.29 
 
 
572 aa  133  9e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.651563  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1242  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.86 
 
 
563 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1851  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.47 
 
 
573 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.842705  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2625  thiamine pyrophosphate protein  25.45 
 
 
555 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1170  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25 
 
 
583 aa  133  1.0000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>