More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2444 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2444  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 302 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0447301  normal  0.17689 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3255  extracellular solute-binding protein  44.52 
 
 		 297 aa  266  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2988  extracellular solute-binding protein  41.94 
 
 		 313 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000213748  normal  0.0196481 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5193  extracellular solute-binding protein  37 
 
 		 313 aa  209  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.441941 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6446  amino acid permease-associated region  34.06 
 
 		 750 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.396159 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4035  extracellular solute-binding protein  33.09 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.876944  normal  0.0228737 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3314  extracellular solute-binding protein family 3  28.36 
 
 		 302 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0990  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3638  extracellular solute-binding protein family 3  29 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.03 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3315  extracellular solute-binding protein family 3  28.73 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  28.62 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 330 aa  113  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4420  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05478  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.86 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.207429 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  25 
 
 		 319 aa  112  6e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0973  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.65 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00938185  normal  0.751269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  27.11 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2361  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114762  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4073  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 300 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.618665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4222  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 		 303 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453219 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  27.11 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2540  extracellular solute-binding protein  28.14 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438877 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0587  extracellular solute-binding protein family 3  28.35 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0608  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4074  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0826  extracellular solute-binding protein family 3  28.2 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.296945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4583  glutamate/aspartate ABC transporter periplasmic solute-binding protein  27.89 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.8955  decreased coverage  0.00199709 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3983  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  26.67 
 
 		 297 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0897  extracellular solute-binding protein family 3  27.86 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.529927  normal  0.529014 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5026  extracellular solute-binding protein family 3  28.29 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  27.52 
 
 		 304 aa  102  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 297 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.74 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  25.72 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1364  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  25.53 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3904  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000111161  normal  0.107896 
 
 
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  24.9 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1123  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00011354  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  27 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0828  extracellular solute-binding protein family 3  23.74 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  24.37 
 
 		 333 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  25.53 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  25.53 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  28.78 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  25.53 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  28.27 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  26.88 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.99 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  26.74 
 
 		 298 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  26.74 
 
 		 298 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2247  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.47 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1172  extracellular solute-binding protein family 3  25.97 
 
 		 306 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  26.74 
 
 		 359 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  26.74 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  26.74 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  26.74 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  24.52 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1219  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 373 aa  97.8  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6471  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 		 313 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.264761  normal  0.0842287 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2688  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.606467 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  26.74 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5607  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 		 313 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5971  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 		 313 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.480702  normal  0.0122202 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5289  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  24.42 
 
 		 302 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0609  extracellular solute-binding protein  22.94 
 
 		 299 aa  95.9  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.157443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4341  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 305 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 299 aa  95.5  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0588  extracellular solute-binding protein family 3  22.94 
 
 		 299 aa  95.5  9e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6104  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236954  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  24.03 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5946  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  24.03 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  27.48 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>