More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0454 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0454  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 246 aa  486  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4515  IclR family transcriptional regulator  66.26 
 
 		 242 aa  315  4e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.390313  normal  0.426328 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2968  IclR family transcriptional regulator  64.46 
 
 		 243 aa  288  8e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.980752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4961  IclR family transcriptional regulator  57.72 
 
 		 248 aa  248  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.790351  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4142  putative IclR family transcriptional regulator  56.5 
 
 		 258 aa  243  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000218071  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4012  transcriptional regulator, IclR family  47.91 
 
 		 254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4151  transcriptional regulator, IclR family  43.7 
 
 		 264 aa  178  8e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.697972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4039  transcriptional regulator, IclR family  43.7 
 
 		 264 aa  178  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7080  Transcriptional regulator  38.79 
 
 		 231 aa  155  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1253  IclR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1950  IclR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.400846  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2228  IclR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.713006  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0967  IclR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225684  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2914  IclR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3039  IclR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1272  IclR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2234  IclR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4142  IclR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 250 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1720  IclR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4808  IclR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 273 aa  143  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5349  IclR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 273 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4803  IclR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 272 aa  142  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.898602 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5395  IclR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 272 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.374154  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5466  IclR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 272 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339776  normal  0.216516 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8325  transcriptional regulator, IclR family  39.66 
 
 		 234 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4281  IclR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5624  IclR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 234 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6316  IclR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2721  IclR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 247 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.276601 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3984  regulatory proteins, IclR  35.89 
 
 		 270 aa  123  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104797  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4871  IclR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.721296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5463  IclR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 236 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5399  IclR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 236 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.438865  decreased coverage  0.00269642 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4432  IclR family transcriptional regulator family  36.09 
 
 		 334 aa  116  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6026  IclR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 236 aa  115  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.221801 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4707  IclR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4617  IclR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 242 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0276  IclR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 237 aa  99  7e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3982  transcriptional regulator, IclR family  38.86 
 
 		 236 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4095  transcriptional regulator, IclR family  38.86 
 
 		 236 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267726  normal  0.126686 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3208  IclR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 256 aa  96.7  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.129719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1112  IclR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 307 aa  95.1  8e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.794209 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2803  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.323912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8019  putative transcriptional regulator, IclR  33.05 
 
 		 238 aa  92.8  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0625  regulatory proteins, IclR  33.33 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.916177  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1592  IclR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 238 aa  90.1  3e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.885509 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1595  IclR-type transcriptional regulator  29.96 
 
 		 266 aa  87.8  1e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1148  IclR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 228 aa  87.4  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.554824  unclonable  0.0000000376636 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4054  transcriptional regulator, IclR family  32.91 
 
 		 233 aa  87.8  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1966  regulatory proteins, IclR  30.88 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1900  regulatory proteins, IclR  30.88 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.417398 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1257  regulatory protein, IclR  32.91 
 
 		 228 aa  86.3  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.411018  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1920  IclR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.245854  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0451  transcriptional regulator, IclR family  33.88 
 
 		 252 aa  85.9  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2134  regulatory proteins, IclR  31.8 
 
 		 233 aa  85.9  6e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1357  Transcriptional regulator IclR  35 
 
 		 238 aa  85.1  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.775388 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11090  transcriptional regulator, IclR family  32.64 
 
 		 239 aa  85.1  9e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1686  transcriptional regulator, IclR family  32.64 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.698509  normal  0.0109367 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3622  IclR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 235 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.464151 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2317  transcriptional regulator, IclR family  32.64 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000087789 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4228  regulatory protein, IclR  32.72 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.775898 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2358  transcriptional regulator, IclR family  32.64 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  29.37 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09050  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 220 aa  81.6  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.976325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3464  transcriptional regulator, IclR family  32.56 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0108588  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1572  transcriptional regulator, IclR family  32.41 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.358394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0179  IclR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2520  IclR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2257  transcriptional regulator, IclR family  31.38 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000173115 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0184  transcriptional regulator, IclR family  32.19 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.286529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8050  transcriptional regulator, IclR family  32.2 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.960848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3299  regulatory proteins, IclR  31.8 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.395884  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3089  transcriptional regulator, IclR family  23.93 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5000  transcriptional regulator, IclR family  30.59 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.272233  normal  0.496178 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1452  IclR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.378488  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1830  transcriptional regulator, IclR family  29.91 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135773  normal  0.345416 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0465  IclR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 268 aa  78.2  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0093222  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0668  regulatory proteins, IclR  28.23 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0128525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08730  transcriptional regulator  29.83 
 
 		 258 aa  76.6  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00649547  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0195  transcriptional regulator, IclR family  26.36 
 
 		 277 aa  75.9  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0724  transcriptional regulator, IclR family  33.03 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0508551 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4749  transcriptional regulator, IclR family  31.78 
 
 		 253 aa  75.5  0.0000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13004  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 233 aa  75.1  0.0000000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3122  IclR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.255406  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4638  transcriptional regulator, IclR family  32.32 
 
 		 275 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.214771  normal  0.0505557 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6007  transcriptional regulator, IclR family  33.63 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.325748  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3974  transcriptional regulator, IclR family  29.89 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.482822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4506  transcriptional regulator, IclR family  32.32 
 
 		 275 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0945557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2875  IclR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.102982  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  31.67 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18570  transcriptional regulator, IclR family  31.02 
 
 		 244 aa  74.3  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.424296  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  31.67 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2850  IclR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.526346  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2335  transcriptional regulator, IclR family  27.39 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3103  transcriptional regulator, IclR family  23.08 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0314  transcriptional regulator IclR-like protein  32.19 
 
 		 269 aa  72.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.196437  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2883  IclR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 250 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0306717  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3598  IclR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 274 aa  72.4  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213229  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3098  IclR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 250 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0903257  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2147  transcriptional regulator, IclR family  23.5 
 
 		 250 aa  72  0.000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>