More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3896 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3510  hypothetical protein  89.69 
 
 		 531 aa  875    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3896  hypothetical protein  100 
 
 		 513 aa  1024    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.263214 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1933  hypothetical protein  61.32 
 
 		 513 aa  560  1e-158  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2852  hypothetical protein  56.14 
 
 		 515 aa  529  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2860  hypothetical protein  58.22 
 
 		 508 aa  518  1e-146  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2713  hypothetical protein  55.06 
 
 		 515 aa  510  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0755  hypothetical protein  54.28 
 
 		 514 aa  511  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.921366 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0899  hypothetical protein  52.8 
 
 		 537 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.146101 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4594  hypothetical protein  55.34 
 
 		 514 aa  498  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.456101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1895  hypothetical protein  53.01 
 
 		 514 aa  494  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2212  hypothetical protein  51.75 
 
 		 518 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.976757  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2090  hypothetical protein  51.36 
 
 		 518 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.647831 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1808  hypothetical protein  51.86 
 
 		 514 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.62822  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3930  hypothetical protein  52.93 
 
 		 514 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12121  normal  0.390263 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1554  hypothetical protein  51.56 
 
 		 513 aa  462  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.270354  normal  0.872181 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4260  hypothetical protein  51.36 
 
 		 512 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.44702 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1143  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  50.87 
 
 		 516 aa  459  9.999999999999999e-129  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3016  hypothetical protein  52.53 
 
 		 514 aa  460  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3688  hypothetical protein  52.14 
 
 		 515 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0107  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  52.91 
 
 		 519 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3384  hypothetical protein  50.97 
 
 		 515 aa  457  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.549431  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6653  hypothetical protein  50.29 
 
 		 516 aa  455  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.895478  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30230  hypothetical protein  51.95 
 
 		 519 aa  449  1e-125  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2070  hypothetical protein  50.78 
 
 		 518 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2345  hypothetical protein  47.28 
 
 		 552 aa  439  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2570  hypothetical protein  47.69 
 
 		 529 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3491  hypothetical protein  47.71 
 
 		 529 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.704588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2811  hypothetical protein  48.84 
 
 		 551 aa  435  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.193818  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3134  hypothetical protein  46.91 
 
 		 527 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.673748  normal  0.335659 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3488  hypothetical protein  48.08 
 
 		 555 aa  421  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.104539  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4676  hypothetical protein  48.07 
 
 		 553 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.432093  normal  0.637803 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3003  hypothetical protein  47.66 
 
 		 512 aa  413  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1545  hypothetical protein  49.72 
 
 		 531 aa  413  1e-114  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13543  hypothetical protein  48.93 
 
 		 515 aa  410  1e-113  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  5.26797e-96  hitchhiker  0.000000374579 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5213  hypothetical protein  49.52 
 
 		 519 aa  395  1e-109  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.72595  normal  0.171828 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2118  hypothetical protein  46.68 
 
 		 517 aa  385  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4353  hypothetical protein  44.79 
 
 		 513 aa  375  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6728  hypothetical protein  46.08 
 
 		 526 aa  350  5e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1601  hypothetical protein  35.31 
 
 		 506 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4704  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.77 
 
 		 568 aa  187  5e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2867  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.82 
 
 		 542 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0743  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.41 
 
 		 551 aa  167  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341364 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0714  benzoylformate decarboxylase  30.67 
 
 		 536 aa  156  9e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.331157 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2607  benzoylformate decarboxylase  30.32 
 
 		 535 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.955084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2583  benzoylformate decarboxylase  30.22 
 
 		 535 aa  154  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.380504  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1023  benzoylformate decarboxylase  30.11 
 
 		 529 aa  152  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1644  putative thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  25.59 
 
 		 554 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5914  benzoylformate decarboxylase  28.84 
 
 		 535 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2631  benzoylformate decarboxylase  29.14 
 
 		 535 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1896  benzoylformate decarboxylase  28.57 
 
 		 529 aa  146  9e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0968821  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1191  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  28.18 
 
