More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1024 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1024  YjeF-related protein-like  100 
 
 
528 aa  1037    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1837  yjeF related protein  61.11 
 
 
523 aa  526  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4460  carbohydrate kinase, YjeF related protein  54.24 
 
 
509 aa  430  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1517  YjeF-related protein-like  45.13 
 
 
581 aa  391  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.126424 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1902  hypothetical protein  47 
 
 
499 aa  331  2e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.92371  normal  0.382809 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3063  carbohydrate kinase, YjeF related protein  40.26 
 
 
508 aa  312  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.099293  normal  0.0195061 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7408  carbohydrate kinase, YjeF related protein  43.63 
 
 
501 aa  309  9e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117304  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2232  hypothetical protein  41.9 
 
 
499 aa  307  3e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.282439  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2388  hypothetical protein  42.16 
 
 
499 aa  289  7e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.400185 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2378  hypothetical protein  43.41 
 
 
493 aa  286  7e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.946699  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6586  carbohydrate kinase, YjeF related protein  44.53 
 
 
501 aa  286  8e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.3812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3587  carbohydrate kinase, YjeF related protein  46.24 
 
 
496 aa  285  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.439263  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2899  hypothetical protein  44.21 
 
 
499 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.109338 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4579  hypothetical protein  42.19 
 
 
499 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.17787  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3236  carbohydrate kinase, YjeF related protein  42.13 
 
 
510 aa  280  4e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.358876  normal  0.593017 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0973  YjeF family protein  37.66 
 
 
501 aa  270  5e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.826646  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1006  YjeF family protein  37.66 
 
 
501 aa  270  5e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1738  carbohydrate kinase, YjeF related protein  43.86 
 
 
490 aa  270  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.203791  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0751  YjeF family protein  33.52 
 
 
463 aa  270  5e-71  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.553827  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2191  carbohydrate kinase, YjeF related protein  43.57 
 
 
522 aa  270  5.9999999999999995e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.755695  normal  0.636409 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5131  carbohydrate kinase, YjeF related protein  44.63 
 
 
500 aa  266  7e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2560  hypothetical protein  44.54 
 
 
519 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.40713 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1922  carbohydrate kinase, YjeF related protein  43.29 
 
 
490 aa  264  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2329  carbohydrate kinase, YjeF related protein  44.51 
 
 
507 aa  263  6.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0896222  normal  0.257652 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2089  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.48 
 
 
500 aa  262  8.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0322  sugar kinase  32.14 
 
 
466 aa  258  2e-67  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2229  carbohydrate kinase, YjeF related protein  41.86 
 
 
538 aa  256  5e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.355484 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2650  carbohydrate kinase, YjeF related protein  43.39 
 
 
507 aa  256  7e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2850  carbohydrate kinase, YjeF related protein  43.4 
 
 
485 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.182796  normal  0.0582717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1546  carbohydrate kinase, YjeF related protein  42.12 
 
 
496 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.157969  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1387  carbohydrate kinase, YjeF related protein  38.71 
 
 
490 aa  253  7e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.470651  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2373  carbohydrate kinase, YjeF related protein  43.2 
 
 
507 aa  252  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.467623 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3313  carbohydrate kinase, YjeF related protein  42.38 
 
 
499 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1965  carbohydrate kinase, YjeF related protein  37.45 
 
 
539 aa  249  1e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1332  carbohydrate kinase, YjeF related protein  40.71 
 
 
476 aa  231  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.977936  normal  0.520853 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1883  hypothetical protein  34.64 
 
 
514 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00817146  hitchhiker  0.000000287535 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2321  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.81 
 
 
521 aa  219  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000017421  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0962  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.59 
 
 
510 aa  218  2e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1261  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.1 
 
 
514 aa  216  8e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.169741  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3022  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.73 
 
 
520 aa  213  7e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1802  YjeF family protein  34.12 
 
 
519 aa  207  3e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0891524  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3771  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.17 
 
 
519 aa  206  6e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0302209  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0048  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.77 
 
 
468 aa  206  9e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3410  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.91 
 
 
556 aa  206  9e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.802721  normal  0.621844 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0339  hypothetical protein  31.21 
 
 
498 aa  204  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00480998  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4659  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.12 
 
 
457 aa  204  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.926939 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2259  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.01 
 
 
525 aa  203  6e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.997976  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2528  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.21 
 
