More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7080 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7080  Transcriptional regulator  100 
 
 
231 aa  462  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4281  IclR family transcriptional regulator  47.14 
 
 
266 aa  213  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4151  transcriptional regulator, IclR family  46.09 
 
 
264 aa  191  6e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.697972  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4039  transcriptional regulator, IclR family  46.09 
 
 
264 aa  191  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3984  regulatory proteins, IclR  44.86 
 
 
270 aa  189  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104797  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4012  transcriptional regulator, IclR family  44.69 
 
 
254 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1950  IclR family transcriptional regulator  41.7 
 
 
249 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.400846  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2914  IclR family transcriptional regulator  41.7 
 
 
249 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2228  IclR family transcriptional regulator  41.7 
 
 
249 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.713006  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0967  IclR family transcriptional regulator  41.7 
 
 
249 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225684  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1253  IclR family transcriptional regulator  41.7 
 
 
249 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1720  IclR family transcriptional regulator  40.36 
 
 
249 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725475  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4142  putative IclR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
258 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000218071  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1272  IclR family transcriptional regulator  41.7 
 
 
249 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3039  IclR family transcriptional regulator  41.7 
 
 
249 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2234  IclR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
249 aa  169  5e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4961  IclR family transcriptional regulator  43.24 
 
 
248 aa  168  7e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.790351  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4803  IclR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
272 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.898602 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5395  IclR family transcriptional regulator  41.71 
 
 
272 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.374154  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5466  IclR family transcriptional regulator  41.71 
 
 
272 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339776  normal  0.216516 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4808  IclR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
273 aa  156  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688176  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0454  transcriptional regulator, IclR family  38.79 
 
 
246 aa  155  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5349  IclR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
273 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4515  IclR family transcriptional regulator  40.44 
 
 
242 aa  153  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.390313  normal  0.426328 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2968  IclR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
243 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.980752  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8325  transcriptional regulator, IclR family  40.09 
 
 
234 aa  149  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4142  IclR family transcriptional regulator  38.22 
 
 
250 aa  144  9e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2721  IclR family transcriptional regulator  39.64 
 
 
247 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.276601 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5624  IclR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
234 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6316  IclR family transcriptional regulator  40.93 
 
 
251 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3208  IclR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.129719  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4432  IclR family transcriptional regulator family  35.24 
 
 
334 aa  134  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6026  IclR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
236 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.221801 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4617  IclR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
242 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4707  IclR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449178  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5463  IclR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
236 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5399  IclR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.438865  decreased coverage  0.00269642 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4871  IclR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
236 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.721296  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3982  transcriptional regulator, IclR family  34.65 
 
 
236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4095  transcriptional regulator, IclR family  34.65 
 
 
236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267726  normal  0.126686 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1830  transcriptional regulator, IclR family  30.56 
 
 
264 aa  104  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135773  normal  0.345416 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0276  IclR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
237 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0451  transcriptional regulator, IclR family  31.47 
 
 
252 aa  100  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1257  regulatory protein, IclR  29.38 
 
 
228 aa  101  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.411018  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0625  regulatory proteins, IclR  29.06 
 
 
240 aa  100  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.916177  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1148  IclR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
228 aa  100  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.554824  unclonable  0.0000000376636 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2134  regulatory proteins, IclR  30.7 
 
 
233 aa  99  6e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1920  IclR family transcriptional regulator  30.7 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.245854  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3296  IclR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
250 aa  98.2  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1900  regulatory proteins, IclR  30.7 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.417398 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1966  regulatory proteins, IclR  30.7 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4228  regulatory protein, IclR  30.37 
 
 
233 aa  96.7  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.775898 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13004  transcriptional regulator  29.91 
 
 
233 aa  96.3  3e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1239  IclR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
252 aa  95.5  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2803  IclR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
241 aa  95.5  6e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.323912 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5543  regulatory protein, IclR  29.73 
 
 
241 aa  93.6  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.452687  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4054  transcriptional regulator, IclR family  29.44 
 
