More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0944 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0944  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding protein  100 
 
 
527 aa  1032    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1542  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  55.64 
 
 
542 aa  477  1e-133  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6666  benzoylformate decarboxylase  48.36 
 
 
540 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6157  benzoylformate decarboxylase  49.33 
 
 
537 aa  457  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830904  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1999  benzoylformate decarboxylase  47.68 
 
 
529 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2607  benzoylformate decarboxylase  48.27 
 
 
535 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.955084  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3699  benzoylformate decarboxylase  47.7 
 
 
540 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637419  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2583  benzoylformate decarboxylase  48.08 
 
 
535 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.380504  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0714  benzoylformate decarboxylase  47.98 
 
 
536 aa  434  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.331157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1799  benzoylformate decarboxylase  47.14 
 
 
542 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2631  benzoylformate decarboxylase  46.97 
 
 
535 aa  425  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1023  benzoylformate decarboxylase  46.25 
 
 
529 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2502  benzoylformate decarboxylase  48.08 
 
 
535 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.745207 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0743  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  42.64 
 
 
551 aa  423  1e-117  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.341364 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1545  benzoylformate decarboxylase  46.39 
 
 
548 aa  421  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.936505  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5914  benzoylformate decarboxylase  47.78 
 
 
535 aa  421  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0705  benzoylformate decarboxylase  48.28 
 
 
539 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214381  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3938  benzoylformate decarboxylase  46.95 
 
 
540 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23105  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1424  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  46.73 
 
 
536 aa  417  9.999999999999999e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0346  benzoylformate decarboxylase  48.83 
 
 
539 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1048  benzoylformate decarboxylase  48.83 
 
 
539 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0093  benzoylformate decarboxylase  48.83 
 
 
539 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152709  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0890  benzoylformate decarboxylase  48.83 
 
 
539 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0645  benzoylformate decarboxylase  48.83 
 
 
539 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0521172  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2480  benzoylformate decarboxylase  48.83 
 
 
539 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.20481  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0887  benzoylformate decarboxylase  48.63 
 
 
539 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.152058  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5047  benzoylformate decarboxylase  47.12 
 
 
533 aa  409  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.133347  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2941  benzoylformate decarboxylase  45.56 
 
 
528 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1679  benzoylformate decarboxylase  45.19 
 
 
518 aa  404  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1088  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  42.44 
 
 
533 aa  398  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.703546  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0137  benzoylformate decarboxylase  43.59 
 
 
525 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5624  benzoylformate decarboxylase  42.83 
 
 
549 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.335952  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1705  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  42.24 
 
 
540 aa  389  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64770  benzoylformate decarboxylase  42.45 
 
 
528 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.819611  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1896  benzoylformate decarboxylase  42.83 
 
 
529 aa  384  1e-105  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0968821  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0308  benzoylformate decarboxylase  43.65 
 
 
528 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0935953  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2776  benzoylformate decarboxylase  42.19 
 
 
535 aa  365  2e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1594  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  43.12 
 
 
499 aa  363  4e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232472 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2758  thiamine pyrophosphate protein central region  42.53 
 
 
540 aa  345  8.999999999999999e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1644  putative thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  36.13 
 
 
554 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2750  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  37.52 
 
 
562 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2527  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  37.7 
 
 
562 aa  266  5e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2455  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  37.02 
 
 
562 aa  264  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.521664  normal  0.561041 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1761  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  37.15 
 
 
559 aa  258  1e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.15439  hitchhiker  0.00802646 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1191  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  34.31 
 
 
545 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492896  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4704  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.57 
 
 
568 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2501  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.6 
 
 
658 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.79319  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2867  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.52 
 
 
542 aa  221  3e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0820  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  30.92 
 
 
589 aa  220  5e-56  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.155153  unclonable  0.0000131955 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1851  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.45 
 
 
566 aa  210  6e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2432  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  31.59 
 
 
503 aa  208  2e-52  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.157396  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0092  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  31.4 
 
 
561 aa  206  6e-52  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.554485  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1973  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  33.04 
 
 
572 aa  202  1.9999999999999998e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1617  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  42.22 
 
 
562 aa  192  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0020174 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2168  acetolactate synthase, large subunit  28.36 
 
 
562 aa  189  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0534  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.85 
 
 
565 aa  187  6e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1242  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.09 
 
 
563 aa  182  2e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1108  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  32.05 
 
 
489 aa  179  9e-44  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0811747  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2090  hypothetical protein  29.92 
 
 
518 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.647831 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1662  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.6 
 
 
564 aa  176  7e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1903  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.44 
 
 
563 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0223  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.2 
 
 
552 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.387939  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08850  acetolactate synthase, large subunit  28.23 
 
 
623 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.369585  normal  0.232213 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0634  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.99 
 
 
573 aa  173  7.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0951931  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1877  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.28 
 
 
636 aa  172  1e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000157707 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1115  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  32.38 
 
 
566 aa  172  1e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1252  thiamine pyrophosphate protein  28.71 
 
 
551 aa  172  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0596  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.57 
 
 
573 aa  170  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.793346  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2048  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.15 
 
 
596 aa  170  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3681  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.88 
 
 
586 aa  169  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358413  normal  0.114348 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0382  thiamine pyrophosphate protein  27.27 
 
 
552 aa  169  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01970  acetolactate synthase, large subunit  27.5 
 
 
622 aa  169  1e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00241919  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1628  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.73 
 
 
572 aa  169  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1092  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.55 
 
 
600 aa  169  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0522  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.07 
 
 
570 aa  168  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.96739  normal  0.011615 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0527  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.89 
 
 
608 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0605  acetolactate synthase, large subunit  25.74 
 
 
567 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3793  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.44 
 
 
572 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3605  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.26 
 
 
572 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2477  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  33.39 
 
 
543 aa  167  4e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.374586  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0110  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.9 
 
 
557 aa  167  4e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0590  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.84 
 
 
553 aa  167  5e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000684717  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3430  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.89 
 
 
574 aa  167  5e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.646845  normal  0.0217288 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2843  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.34 
 
 
587 aa  166  6.9999999999999995e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3236  acetolactate synthase III, large subunit, biosynthetic type  26.29 
 
 
575 aa  166  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00702842  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0408  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.35 
 
 
562 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0755  hypothetical protein  28.73 
 
 
514 aa  164  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.921366 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0620  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.39 
 
 
560 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.635865  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0019  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.56 
 
 
554 aa  163  7e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2401  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.68 
 
 
558 aa  163  8.000000000000001e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0748  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.95 
 
 
572 aa  161  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.651563  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0736  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.49 
 
 
597 aa  162  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.591869  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4788  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.56 
 
 
574 aa  162  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.092848  hitchhiker  0.00966018 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0139  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.21 
 
 
612 aa  162  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2516  acetolactate synthase, large subunit  26.19 
 
 
542 aa  161  2e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000744784  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2018  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.39 
 
 
573 aa  161  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.801766  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4676  hypothetical protein  29.43 
 
 
553 aa  161  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.432093  normal  0.637803 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2059  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.86 
 
 
573 aa  161  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0594  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.48 
 
 
557 aa  160  4e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000784156  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1895  hypothetical protein  30.3 
 
 
514 aa  160  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>