 		 545 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6157  benzoylformate decarboxylase  28.87 
 
 		 537 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2502  benzoylformate decarboxylase  28.36 
 
 		 535 aa  144  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.745207 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0944  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding protein  28.73 
 
 		 527 aa  142  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2941  benzoylformate decarboxylase  30.61 
 
 		 528 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_89681  predicted protein  35.85 
 
 		 652 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.574847 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0705  benzoylformate decarboxylase  29.27 
 
 		 539 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214381  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1705  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.65 
 
 		 540 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64770  benzoylformate decarboxylase  28.65 
 
 		 528 aa  137  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.819611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0890  benzoylformate decarboxylase  28.3 
 
 		 539 aa  137  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5624  benzoylformate decarboxylase  28.71 
 
 		 549 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.335952  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0346  benzoylformate decarboxylase  28.3 
 
 		 539 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1048  benzoylformate decarboxylase  28.3 
 
 		 539 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2480  benzoylformate decarboxylase  28.3 
 
 		 539 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.20481  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0093  benzoylformate decarboxylase  28.3 
 
 		 539 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152709  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0645  benzoylformate decarboxylase  28.3 
 
 		 539 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0521172  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0887  benzoylformate decarboxylase  28.3 
 
 		 539 aa  136  8e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.152058  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0308  benzoylformate decarboxylase  29.18 
 
 		 528 aa  136  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0935953  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1999  benzoylformate decarboxylase  29.08 
 
 		 529 aa  134  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1851  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.42 
 
 		 566 aa  133  6e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1679  benzoylformate decarboxylase  28.22 
 
 		 518 aa  127  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5047  benzoylformate decarboxylase  27.75 
 
 		 533 aa  127  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.133347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3699  benzoylformate decarboxylase  28.22 
 
 		 540 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1594  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26 
 
 		 499 aa  124  3e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232472 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3938  benzoylformate decarboxylase  27.88 
 
 		 540 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1542  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  30.98 
 
 		 542 aa  124  4e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1799  benzoylformate decarboxylase  27.78 
 
 		 542 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0820  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  38.89 
 
 		 589 aa  120  6e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.155153  unclonable  0.0000131955 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1545  benzoylformate decarboxylase  27.69 
 
 		 548 aa  120  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.936505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1424  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.28 
 
 		 536 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2758  thiamine pyrophosphate protein central region  29.73 
 
 		 540 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1761  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  25.66 
 
 		 559 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.15439  hitchhiker  0.00802646 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5039  acetolactate synthase large subunit  26.96 
 
 		 611 aa  113  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.818274  normal  0.707988 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0382  thiamine pyrophosphate protein  24.17 
 
 		 552 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38200  thiamine pyrophosphate protein  25.46 
 
 		 552 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112999 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0372  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.64 
 
 		 581 aa  111  3e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0451  acetolactate synthase, large subunit  25.94 
 
 		 549 aa  108  2e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0389  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.29 
 
 		 581 aa  108  3e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.143896  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3250  thiamine pyrophosphate protein  25.46 
 
 		 552 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0654784  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0092  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  25.49 
 
 		 561 aa  107  4e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.554485  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1088  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.81 
 
 		 533 aa  107  6e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.703546  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5548  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  25.67 
 
 		 568 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0534  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.29 
 
 		 565 aa  104  5e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1973  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  25.82 
 
 		 572 aa  102  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1203  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  22.08 
 
 		 584 aa  101  3e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3594  hypothetical protein  26.48 
 
 		 541 aa  101  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.234761  normal  0.928094 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0345  acetolactate synthase 2 catalytic subunit  27.02 
 
 		 569 aa  100  7e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0918871  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1252  thiamine pyrophosphate protein  24.82 
 
 		 551 aa  100  9e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0101  acetolactate synthase  25 
 
 		 547 aa  99  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.636834  normal  0.539081 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2710  acetolactate synthase  23.77 
 
 		 545 aa  98.2  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.404072  hitchhiker  0.0000000454495 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>