 
233 aa  93.2  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1112  IclR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
307 aa  91.7  8e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.794209 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5000  transcriptional regulator, IclR family  28.5 
 
 
232 aa  90.9  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.272233  normal  0.496178 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0416  regulatory proteins, IclR  21.72 
 
 
246 aa  89.4  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000505949  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2316  IclR family transcriptional regulator  28.94 
 
 
246 aa  88.6  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.812394  normal  0.959704 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3216  Transcriptional regulator IclR  29.38 
 
 
244 aa  87.8  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.15602  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09050  transcriptional regulator  29.52 
 
 
220 aa  87  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.976325  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8019  putative transcriptional regulator, IclR  29.11 
 
 
238 aa  87  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2520  IclR family transcriptional regulator  28.39 
 
 
239 aa  87  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0127  transcriptional regulator, IclR family  30.63 
 
 
544 aa  85.9  5e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1592  IclR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
238 aa  85.9  5e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.885509 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2257  transcriptional regulator, IclR family  27.97 
 
 
239 aa  85.5  6e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000173115 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2078  transcriptional regulator, IclR family  27.76 
 
 
270 aa  85.5  6e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.341471 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3464  transcriptional regulator, IclR family  27.7 
 
 
239 aa  84.7  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0108588  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0195  transcriptional regulator, IclR family  24.69 
 
 
277 aa  84.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0501  transcriptional regulator, IclR family  30.4 
 
 
254 aa  83.6  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0184  transcriptional regulator, IclR family  27.39 
 
 
244 aa  83.2  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.286529  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3622  IclR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
235 aa  82.4  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.464151 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2335  transcriptional regulator, IclR family  25.32 
 
 
249 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5545  regulatory protein, IclR  27.92 
 
 
251 aa  82  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6599  putative transcriptional regulator, IclR family  29.25 
 
 
273 aa  80.9  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0547312  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8050  transcriptional regulator, IclR family  27.23 
 
 
238 aa  81.3  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.960848  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3689  IclR family transcriptional regulator  27.71 
 
 
278 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.909085 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3299  regulatory proteins, IclR  27.23 
 
 
240 aa  80.5  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.395884  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2849  transcriptional regulator, IclR family  30.95 
 
 
241 aa  80.5  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6007  transcriptional regulator, IclR family  26.64 
 
 
233 aa  78.2  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.325748  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18570  transcriptional regulator, IclR family  28.11 
 
 
244 aa  77.8  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.424296  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
262 aa  77  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1686  transcriptional regulator, IclR family  26.53 
 
 
246 aa  77  0.0000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.698509  normal  0.0109367 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  25.59 
 
 
275 aa  77.4  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3326  transcriptional regulator, IclR family  24.58 
 
 
255 aa  76.6  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.021393  hitchhiker  0.00795692 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1477  transcriptional regulator, IclR family  28.57 
 
 
237 aa  76.6  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.958166  normal  0.570733 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3089  transcriptional regulator, IclR family  21.25 
 
 
250 aa  76.3  0.0000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05447  hypothetical protein  26.03 
 
 
244 aa  75.9  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11090  transcriptional regulator, IclR family  26.98 
 
 
239 aa  75.5  0.0000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1595  IclR-type transcriptional regulator  24.36 
 
 
266 aa  75.1  0.0000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4172  transcriptional regulator, IclR family  30.05 
 
 
249 aa  75.1  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.102148  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  29.67 
 
 
257 aa  74.3  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4164  transcriptional regulator, IclR family  31.42 
 
 
259 aa  73.9  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000832407  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2317  transcriptional regulator, IclR family  27.44 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000087789 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001509  transcriptional regulator  25.62 
 
 
244 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0813  IclR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
255 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1572  transcriptional regulator, IclR family  25.58 
 
 
240 aa  73.6  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.358394  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08730  transcriptional regulator  25.43 
 
 
258 aa  73.2  0.000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00649547  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>