More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2560 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1902  hypothetical protein  69.54 
 
 		 499 aa  656    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.92371  normal  0.382809 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3313  carbohydrate kinase, YjeF related protein  88.58 
 
 		 499 aa  796    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2560  hypothetical protein  100 
 
 		 519 aa  1028    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.40713 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2388  hypothetical protein  76.35 
 
 		 499 aa  710    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.400185 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2899  hypothetical protein  93.79 
 
 		 499 aa  909    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.109338 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2232  hypothetical protein  68.54 
 
 		 499 aa  665    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.282439  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4579  hypothetical protein  71.74 
 
 		 499 aa  671    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.17787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7408  carbohydrate kinase, YjeF related protein  57.23 
 
 		 501 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117304  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3236  carbohydrate kinase, YjeF related protein  59.55 
 
 		 510 aa  460  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.358876  normal  0.593017 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2191  carbohydrate kinase, YjeF related protein  55.77 
 
 		 522 aa  457  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.755695  normal  0.636409 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3063  carbohydrate kinase, YjeF related protein  51.4 
 
 		 508 aa  436  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.099293  normal  0.0195061 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3587  carbohydrate kinase, YjeF related protein  54.23 
 
 		 496 aa  436  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.439263  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1006  YjeF family protein  52.1 
 
 		 501 aa  429  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6586  carbohydrate kinase, YjeF related protein  56.94 
 
 		 501 aa  429  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.3812 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0973  YjeF family protein  52.1 
 
 		 501 aa  429  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.826646  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2229  carbohydrate kinase, YjeF related protein  52.52 
 
 		 538 aa  409  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.355484 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2089  carbohydrate kinase, YjeF related protein  51.11 
 
 		 500 aa  399  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2378  hypothetical protein  48.65 
 
 		 493 aa  379  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.946699  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1965  carbohydrate kinase, YjeF related protein  47.95 
 
 		 539 aa  374  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5131  carbohydrate kinase, YjeF related protein  51.93 
 
 		 500 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2329  carbohydrate kinase, YjeF related protein  54.56 
 
 		 507 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0896222  normal  0.257652 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2650  carbohydrate kinase, YjeF related protein  53.75 
 
 		 507 aa  364  2e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1387  carbohydrate kinase, YjeF related protein  48.46 
 
 		 490 aa  361  2e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.470651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2373  carbohydrate kinase, YjeF related protein  53.35 
 
 		 507 aa  360  4e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.467623 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1738  carbohydrate kinase, YjeF related protein  50.46 
 
 		 490 aa  348  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.203791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1922  carbohydrate kinase, YjeF related protein  49.44 
 
 		 490 aa  345  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2850  carbohydrate kinase, YjeF related protein  47.15 
 
 		 485 aa  324  2e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.182796  normal  0.0582717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1546  carbohydrate kinase, YjeF related protein  49.5 
 
 		 496 aa  323  4e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.157969  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0751  YjeF family protein  40.94 
 
 		 463 aa  318  1e-85  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.553827  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0322  sugar kinase  40.43 
 
 		 466 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1837  yjeF related protein  45.35 
 
 		 523 aa  297  4e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4460  carbohydrate kinase, YjeF related protein  44.92 
 
 		 509 aa  289  7e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0048  carbohydrate kinase, YjeF related protein  45.34 
 
 		 468 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1332  carbohydrate kinase, YjeF related protein  44.49 
 
 		 476 aa  274  3e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.977936  normal  0.520853 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1517  YjeF-related protein-like  39.9 
 
 		 581 aa  272  9e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.126424 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1024  YjeF-related protein-like  44.54 
 
 		 528 aa  271  2e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1547  hypothetical protein  46.97 
 
 		 526 aa  264  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.831986  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3322  carbohydrate kinase, YjeF related protein  40.75 
 
 		 492 aa  250  5e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0650972 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4659  carbohydrate kinase, YjeF related protein  45.82 
 
 		 457 aa  249  6e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.926939 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2321  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.53 
 
 		 521 aa  241  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000017421  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1261  carbohydrate kinase, YjeF related protein  37.79 
 
 		 514 aa  232  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.169741  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1527  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.41 
 
 		 531 aa  231  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.643488  normal  0.335611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0630  carbohydrate kinase, YjeF related protein  38.82 
 
