More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0897 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0897  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 303 aa  620  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.529927  normal  0.529014 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0826  extracellular solute-binding protein family 3  95.71 
 
 		 302 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.296945  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0973  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  81.19 
 
 		 303 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00938185  normal  0.751269 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2540  extracellular solute-binding protein  68.61 
 
 		 310 aa  413  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438877 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2361  extracellular solute-binding protein  64.24 
 
 		 311 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114762  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3315  extracellular solute-binding protein family 3  68.73 
 
 		 298 aa  404  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05478  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  63.64 
 
 		 298 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.207429 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  58.91 
 
 		 299 aa  342  5e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3638  extracellular solute-binding protein family 3  55.41 
 
 		 302 aa  338  5.9999999999999996e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3314  extracellular solute-binding protein family 3  56.88 
 
 		 302 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4420  extracellular solute-binding protein  49.5 
 
 		 297 aa  300  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0608  extracellular solute-binding protein  47.97 
 
 		 296 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0587  extracellular solute-binding protein family 3  47.97 
 
 		 296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  44.03 
 
 		 297 aa  278  9e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  49.82 
 
 		 295 aa  278  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  44.03 
 
 		 297 aa  278  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.81 
 
 		 328 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.81 
 
 		 328 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  43.92 
 
 		 297 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.92 
 
 		 298 aa  277  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  43.69 
 
 		 297 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  43.69 
 
 		 297 aa  275  8e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  43.69 
 
 		 297 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  45.85 
 
 		 297 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  46.21 
 
 		 297 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4074  extracellular solute-binding protein  46.96 
 
 		 314 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  43.34 
 
 		 297 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  43.34 
 
 		 297 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  48.31 
 
 		 303 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  45.83 
 
 		 301 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  45.13 
 
 		 297 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  46.42 
 
 		 296 aa  269  5e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  44 
 
 		 301 aa  267  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  45.79 
 
 		 302 aa  265  5e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  46.82 
 
 		 305 aa  265  8e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2087  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 305 aa  263  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4583  glutamate/aspartate ABC transporter periplasmic solute-binding protein  45.85 
 
 		 304 aa  263  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.8955  decreased coverage  0.00199709 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  47.19 
 
 		 303 aa  263  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  48.7 
 
 		 293 aa  263  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  45.42 
 
 		 330 aa  263  4e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.92 
 
 		 313 aa  262  4.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3983  extracellular solute-binding protein  44.07 
 
 		 311 aa  262  6e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  44.37 
 
 		 294 aa  262  6e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  44.97 
 
 		 302 aa  262  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  44.97 
 
 		 302 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  45.08 
 
 		 295 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2255  extracellular solute-binding protein  45.52 
 
 		 307 aa  259  4e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.947738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  46.44 
 
 		 303 aa  258  7e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  42.37 
 
 		 299 aa  258  8e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  43.1 
 
 		 319 aa  258  9e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  44.85 
 
 		 299 aa  256  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.85 
 
 		 298 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  42.37 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.85 
 
 		 359 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  44.85 
 
 		 299 aa  256  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.85 
 
 		 298 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.85 
 
 		 299 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  44.85 
 
 		 299 aa  256  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  44.63 
 
 		 297 aa  256  3e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  44.1 
 
 		 298 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  43.7 
 
 		 299 aa  254  9e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  44.07 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6104  extracellular solute-binding protein  45.72 
 
 		 289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236954  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  44.81 
 
 		 302 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  44.81 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  45.93 
 
 		 298 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  42.09 
 
 		 306 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  42.42 
 
 		 330 aa  252  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 298 aa  252  7e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1127  extracellular solute-binding protein  43.84 
 
 		 297 aa  251  9.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.164793  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4709  extracellular solute-binding protein  43.96 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866037  normal  0.0243654 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.59 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  40.27 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  45.19 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  45.19 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  45.19 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  42.07 
 
 		 291 aa  249  5e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  43.64 
 
 		 312 aa  249  6e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  43.22 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  42.43 
 
 		 333 aa  246  3e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  40.42 
 
 		 302 aa  246  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  42.96 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.68 
 
 		 308 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.47 
 
 		 301 aa  245  6e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  42.86 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  40.85 
 
 		 306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  40.68 
 
 		 298 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  44.94 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  42.38 
 
 		 298 aa  242  6e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1182  glutamate and aspartate transporter subunit  39.66 
 
 		 301 aa  241  7.999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  44.04 
 
 		 304 aa  241  9e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00623  glutamate and aspartate transporter subunit  42.32 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00613  hypothetical protein  42.32 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  41.02 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  41.28 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0748  glutamate and aspartate transporter subunit  42.32 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  41.14 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  41.28 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>