More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1160 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1160  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 296 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.340867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0689  dihydrodipicolinate synthetase  55.1 
 
 		 294 aa  320  9.999999999999999e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0148381  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0646  dihydrodipicolinate synthetase  54.48 
 
 		 294 aa  317  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3538  dihydrodipicolinate synthetase  52.74 
 
 		 294 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.423247  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3709  dihydrodipicolinate synthetase  52.74 
 
 		 294 aa  301  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.646628  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3989  dihydrodipicolinate synthetase  52.63 
 
 		 296 aa  289  4e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3408  dihydrodipicolinate synthetase  48.54 
 
 		 294 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.169511  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3053  dihydrodipicolinate synthetase  47.81 
 
 		 294 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  0.0327331 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0566  dihydrodipicolinate synthase  41.11 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.427592 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6951  dihydrodipicolinate synthase  42.03 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1537  dihydrodipicolinate synthase  42.03 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6292  dihydrodipicolinate synthase  42.03 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.454745 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5966  dihydrodipicolinate synthase  40.73 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1281  dihydrodipicolinate synthetase  33.67 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.168862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  32.41 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0647  dihydrodipicolinate synthase  35.14 
 
 		 292 aa  142  7e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.443428  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2579  dihydrodipicolinate synthase  33.46 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1450  dihydrodipicolinate synthase  35.04 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  35.11 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3586  dihydrodipicolinate synthase  34.31 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1142  dihydrodipicolinate synthase  35.89 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0211  dihydrodipicolinate synthase  36.4 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.397143  hitchhiker  0.00000000242674 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  33.45 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0258  dihydrodipicolinate synthase  32.53 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1370  dihydrodipicolinate synthase  33.7 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.702797  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0989  dihydrodipicolinate synthase  35.92 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.484172  normal  0.862392 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  34.8 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4054  dihydrodipicolinate synthase  35.08 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4144  dihydrodipicolinate synthase  35.08 
 
 		 290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2987  dihydrodipicolinate synthase  29.47 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00573153  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  36.14 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  36.29 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0032  dihydrodipicolinate synthase  30.77 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1296  dihydrodipicolinate synthase  33.68 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000060181  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0159  dihydrodipicolinate synthase  34.5 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.865785  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3043  dihydrodipicolinate synthase  36.4 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366614  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1432  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  35.74 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0234  dihydrodipicolinate synthase  36.82 
 
 		 290 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0826  dihydrodipicolinate synthase  32.29 
 
 		 295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.545696  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1458  dihydrodipicolinate synthase  31.82 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.370783  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1626  dihydrodipicolinate synthase  31.02 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0389231  hitchhiker  0.0000523491 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0257  dihydrodipicolinate synthase  34.21 
 
 		 296 aa  132  7.999999999999999e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.457936  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2542  dihydrodipicolinate synthase  34.04 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0922563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0678  dihydrodipicolinate synthase  34.26 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0882  dihydrodipicolinate synthase  34.04 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002793  dihydrodipicolinate synthase  30.28 
 
 		 292 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0056  dihydrodipicolinate synthase  37.21 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.821032  normal  0.798921 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0562  dihydrodipicolinate synthase  33.59 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00078537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3387  dihydrodipicolinate synthase  33.86 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0124  dihydrodipicolinate synthase  34.04 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.139881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1942  dihydrodipicolinate synthase  35 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3515  dihydrodipicolinate synthase  33.46 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1929  dihydrodipicolinate synthase  34.21 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3191  dihydrodipicolinate synthase  33.46 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.393919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0704  dihydrodipicolinate synthase  34.04 
 
 		 291 aa  129  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.55955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2563  dihydrodipicolinate synthase  32 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.122823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  31.32 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2124  dihydrodipicolinate synthase  32.63 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.035757 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1797  dihydrodipicolinate synthase  33.2 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000131213  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0697  dihydrodipicolinate synthase  34.78 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.31564  normal  0.111382 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1134  dihydrodipicolinate synthase  30.24 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  31.99 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0515  dihydrodipicolinate synthase  31.97 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00442329 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0941  dihydrodipicolinate synthase  33.87 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0386855  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2744  dihydrodipicolinate synthase  34.35 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.67132  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3829  dihydrodipicolinate synthase  32.52 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.277082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2640  dihydrodipicolinate synthase  31.32 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3219  dihydrodipicolinate synthase  36.25 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  34.41 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2198  dihydrodipicolinate synthase  31.75 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0796408  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0979  dihydrodipicolinate synthase  35.08 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0699558  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0946  dihydrodipicolinate synthase  31.43 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0147  dihydrodipicolinate synthase  31.85 
 
 		 291 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  32.73 
 
 		 300 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1663  dihydrodipicolinate synthase  33.46 
 
 		 292 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2862  dihydrodipicolinate synthase  34.23 
 
 		 291 aa  125  9e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.338154  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2421  dihydrodipicolinate synthase  33.46 
 
 		 293 aa  125  9e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000015991  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1874  dihydrodipicolinate synthase  34.67 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.013061 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1098  dihydrodipicolinate synthase  33.2 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.429598  normal  0.674716 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03187  dihydrodipicolinate synthase  29.78 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3319  dihydrodipicolinate synthase  32.98 
 
 		 293 aa  125  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.343226 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3086  dihydrodipicolinate synthase  33.46 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.167482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4694  dihydrodipicolinate synthase  33.8 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111541 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5089  dihydrodipicolinate synthase  31.18 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00525746 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3171  dihydrodipicolinate synthase  35.11 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.288667 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5112  dihydrodipicolinate synthase  31.18 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.129853 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0794  dihydrodipicolinate synthase  35.34 
 
 		 314 aa  123  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3342  dihydrodipicolinate synthase  34.07 
 
 		 292 aa  124  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  29.97 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1068  dihydrodipicolinate synthase  30.55 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.740256 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2478  dihydrodipicolinate synthase  30.71 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.376432  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3482  dihydrodipicolinate synthase  29.72 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000010244  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3432  dihydrodipicolinate synthase  31.51 
 
 		 296 aa  122  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2177  dihydrodipicolinate synthase  32.27 
 
 		 294 aa  122  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000474227  normal  0.485402 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  31.87 
 
 		 291 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0962  dihydrodipicolinate synthase  31.77 
 
 		 292 aa  122  7e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0670  dihydrodipicolinate synthase  31.12 
 
 		 288 aa  122  7e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2308  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  36.41 
 
 		 313 aa  122  9e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2476  dihydrodipicolinate synthase  32.26 
 
 		 290 aa  122  9e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>