 		 499 aa  232  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1301  YjeF-related protein  38.58 
 
 		 436 aa  229  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1802  YjeF family protein  37.02 
 
 		 519 aa  227  3e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0891524  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2259  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.59 
 
 		 525 aa  226  6e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.997976  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01670  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.06 
 
 		 513 aa  226  8e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1883  hypothetical protein  37.07 
 
 		 514 aa  224  4e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00817146  hitchhiker  0.000000287535 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0962  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.51 
 
 		 510 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3022  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.8 
 
 		 520 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0339  hypothetical protein  34.21 
 
 		 498 aa  221  3e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00480998  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1817  hypothetical protein  35.51 
 
 		 490 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1720  hypothetical protein  40.6 
 
 		 531 aa  220  5e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.240927 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0775  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.53 
 
 		 533 aa  220  6e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00360184  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1860  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.27 
 
 		 531 aa  219  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000355774 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0500  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.33 
 
 		 524 aa  219  1e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2168  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.43 
 
 		 521 aa  219  1e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2696  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.18 
 
 		 515 aa  216  8e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.590974  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0461  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.6 
 
 		 528 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.729395  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2528  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.03 
 
 		 524 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0697576  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4947  YjeF-related protein  36.45 
 
 		 496 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3823  carbohydrate kinase, YjeF related protein  29.46 
 
 		 492 aa  210  4e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1759  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.13 
 
 		 530 aa  209  7e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1647  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.65 
 
 		 524 aa  209  1e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0299074  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00644  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.68 
 
 		 499 aa  208  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65390  hypothetical protein  35.47 
 
 		 502 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3771  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.83 
 
 		 519 aa  207  4e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0302209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0355  carbohydrate kinase, YjeF related protein  37.48 
 
 		 500 aa  207  5e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5678  hypothetical protein  36.08 
 
 		 502 aa  205  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1954  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.24 
 
 		 509 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0698225  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0568  carbohydrate kinase, YjeF related protein  37.39 
 
 		 492 aa  203  7e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000379756 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1884  hypothetical protein  34.09 
 
 		 517 aa  202  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0904  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.14 
 
 		 515 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0892  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.73 
 
 		 490 aa  201  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177662  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0471  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.83 
 
 		 532 aa  198  2.0000000000000003e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0951  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.12 
 
 		 479 aa  197  4.0000000000000005e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.431816 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5089  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.83 
 
 		 493 aa  196  6e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000420091  normal  0.19658 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0561  sugar kinase domain-containing protein  32.75 
 
 		 524 aa  195  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000100236  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3973  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.75 
 
 		 504 aa  196  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1850  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.38 
 
 		 518 aa  196  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.114808  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1364  carbohydrate kinase, YjeF related protein  29.92 
 
 		 490 aa  195  2e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0288  carbohydrate kinase family protein  29.61 
 
 		 499 aa  195  2e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0086  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.95 
 
 		 523 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06226  sugar kinase  31.93 
 
 		 512 aa  194  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3243  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.44 
 
 		 502 aa  194  5e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0626  hypothetical protein  38.32 
 
 		 482 aa  192  9e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0494651  normal  0.803312 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3307  carbohydrate kinase, YjeF related protein  37.45 
 
 		 519 aa  192  9e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1191  sugar kinase  34.68 
 
 		 486 aa  192  1e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.298101  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1886  carbohydrate kinase, YjeF related protein  37.83 
 
 		 513 aa  192  1e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0794004  normal  0.131281 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0567  hypothetical protein  34.94 
 
 		 496 aa  192  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0083  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.12 
 
 		 524 aa  192  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.452837 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1229  putative carbohydrate kinase  34.48 
 
 		 488 aa  191  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07490  YjeF-related, C-terminal carbohydrate kinase domain-containing protein  36.51 
 
 		 500 aa  191  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0593  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.31 
 
 		 499 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.320661  hitchhiker  0.00000405423 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1011  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.44 
 
 		 504 aa  191  4e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.311341  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0350  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.21 
 
 		 524 aa  190  4e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0598  yjeF protein  33.92 
 
 		 499 aa  190  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2927  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.48 
 
 		 516 aa  190  5e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.449906  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1583  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.67 
 
 		 512 aa  190  5e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0797204 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1793  carbohydrate kinase, YjeF related protein  30.8 
 
 		 501 aa  190  5e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>