More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2721 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2721  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 247 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.276601 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4142  IclR family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 250 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5624  IclR family transcriptional regulator  53.88 
 
 		 234 aa  249  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8325  transcriptional regulator, IclR family  55.46 
 
 		 234 aa  249  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2228  IclR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 249 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.713006  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1950  IclR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 249 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.400846  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2914  IclR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 249 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1253  IclR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 249 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0967  IclR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 249 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225684  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3039  IclR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 249 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1272  IclR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 249 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2234  IclR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 249 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4012  transcriptional regulator, IclR family  41.7 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4151  transcriptional regulator, IclR family  41.59 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.697972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5463  IclR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4039  transcriptional regulator, IclR family  41.59 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4871  IclR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.721296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5399  IclR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 236 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.438865  decreased coverage  0.00269642 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4617  IclR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 242 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4707  IclR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 236 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6026  IclR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 236 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.221801 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1720  IclR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 249 aa  151  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4142  putative IclR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 258 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000218071  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3982  transcriptional regulator, IclR family  46.23 
 
 		 236 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4095  transcriptional regulator, IclR family  46.23 
 
 		 236 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267726  normal  0.126686 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4803  IclR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 272 aa  143  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.898602 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4432  IclR family transcriptional regulator family  38.18 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7080  Transcriptional regulator  39.64 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4808  IclR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 273 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5349  IclR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4961  IclR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 248 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.790351  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5395  IclR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.374154  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5466  IclR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339776  normal  0.216516 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4281  IclR family transcriptional regulator  37 
 
 		 266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4515  IclR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.390313  normal  0.426328 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0454  transcriptional regulator, IclR family  39.73 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2968  IclR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 243 aa  122  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.980752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6316  IclR family transcriptional regulator  38 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3984  regulatory proteins, IclR  35.81 
 
 		 270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104797  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3208  IclR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.129719  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2803  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 241 aa  99  6e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.323912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8019  putative transcriptional regulator, IclR  33.19 
 
 		 238 aa  92.8  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1830  transcriptional regulator, IclR family  31.1 
 
 		 264 aa  92.8  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135773  normal  0.345416 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0276  IclR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 237 aa  89  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0625  regulatory proteins, IclR  30.8 
 
 		 240 aa  88.6  8e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.916177  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0451  transcriptional regulator, IclR family  32.91 
 
 		 252 aa  85.9  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1592  IclR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 238 aa  84.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.885509 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3464  transcriptional regulator, IclR family  31.06 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0108588  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1112  IclR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.794209 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1452  IclR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.378488  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2358  transcriptional regulator, IclR family  32.48 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2257  transcriptional regulator, IclR family  31.63 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000173115 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2520  IclR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  29.62 
 
 		 280 aa  78.6  0.00000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4054  transcriptional regulator, IclR family  29.3 
 
 		 233 aa  78.2  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0184  transcriptional regulator, IclR family  30.36 
 
 		 244 aa  78.2  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.286529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1686  transcriptional regulator, IclR family  32.19 
 
 		 246 aa  76.6  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.698509  normal  0.0109367 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1148  IclR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.554824  unclonable  0.0000000376636 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3622  IclR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.464151 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2317  transcriptional regulator, IclR family  31.62 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000087789 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1257  regulatory protein, IclR  28.51 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.411018  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18570  transcriptional regulator, IclR family  30.9 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.424296  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8050  transcriptional regulator, IclR family  30.93 
 
 		 238 aa  74.7  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.960848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1993  IclR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.321176  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1595  IclR-type transcriptional regulator  27.23 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1572  transcriptional regulator, IclR family  30.9 
 
 		 240 aa  75.1  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.358394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11090  transcriptional regulator, IclR family  31.33 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1239  IclR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1041  IclR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 258 aa  73.2  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0399426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  26.82 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  26.82 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  26.82 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  26.82 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  25.93 
 
 		 255 aa  72.8  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  26.82 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  26.82 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  26.82 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  26.82 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1900  regulatory proteins, IclR  30 
 
 		 233 aa  72  0.000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.417398 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1920  IclR family transcriptional regulator  30 
 
 		 233 aa  72  0.000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.245854  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5000  transcriptional regulator, IclR family  28.39 
 
 		 232 aa  72  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.272233  normal  0.496178 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1966  regulatory proteins, IclR  30 
 
 		 233 aa  72  0.000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4675  transcriptional regulator, IclR family  32.35 
 
 		 272 aa  72  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.236119  normal  0.713971 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3296  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 250 aa  71.6  0.000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  26.87 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  25.83 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  25.83 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  26.87 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  26.87 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  25.83 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  25.83 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3545  transcriptional regulator, IclR family  32.14 
 
 		 254 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0480157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  25.83 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  26.28 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2078  transcriptional regulator, IclR family  28.3 
 
 		 270 aa  70.1  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.341471 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4161  IclR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 247 aa  69.7  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 280 aa  69.3  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08730  transcriptional regulator  27.54 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00649547  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6599  putative transcriptional regulator, IclR family  30.12 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0547312  normal  0.643607 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>