More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1928 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_1928  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 307 aa  624  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0142597 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 280 aa  149  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0243  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  33.21 
 
 		 284 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 279 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 290 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 285 aa  125  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 290 aa  122  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  30.19 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  29.81 
 
 		 283 aa  119  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00857  putative regulatory protein LysR Family  28.91 
 
 		 282 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.97 
 
 		 291 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3353  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5014  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.546084 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 294 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4427  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 283 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315882 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3628  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 283 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 316 aa  115  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5273  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 283 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.74 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4630  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 290 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.474885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 289 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 281 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 285 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  31.78 
 
 		 332 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  29.54 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0656  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 284 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.287245 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0718  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.235527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 296 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 293 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4068  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 296 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3678  transcriptional regulator, LysR family  29.13 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 284 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3593  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 288 aa  107  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 321 aa  105  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4649  transcriptional activator  28.52 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.12309  normal  0.140815 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 		 291 aa  103  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 298 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 291 aa  102  8e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  31.03 
 
 		 287 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  27.59 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  27.59 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 284 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1800  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.54 
 
 		 284 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.744174 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 301 aa  99  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 291 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 287 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1770  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal  0.0253433 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 287 aa  97.1  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 287 aa  96.7  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>