More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3678 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3678  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 284 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1800  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  89.44 
 
 		 284 aa  503  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.744174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4127  putative transcriptional regulator  40.14 
 
 		 294 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0482297  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47880  putative transcriptional regulator  40.14 
 
 		 288 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000178644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5014  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 283 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.546084 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3353  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 283 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5273  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 283 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4427  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 283 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315882 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3628  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 283 aa  188  9e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0656  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 284 aa  185  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.287245 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 309 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 316 aa  145  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 300 aa  138  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  34.15 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 293 aa  135  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4068  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 321 aa  128  9.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 284 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 298 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 285 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 284 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 299 aa  125  7e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 285 aa  124  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  32.39 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 292 aa  123  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  32.1 
 
 		 292 aa  122  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.03 
 
 		 296 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  30.35 
 
 		 324 aa  121  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  31.34 
 
 		 332 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05533  transcriptional regulator  27.24 
 
 		 276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  29.64 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 317 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  29.64 
 
 		 309 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 284 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 283 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 293 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 282 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 288 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0243  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 289 aa  118  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 306 aa  116  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3532  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 294 aa  116  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 319 aa  116  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 285 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 306 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2962  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 291 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.710612 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2226  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0492432  normal  0.299524 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0258  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.489347  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2149  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269804  normal  0.274984 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>