 
524 aa  202  8e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0697576  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0461  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.24 
 
 
528 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.729395  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0630  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.2 
 
 
499 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1011  carbohydrate kinase, YjeF related protein  29.76 
 
 
504 aa  201  3e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.311341  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1547  hypothetical protein  42.76 
 
 
526 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.831986  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3823  carbohydrate kinase, YjeF related protein  29.54 
 
 
492 aa  197  3e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0892  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.03 
 
 
490 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177662  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1519  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.02 
 
 
556 aa  197  5.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.025545 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1884  hypothetical protein  32.15 
 
 
517 aa  195  2e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2168  hypothetical protein  34.99 
 
 
530 aa  192  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00013257  decreased coverage  0.0000197316 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5089  carbohydrate kinase, YjeF related protein  29.77 
 
 
493 aa  186  7e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000420091  normal  0.19658 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2168  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.96 
 
 
521 aa  184  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1229  putative carbohydrate kinase  32.71 
 
 
488 aa  184  4.0000000000000006e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1364  carbohydrate kinase, YjeF related protein  28.84 
 
 
490 aa  184  4.0000000000000006e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2379  hypothetical protein  37.38 
 
 
506 aa  184  5.0000000000000004e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0500  carbohydrate kinase, YjeF related protein  28.96 
 
 
524 aa  183  7e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1954  carbohydrate kinase, YjeF related protein  30.31 
 
 
509 aa  183  7e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0698225  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1759  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.88 
 
 
530 aa  183  9.000000000000001e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0518  hypothetical protein  34.1 
 
 
499 aa  182  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125953  normal  0.1584 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0005  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.43 
 
 
498 aa  182  1e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3545  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.58 
 
 
492 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0350  carbohydrate kinase, YjeF related protein  27.71 
 
 
524 aa  182  1e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2927  carbohydrate kinase, YjeF related protein  29.85 
 
 
516 aa  182  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.449906  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0951  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.21 
 
 
479 aa  181  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.431816 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2331  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.2 
 
 
511 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2867  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.65 
 
 
517 aa  182  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01670  carbohydrate kinase, YjeF related protein  30.17 
 
 
513 aa  182  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3307  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.84 
 
 
519 aa  181  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2696  carbohydrate kinase, YjeF related protein  29.45 
 
 
515 aa  181  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.590974  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1191  sugar kinase  32.9 
 
 
486 aa  182  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.298101  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0005  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.62 
 
 
500 aa  180  4.999999999999999e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0304  carbohydrate kinase, YjeF related protein  28.65 
 
 
533 aa  180  5.999999999999999e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.734599  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1453  carbohydrate kinase, YjeF related protein  30.33 
 
 
501 aa  179  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.105421  normal  0.158331 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1905  carbohydrate kinase, YjeF related protein  28.15 
 
 
511 aa  178  2e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0197843  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5678  hypothetical protein  35.06 
 
 
502 aa  178  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3243  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.5 
 
 
502 aa  178  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4947  YjeF-related protein  32.91 
 
 
496 aa  176  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1341  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.92 
 
 
521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3605  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.65 
 
 
533 aa  175  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.329001  hitchhiker  0.000690649 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1793  carbohydrate kinase, YjeF related protein  27.36 
 
 
501 aa  172  1e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1617  carbohydrate kinase, YjeF related protein  27.74 
 
 
514 aa  172  1e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.865669  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0426  hypothetical protein  34.03 
 
 
462 aa  172  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000379244  hitchhiker  0.000000929429 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0775  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.95 
 
 
533 aa  171  3e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00360184  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3322  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.19 
 
 
492 aa  171  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0650972 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1886  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.1 
 
 
513 aa  171  3e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0794004  normal  0.131281 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0567  hypothetical protein  32.02 
 
 
496 aa  171  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0626  hypothetical protein  37.1 
 
 
482 aa  171  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0494651  normal  0.803312 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0561  sugar kinase domain-containing protein  30.39 
 
 
524 aa  170  6e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000100236  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0471  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.12 
 
 
532 aa  169  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0802  YjeF-related protein-like protein  37.14 
 
 
507 aa  169  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3804  hypothetical protein  30.93 
 
 
504 aa  169  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000026757  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0704  hypothetical protein  30.74 
 
 
504 aa  168  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000056197  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2755  hypothetical protein  29.68 
 
 
493 aa  168  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>