More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4432 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4432  IclR family transcriptional regulator family  100 
 
 		 334 aa  677    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4142  putative IclR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 258 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000218071  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4961  IclR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 248 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.790351  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4012  transcriptional regulator, IclR family  41.11 
 
 		 254 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4039  transcriptional regulator, IclR family  39.83 
 
 		 264 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4151  transcriptional regulator, IclR family  39.83 
 
 		 264 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.697972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2721  IclR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 247 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.276601 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3039  IclR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 249 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1272  IclR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 249 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1950  IclR family transcriptional regulator  40 
 
 		 249 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.400846  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2914  IclR family transcriptional regulator  40 
 
 		 249 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2228  IclR family transcriptional regulator  40 
 
 		 249 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.713006  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4515  IclR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 242 aa  142  9e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.390313  normal  0.426328 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0967  IclR family transcriptional regulator  40 
 
 		 249 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225684  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1253  IclR family transcriptional regulator  40 
 
 		 249 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2234  IclR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 249 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4617  IclR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 242 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7080  Transcriptional regulator  35.24 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4808  IclR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 273 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1720  IclR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 249 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5624  IclR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5349  IclR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 273 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4142  IclR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8325  transcriptional regulator, IclR family  33.19 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4803  IclR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 272 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.898602 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4281  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 266 aa  123  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2968  IclR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 243 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.980752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5395  IclR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 272 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.374154  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5466  IclR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 272 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339776  normal  0.216516 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5463  IclR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4707  IclR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 236 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5399  IclR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 236 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.438865  decreased coverage  0.00269642 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4871  IclR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 236 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.721296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0454  transcriptional regulator, IclR family  36.96 
 
 		 246 aa  116  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6026  IclR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 236 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.221801 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3984  regulatory proteins, IclR  33.99 
 
 		 270 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104797  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6316  IclR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 251 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3982  transcriptional regulator, IclR family  36.12 
 
 		 236 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4095  transcriptional regulator, IclR family  36.12 
 
 		 236 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267726  normal  0.126686 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0276  IclR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 237 aa  100  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08730  transcriptional regulator  32.91 
 
 		 258 aa  90.1  5e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00649547  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2803  IclR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 241 aa  84  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.323912 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0625  regulatory proteins, IclR  30.21 
 
 		 240 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.916177  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4054  transcriptional regulator, IclR family  32.08 
 
 		 233 aa  82.4  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0451  transcriptional regulator, IclR family  29.37 
 
 		 252 aa  81.6  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18570  transcriptional regulator, IclR family  33.96 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.424296  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1830  transcriptional regulator, IclR family  29.44 
 
 		 264 aa  79  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135773  normal  0.345416 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2520  IclR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0160  transcriptional regulator, IclR family  32.24 
 
 		 244 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8050  transcriptional regulator, IclR family  31.65 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.960848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3464  transcriptional regulator, IclR family  30.51 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0108588  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6599  putative transcriptional regulator, IclR family  26.49 
 
 		 273 aa  75.9  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0547312  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1592  IclR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.885509 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2257  transcriptional regulator, IclR family  30.8 
 
 		 239 aa  75.5  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000173115 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 267 aa  75.1  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8019  putative transcriptional regulator, IclR  30.38 
 
 		 238 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1112  IclR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.794209 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1357  Transcriptional regulator IclR  31.92 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.775388 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3299  regulatory proteins, IclR  30.38 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.395884  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2317  transcriptional regulator, IclR family  32.07 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000087789 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1686  transcriptional regulator, IclR family  31.12 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.698509  normal  0.0109367 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4161  IclR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1572  transcriptional regulator, IclR family  30.8 
 
 		 240 aa  71.2  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.358394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3208  IclR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.129719  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11090  transcriptional regulator, IclR family  31.22 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1595  IclR-type transcriptional regulator  28.63 
 
 		 266 aa  70.1  0.00000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0184  transcriptional regulator, IclR family  28.33 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.286529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2358  transcriptional regulator, IclR family  28.81 
 
 		 239 aa  68.9  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1900  regulatory proteins, IclR  29.44 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.417398 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1920  IclR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.245854  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1966  regulatory proteins, IclR  29.44 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1239  IclR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 252 aa  67  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  25.58 
 
 		 276 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 260 aa  67  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1041  IclR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0399426 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2134  regulatory proteins, IclR  28.97 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 261 aa  65.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  24.8 
 
 		 277 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2078  transcriptional regulator, IclR family  29.66 
 
 		 270 aa  64.7  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.341471 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  23.08 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  23.08 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  23.08 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  23.08 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  23.08 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  23.08 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  23.08 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5000  transcriptional regulator, IclR family  28.57 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.272233  normal  0.496178 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  23.08 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  25.1 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  25.1 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  25.1 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2324  regulatory protein IclR  25.61 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000642248  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1595  IclR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0091  transcriptional regulator, IclR family  31.65 
 
 		 266 aa  62.4  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13004  transcriptional regulator  28.17 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0195  transcriptional regulator, IclR family  24.79 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  23.46 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3622  IclR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.464151 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>